Butun genom bisulfit sekvensiyasi (WGBS)
Butun genom bisulfit ketma-ketligi (WGBS) DNK metilatsiyasini chuqur o'rganish uchun oltin standart metodologiya, xususan, gen ekspressiyasi va hujayra faolligining asosiy regulyatori bo'lgan sitozin (5-mC) bo'yicha beshinchi o'rinni egallaydi. WGBS ning asosiy printsipi bisulfit bilan davolashni o'z ichiga oladi, bu metillanmagan sitozinlarni urasilga (C dan U gacha) aylantirishni keltirib chiqaradi, shu bilan birga metillangan sitozinlarni o'zgarishsiz qoldiradi. Ushbu usul tadqiqotchilarga metilomani har tomonlama o'rganish va turli xil holatlar, xususan, saraton bilan bog'liq bo'lgan g'ayritabiiy metilatsiya naqshlarini aniqlash imkonini beruvchi yagona asosli rezolyutsiyani taklif qiladi. WGBS dan foydalangan holda, olimlar turli xil biologik jarayonlar va kasalliklar asosida yotuvchi epigenetik mexanizmlar haqida nozik tushunchani ta'minlab, genom bo'ylab metilatsiya landshaftlari haqida misli ko'rilmagan tushunchalarga ega bo'lishlari mumkin.
Xizmat xususiyatlari
● mos yozuvlar genomini talab qiladi.
● Lambda DNK bisulfit konvertatsiya samaradorligini kuzatish uchun qo'shiladi.
● Illumina NovaSeq-da ketma-ketlik.
Xizmat afzalliklari
●DNK metilatsiyasini tadqiq qilish uchun oltin standart: Ushbu etuk metilatsiya konversiyasini qayta ishlash texnologiyasi yuqori aniqlik va yaxshi takrorlanish qobiliyatiga ega.
●Keng qamrov va bitta bazali ruxsat:genom darajasida metilatsiya joylarini aniqlash.
●To'liq platforma:namunalarni qayta ishlash, kutubxona qurish, bioinformatika tahlili ketma-ketligidan bir martalik mukammal xizmat ko'rsatish.
●Keng ekspertiza: Turli xil turlar bo'ylab muvaffaqiyatli yakunlangan WGBS sekvensiyasi loyihalari bilan BMKGENE o'n yillik tajriba, yuqori malakali tahlil guruhi, keng qamrovli tarkib va sotuvdan keyingi mukammal yordamni olib keladi.
●Transkriptomik tahlilga qo'shilish imkoniyati: RNK-seq kabi boshqa omik ma'lumotlar bilan WGBS-ni integratsiyalashgan tahlil qilish imkonini beradi.
Namuna spetsifikatsiyalari
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi | Sifat nazorati |
| Bisulfit bilan ishlov beriladi | Illumina PE150 | 30x chuqurlik | Q30 ≥ 85% Bisulfit konversiyasi > 99% |
Namuna talablari
| Konsentratsiya (ng/µL) | Umumiy miqdori (mkg) | Qo'shimcha talablar | |
| Genomik DNK | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Cheklangan buzilish yoki ifloslanish |
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
DNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Ma'lumotlarni yetkazib berish
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
● Xom ketma-ketlik sifatini nazorat qilish;
● mos yozuvlar genomiga xaritalash;
● 5mC metillangan asoslarni aniqlash;
● Metilatsiyani taqsimlash va izohlash tahlili;
● Differensial metillangan hududlarni tahlil qilish (DMR);
● DMR bilan bog'liq genlarning funktsional izohi.
5mC metilatsiyani aniqlash: metillangan joylarning turlari
Metilatsiya xaritasi. 5 mC metilatsiya genom bo'ylab taqsimlanishi
Yuqori metillangan hududlarning izohi
Differentsial metillangan hududlar: bog'langan genlar
Differentsial metillangan hududlar: bog'langan genlarning izohi (gen ontologiyasi)
Nashrlar to'plami orqali BMKGene-ning butun genom bisulfit sekvensiyasi xizmatlari tomonidan qo'llab-quvvatlangan tadqiqot yutuqlarini o'rganing.
Fan, Y. va boshqalar. (2020) "To'liq genomli bisulfit sekvensiyasi yordamida qo'y skelet mushaklari rivojlanishida DNK metilatsiyasi profillarini tahlil qilish",BMC genomikasi, 21(1), 1–15-betlar. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Chjao, X. va boshqalar. (2022) "Vinilxlorid ta'sirida bo'lgan ishchilarda deoksiribonuklein kislotasi metilatsiyasining yangi buzilishlari",Toksikologiya va sanoat salomatligi, 38(7), 377–388-betlar. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. va boshqalar. (2020) "Genom metilatsiyasi, kodlanmaydigan RNKlar, mRNKlar va pishgan pomidor mevalaridagi metabolitlar darajasi o'rtasidagi aloqalar",O'simlik jurnali, 103(3), 980–994-betlar. doi: 10.1111/TPJ.14778.
