Bản phiên mã không gian BMKMANU S1000
Sơ đồ kỹ thuật phiên mã không gian BMKMANU S1000
Đặc trưng
● Độ phân giải: 5 µM
● Đường kính điểm: 2,5 µM
● Số lượng vị trí: khoảng 2 triệu
● 3 định dạng vùng chụp có thể có: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm hoặc 15 mm * 20 mm
● Mỗi hạt có mã vạch được nạp lớp sơn lót gồm 4 phần:
đuôi poly(dT) dùng để mồi mRNA và tổng hợp cDNA
Mã định danh phân tử duy nhất (UMI) để điều chỉnh độ lệch khuếch đại
Mã vạch không gian
Trình tự liên kết của đoạn mồi trình tự đọc một phần
● H&E và nhuộm huỳnh quang các phần
● Khả năng sử dụngcông nghệ phân chia tế bào: tích hợp nhuộm H&E, nhuộm huỳnh quang và giải trình tự RNA để xác định ranh giới của từng tế bào và gán biểu hiện gen chính xác cho từng tế bào.
Ưu điểm của BMKMANU S1000
●Độ phân giải tế bào phụ: Mỗi khu vực chụp chứa >2 triệu Điểm mã vạch không gian có đường kính 2,5 µm và khoảng cách 5 µm giữa các tâm điểm, cho phép phân tích bản sao không gian với độ phân giải dưới ô (5 µm).
●Phân tích độ phân giải đa cấp:Phân tích đa cấp độ linh hoạt từ 100 μm đến 5 μm để giải quyết các đặc điểm mô đa dạng ở độ phân giải tối ưu.
●Khả năng sử dụng Công nghệ phân đoạn ô “Ba trong một slide”:Kết hợp nhuộm huỳnh quang, nhuộm H&E và giải trình tự RNA trên một slide duy nhất, thuật toán phân tích "ba trong một" của chúng tôi cho phép xác định ranh giới tế bào cho quá trình phiên mã dựa trên tế bào tiếp theo.
●Tương thích với nhiều nền tảng tuần tự: Có sẵn cả NGS và trình tự đọc dài.
●Thiết kế linh hoạt của Vùng chụp hoạt động 1-8: Kích thước của vùng chụp rất linh hoạt, có thể sử dụng 3 định dạng (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm và 15 mm * 20 mm)
●Dịch vụ một cửa: Nó tích hợp tất cả các bước dựa trên kinh nghiệm và kỹ năng, bao gồm cắt lạnh, nhuộm màu, tối ưu hóa mô, mã vạch không gian, chuẩn bị thư viện, giải trình tự và tin sinh học.
●Tin sinh học toàn diện và trực quan hóa kết quả thân thiện với người dùng:gói bao gồm 29 phân tích và hơn 100 số liệu chất lượng cao, kết hợp với việc sử dụng phần mềm được phát triển nội bộ để trực quan hóa và tùy chỉnh việc phân tách ô và phân cụm điểm.
●Phân tích và trực quan hóa dữ liệu tùy chỉnh: có sẵn cho các yêu cầu nghiên cứu khác nhau
●Đội ngũ kỹ thuật có tay nghề cao: với kinh nghiệm về hơn 250 loại mô và hơn 100 loài bao gồm người, chuột, động vật có vú, cá và thực vật.
●Cập nhật theo thời gian thực về toàn bộ dự án: với toàn quyền kiểm soát tiến độ thử nghiệm.
●Phân tích chung tùy chọn với trình tự mRNA đơn bào
Thông số dịch vụ
|
Vật mẫu Yêu cầu
| Thư viện |
Chiến lược tuần tự
| Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Mẫu cryo nhúng OCT, 3 khối mỗi mẫu | Thư viện cDNA S1000 | Illumina PE150 (có sẵn các nền tảng khác) | 100K PE đọc trên 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Để biết thêm chi tiết về hướng dẫn chuẩn bị mẫu và quy trình dịch vụ, vui lòng nói chuyện vớichuyên gia BMKGENE
Quy trình công việc dịch vụ
Trong giai đoạn chuẩn bị mẫu, thử nghiệm tách chiết RNA số lượng lớn ban đầu được thực hiện để đảm bảo thu được RNA chất lượng cao. Trong giai đoạn tối ưu hóa mô, các phần được nhuộm màu và hiển thị, đồng thời tối ưu hóa các điều kiện thẩm thấu để giải phóng mRNA khỏi mô. Sau đó, giao thức được tối ưu hóa sẽ được áp dụng trong quá trình xây dựng thư viện, sau đó là trình tự và phân tích dữ liệu.
Quy trình dịch vụ hoàn chỉnh bao gồm cập nhật theo thời gian thực và xác nhận của khách hàng để duy trì vòng phản hồi phản hồi nhanh, đảm bảo thực hiện dự án suôn sẻ.
Dữ liệu do BMKMANU S1000 tạo ra được phân tích bằng phần mềm “BSTMatrix”, được BMKGENE thiết kế độc lập, tạo ra Ma trận biểu hiện gen. Từ đó, một báo cáo tiêu chuẩn được tạo ra bao gồm kiểm soát chất lượng dữ liệu, phân tích mẫu bên trong và phân tích giữa các nhóm.
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu:
Đầu ra dữ liệu và phân phối điểm chất lượng
Phát hiện gen trên mỗi điểm
Bao phủ mô
● Phân tích bên trong mẫu:
Sự phong phú về gen
Phân cụm điểm, bao gồm phân tích kích thước giảm
Phân tích biểu hiện khác biệt giữa các cụm: xác định gen đánh dấu
Chú thích chức năng và làm phong phú các gen đánh dấu
● Phân tích giữa các nhóm:
Sự kết hợp lại các đốm từ cả hai mẫu (ví dụ: bệnh và đối chứng) và tái phân cụm
Xác định gen đánh dấu cho mỗi cụm
Chú thích chức năng và làm phong phú các gen đánh dấu
Biểu thức khác biệt của cùng một cụm giữa các nhóm
Ngoài ra, BMKGENE đã phát triển “BSTViewer” là một công cụ thân thiện với người dùng, cho phép người dùng hình dung biểu hiện gen và phân cụm điểm ở các độ phân giải khác nhau.
BMKGene phát triển phần mềm trực quan hóa thân thiện với người dùng
Phân cụm điểm BSTViewer ở độ phân giải đa cấp
BSTCellViewer: chia ô tự động và thủ công
Phân tích mẫu bên trong
Phân cụm điểm:
Nhận dạng gen đánh dấu và phân bố không gian:
Phân tích giữa các nhóm
Kết hợp dữ liệu từ cả hai nhóm và phân cụm lại:
Gen đánh dấu của cụm mới:
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ phiên âm không gian của BMKGene với công nghệ BMKManu S1000 trong ấn phẩm nổi bật này:
Bài hát, X. và cộng sự. (2023) 'Nghiên cứu phiên mã không gian cho thấy các tế bào diệp lục cảm ứng bằng ánh sáng có liên quan đến việc thúc đẩy quá trình tái tạo chồi ở mô sẹo cà chua',Kỷ yếu của Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ, 120(38), tr. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Bạn, Y. và cộng sự. (2023) 'So sánh có hệ thống các phương pháp phiên mã không gian dựa trên trình tự',sinh học, P. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
