Bộ gen vi khuẩn De novo
Chúng tôi cung cấp dịch vụ lắp ráp bộ gen vi khuẩn hoàn chỉnh, đảm bảo không có khoảng trống. Điều này có thể thực hiện được bằng cách tích hợp các công nghệ giải trình tự đọc dài, chẳng hạn như Nanopore và PacBio để lắp ráp và giải trình tự đọc ngắn với Illumina để xác thực lắp ráp và sửa lỗi khi đọc ONT. Dịch vụ của chúng tôi cung cấp quy trình làm việc tin sinh học hoàn chỉnh từ lắp ráp, chú thích chức năng và phân tích tin sinh học nâng cao, đáp ứng các mục tiêu nghiên cứu cụ thể. Dịch vụ này cho phép phát triển các bộ gen tham chiếu chính xác cho các nghiên cứu về gen và gen khác nhau. Ngoài ra, nó tạo cơ sở cho các ứng dụng như tối ưu hóa chủng, kỹ thuật di truyền và phát triển công nghệ vi sinh vật, đảm bảo dữ liệu gen đáng tin cậy và không có khoảng trống, rất quan trọng để thúc đẩy hiểu biết khoa học và đổi mới công nghệ sinh học.
Tính năng dịch vụ
● Với hai tùy chọn có thể lựa chọn tùy thuộc vào mức độ hoàn chỉnh của bộ gen mong muốn.
● Tùy chọn bộ gen dự thảo: Trình tự đọc ngắn với Illumina NovaSeq PE150.
● Hoàn thành bộ gen có khoảng cách 0.
● Đọc trình tự dài trên Nanopore PromethION 48 hoặc PacBio Revio để lắp ráp bộ gen.
● Trình tự đọc ngắn trên Illumina NovaSeq để xác thực bộ gen và sửa lỗi (Nanopore) hoặc để tạo bộ gen phác thảo.
Ưu điểm dịch vụ
●Đảm bảo bộ gen không có khoảng cách: Điều này là do sự tích hợp của trình tự Illumina với trình tự đọc dài (Nanopore hoặc PacBio).
●Quy trình làm việc tin sinh học hoàn chỉnh:Điều này bao gồm việc tập hợp và dự đoán bộ gen của nhiều yếu tố bộ gen, chú thích gen chức năng và trực quan hóa bộ gen như biểu đồ Circos.
●Chuyên môn sâu rộng: Với hơn 20.000 bộ gen vi sinh vật được tập hợp, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, đội ngũ phân tích có tay nghề cao, nội dung toàn diện và hỗ trợ sau bán hàng tuyệt vời.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
●Nhiều chiến lược sắp xếp có sẵn:Đối với các mục tiêu nghiên cứu khác nhau và các yêu cầu về tính hoàn thiện của bộ gen.
Thông số dịch vụ
| Dịch vụ | Chiến lược tuần tự |
| bản thảo bộ gen | Chiếu sáng PE150 100x |
| 0 khoảng cách bộ gen | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (tùy chọn) |
Yêu cầu mẫu:
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng số tiền (µg) | Thể tích (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| lỗ nano | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Vi khuẩn: ≥3,5x1010 tế bào
Quy trình công việc dịch vụ
Giao mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu theo trình tự
● Tập hợp bộ gen
● Phân tích thành phần bộ gen: Dự đoán CDS và nhiều thành phần bộ gen
● Chú thích chức năng với nhiều cơ sở dữ liệu chung (GO, KEGG, v.v.) và cơ sở dữ liệu nâng cao (CARD, VFDB, v.v.)
● Trực quan hóa bộ gen
Chúng tôi cung cấp bộ gen ở định dạng fasta dễ truy cập và tệp chú thích bộ gen (gff).
Chú thích gen – GO
Chú thích gen – carbohydrate CAZY
Trực quan hóa bộ gen – Biểu đồ Circos
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ lắp ráp bộ gen vi khuẩn của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Đại, W. và cộng sự. (2023) 'Khám phá ra Bacteroides thống nhất F18-22 như một loại vi khuẩn Probiotic an toàn và mới để điều trị bệnh viêm loét đại tràng từ đại tràng ở người khỏe mạnh',Tạp chí quốc tế về khoa học phân tử, 24(19), tr. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. và cộng sự. (2021) 'Proteus mirabilis đa kháng thuốc phân lập mang blaOXA-1 và blaNDM-1 từ động vật hoang dã ở Trung Quốc: làm tăng nguy cơ sức khỏe cộng đồng',Động vật học tích hợp, 16(6), trang 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Vương, TT và cộng sự. (2017) 'Trình tự bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn nội sinh Bacillus flexus KLBMP 4941 tiết lộ cơ chế thúc đẩy tăng trưởng thực vật và cơ sở di truyền về khả năng chịu mặn',Tạp chí Công nghệ sinh học, 260, trang 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. và cộng sự. (2021) 'Các Plasmid kháng nhiều bản sao của Klebsiella làm trung gian cho sự phổ biến rộng rãi của các gen kháng khuẩn',Biên giới trong vi sinh vật, 12, tr. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
