Trình tự khuếch đại (16S/18S/ITS)

Trình tự khuếch đại (16S/18S/ITS) với Illumina là một phương pháp phân tích sự đa dạng của vi sinh vật bằng cách xác định các cấu hình vi sinh vật theo trình tự của chúng và sau đó cố gắng giải mã sự phong phú và đa dạng của cộng đồng trong mỗi mẫu và giữa các mẫu. Đường ống BMKCLOUD AMPLICON (NGS) cho phép phân tích các gen 16S, 18, của nó và nhiều gen chức năng. Nó bắt đầu với việc cắt giảm đọc, đánh giá kết thúc kết thúc và đánh giá chất lượng, sau đó là phân cụm các lần đọc tương tự để tạo ra các đơn vị phân loại hoạt động (OTU) được sử dụng trong sáu phần phân tích khác nhau. Chú thích phân loại cung cấp thông tin về sự phong phú và thành phần tương đối của từng mẫu, trong khi phân tích đa dạng alpha và beta tập trung vào sự đa dạng của vi sinh vật trong và giữa các mẫu, tương ứng. Phân tích khác biệt giữa các nhóm tìm thấy OTU khác nhau sử dụng cả kiểm tra tham số và không tham số, trong khi phân tích tương quan liên quan đến những khác biệt này với các yếu tố môi trường. Cuối cùng, sự phong phú của gen chức năng được dự đoán dựa trên sự phong phú của gen đánh dấu, cung cấp cái nhìn sâu sắc về chức năng và sinh thái trong mỗi mẫu ..