Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS)
Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS) DNK metilatsiyasini tadqiq qilishda Butun Genom Bisulfit Sequencing (WGBS) ga tejamkor va samarali alternativ sifatida paydo bo'ldi. WGBS butun genomni bitta asosiy rezolyutsiyada tekshirish orqali keng qamrovli tushunchalarni taqdim etsa-da, uning yuqori narxi cheklovchi omil bo'lishi mumkin. RRBS genomning vakillik qismini tanlab tahlil qilish orqali ushbu qiyinchilikni strategik jihatdan engillashtiradi. Ushbu metodologiya CpG orollariga boy hududlarni MspI bo'linishi orqali boyitish, so'ngra 200-500/600 bps fragmentlari hajmini tanlashga tayanadi. Shunday qilib, faqat CpG orollariga proksimal bo'lgan hududlar ketma-ketlashtiriladi, uzoq CpG orollari bo'lganlar esa tahlildan chiqarib tashlanadi. Ushbu jarayon bisulfit sekvensiyasi bilan birgalikda DNK metilatsiyasini yuqori aniqlikdagi aniqlash imkonini beradi va PE150 sekvensiya yondashuvi o'rtasiga emas, balki qo'shimchalarning uchlariga alohida e'tibor qaratadi va metilatsiya profilini yaratish samaradorligini oshiradi. RRBS tejamkor DNK metilatsiyasini tadqiq qilish va epigenetik mexanizmlar haqidagi bilimlarni oshirish imkonini beruvchi bebaho vositadir.
Xizmat xususiyatlari
● mos yozuvlar genomini talab qiladi.
● Lambda DNK bisulfit konvertatsiya samaradorligini kuzatish uchun ishlatiladi.
● MspI hazm qilish samaradorligi ham nazorat qilinadi.
● O'simlik namunalari uchun ikki tomonlama ferment hazm qilish.
● Illumina NovaSeq-da ketma-ketlik.
Xizmat afzalliklari
●WGBSga tejamkor va samarali alternativ: tahlilni kamroq xarajat va kamroq namuna talablari bilan amalga oshirish imkonini beradi.
●To'liq platforma:namunalarni qayta ishlash, kutubxona qurish va ketma-ketlikdan bioinformatika tahliligacha bir martalik mukammal xizmat ko'rsatish.
●Keng ekspertiza: Turli xil turlar bo'ylab muvaffaqiyatli yakunlangan RRBS sekvensiyasi loyihalari bilan BMKGENE o'n yillik tajriba, yuqori malakali tahlil guruhi, keng qamrovli tarkib va sotuvdan keyingi mukammal yordamni olib keladi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi | Sifat nazorati |
| MspI hazm qilingan va Bisulfit bilan ishlov berilgan kutubxona | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfit konversiyasi > 99% MspI kesish samaradorligi > 95% |
Namuna talablari
| Konsentratsiya (ng/µL) | Umumiy miqdori (mkg) |
| |
| Genomik DNK | ≥ 30 | ≥ 1 | Cheklangan buzilish yoki ifloslanish |
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
● Xom ketma-ketlik sifatini nazorat qilish;
● mos yozuvlar genomiga xaritalash;
● 5mC metillangan asoslarni aniqlash va motifni aniqlash;
● Metilatsiya taqsimotini tahlil qilish va namunalarni solishtirish;
● Differensial metillangan hududlarni tahlil qilish (DMR);
● DMR bilan bog'liq genlarning funktsional izohi.
Sifat nazorati: ovqat hazm qilish samaradorligi (genom xaritasida)
Sifat nazorati: bisulfit konversiyasi (metilatsiya ma'lumotlarini olishda)
Metilatsiya xaritasi: 5mC metillanish genom bo'ylab taqsimot
Taqqoslash namunasi: Asosiy komponentlar tahlili
Differentsial metillangan hududlar (DMR) tahlili: issiqlik xaritasi
Nashrlar to'plami orqali BMKGene-ning butun genom bisulfit sekvensiyasi xizmatlari tomonidan qo'llab-quvvatlangan tadqiqot yutuqlarini o'rganing.
Li, Z. va boshqalar. (2022) "CRISPR faollashuvi va parakrin omillar bilan Leydigga o'xshash hujayralarga yuqori aniqlikdagi qayta dasturlash",PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. va boshqalar. (2023) "Xitoy monozigot egizaklarida tana tarkibining genom bo'yicha DNK metilatsiyasi tahlili",Evropa klinik tadqiqotlar jurnali, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. va boshqalar. (2022) "DNK metilatsiyasi va bel-kestirib nisbati: Xitoy monozigot egizaklarida epigenom bo'ylab assotsiatsiyani o'rganish",Endokrinologik tekshiruvlar jurnali, 45(12), 2365–2376-betlar. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
