Yagona yadroli RNK ketma-ketligi
Texnik sxema
Yadrolarni izolyatsiyalash 10 × Genomics Chromium™ tomonidan amalga oshiriladi, u sakkiz kanalli mikrofluidik tizimdan iborat bo'lib, ikki marta kesishadi. Ushbu tizimda shtrix-kod va primer, fermentlar va bitta yadroli jel boncuklar nanolitr o'lchamdagi yog 'tomchiga o'ralgan bo'lib, Jel Bead-in-Emulsion (GEM) hosil qiladi. GEM hosil bo'lgach, har bir GEMda hujayra lizisi va shtrix-kodlarning chiqarilishi amalga oshiriladi. mRNK teskari 10 × shtrix-kod va UMI bilan cDNK molekulalariga transkripsiya qilinadi, ular keyinchalik standart ketma-ketlik kutubxonasi qurilishiga bo'ysunadi.
Xususiyatlari
● Muzlatilgan to'qimalardan bitta yadroli suspenziyani tayyorlash
● Jel bead-in-emulsion (GEM) hosil bo'lishi, keyin cDNK sintezi
● GEMdagi har bir boncuk 4 qismdan iborat astar bilan to'ldirilgan:
mRNKni tayyorlash va cDNK sintezi uchun poli(dT) quyruq,
Noyob molekulyar identifikator (UMI) kuchaytirilishini tuzatish uchun
10x shtrix-kod
Qisman o'qilgan 1 ketma-ketlik primerining bog'lash ketma-ketligi
Afzalliklar
Yagona yadroli RNK ketma-ketligi bir hujayrali RNK ketma-ketligi cheklovlarini chetlab o'tadi va quyidagilarga imkon beradi:
● Muzlatilgan namunalardan foydalanish va faqat yangi namunalar bilan cheklanmaydi
● Yangi hujayralarni fermentativ davolash bilan solishtirganda muzlatilgan hujayralarning past stressi, transkriptom ma'lumotlarida kamroq stress keltirib chiqaradigan genlar shaklida aks ettirilgan.
● Qizil qon hujayralarini oldindan olib tashlashning hojati yo'q
● Cheksiz hujayra diametri
● Tahlil qilish uchun mos bo'lgan namunalarning katta to'plami, shu jumladan to'qimalarning parchalanishi paytida hujayralar to'planishi yoki yo'q qilinishiga moyil bo'lgan murakkab va nozik to'qimalar turlari
Bir hujayrali RNK ketma-ketligi bilan tahlil qilib bo'lmaydigan va bitta yadroli RNK ketma-ketligi uchun mos bo'lgan namunalar:
| Hujayra / to'qimalar | Sabab |
| Muzlatilgan to'qimalarni yangilang | Yangi yoki uzoq vaqt saqlangan tashkilotlarni olish imkonsiz |
| Mushak hujayralari, megakaryotsitlar, yog '... | Hujayra diametri asbobga kirish uchun juda katta |
| Jigar… | Buzish uchun juda mo'rt, bitta hujayralarni ajrata olmaydi |
| Neyron hujayra, miya… | Ko'proq sezgir, stressni osonlashtiradi, ketma-ketlik natijalarini o'zgartiradi |
| Oshqozon osti bezi, qalqonsimon… | Yagona hujayra suspenziyasini ishlab chiqarishga ta'sir qiluvchi endogen fermentlarga boy |
Bir yadroli va bitta hujayrali
| Bir yadroli | Bir hujayrali |
| Cheksiz hujayra diametri | Hujayra diametri: 10-40 mkm |
| Materiallar muzlatilgan to'qimalar bo'lishi mumkin | Material yangi to'qima bo'lishi kerak |
| Muzlatilgan hujayralarning past stressi | Ferment bilan davolash hujayra stress reaktsiyasini keltirib chiqarishi mumkin |
| Qizil qon hujayralarini olib tashlash kerak emas | Qizil qon hujayralarini olib tashlash kerak |
| Yadro bioaxborotni ifodalaydi | Butun hujayra bioinformatsiyani ifodalaydi |
Texnik xususiyatlari
| Namuna talablari | Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| Hayvon to'qimalari ≥ 200 mg O'simlik to'qimalari ≥ 400 mg | 10x Genomics sn cDNA kutubxonasi | Illumina PE150 | Har bir hujayra uchun 100K PE o'qishi (100-200 Gb) | Mikroskop ostida kuzatilgan 700-1200 yadro/mkl va yadrolarning yaxlitligi |
Namuna tayyorlash bo'yicha ko'rsatmalar va xizmat ko'rsatish jarayoni haqida batafsil ma'lumot olish uchun iltimos, a bilan suhbatlashingBMKGENE mutaxassisi
Xizmat ish oqimi
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
● Sifat nazorati: hujayralar soni, genlarni aniqlash, hujayralarni aniq identifikatsiyalash, RNK molekulalari va ifoda miqdorini aniqlash
● Ichki namuna tahlili:
Hujayra klasteri va klaster annotatsiyasi
Differensial ifoda tahlili: klasterlarda DEGlarni aniqlash
Klaster DEGlarining funktsional izohlari va boyitishlari
● Guruhlararo tahlil:
Ma'lumotlarning kombinatsiyasi
Differensial ifoda tahlili: guruhlardagi DEGlarni aniqlash
DEG guruhining funktsional annotatsiyasi va boyitish
● Kengaytirilgan tahlil:
Hujayra siklini tahlil qilish
Pseudotime tahlili
Uyali aloqa tahlili (CellPhoneDB)
Gen to'plamini boyitish tahlili (GSEA)
Ichki namuna tahlili
Hujayra klasteri:
Differensial ifoda tahlili: klaster DEGs
Guruhlararo tahlil
Differensial ifoda tahlili: Guruh DEGlari
Kengaytirilgan tahlil:
Pseudotime tahlili:
Hujayra siklini tahlil qilish:
BMKGene-ning 10X Chromium tomonidan bir yadroli RNK sekvensiyasi xizmatlari tomonidan taqdim etilgan yutuqlarni ushbu taniqli nashrlarda o'rganing:
Vang, L. va boshqalar. (2021) "Bir hujayrali transkriptomik tahlil steroidga chidamli astma kuchayganida o'pkaning immun manzarasini ochib beradi",Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. va boshqalar. (2022) "Graves kasalligi va Hashimoto tiroiditi mikro muhitida immunitet hujayralarida tartibga solinmagan gen ekspressiyasi va anormal metabolik signalizatsiya uchun global tartibga solish tarmog'i",Immunologiyada chegaralar, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. va boshqalar. (2023) "Bir hujayrali transkriptom kambala (Paralichthys olivaceus) inaktivatsiyalangan Edwardsiella tarda bilan emlangandan keyin leykotsitlarning heterojenligi va immun javoblarini ochib beradi",Akvakultura, 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. va boshqalar. (2023) "Fotodinamik terapiya oshqozon saratoni bilan og'rigan bemorlarda o'simtaga qarshi immunitetni qayta shakllantirish orqali immun nazorat punkti ingibitorlari natijalarini yaxshilaydi",Oshqozon saratoni, 26(5), 798–813-betlar. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
