-
Yagona yadroli RNK ketma-ketligi
Yagona hujayrali suratga olish va maxsus kutubxona qurish texnikasining rivojlanishi, yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi bilan birgalikda hujayra darajasida gen ekspressiyasini o'rganishda inqilob qildi. Ushbu yutuq murakkab hujayra populyatsiyalarini chuqurroq va har tomonlama tahlil qilish, barcha hujayralar bo'ylab gen ekspressiyasini o'rtacha hisoblash bilan bog'liq cheklovlarni bartaraf etish va bu populyatsiyalar ichidagi haqiqiy heterojenlikni saqlash imkonini beradi. Bir hujayrali RNK ketma-ketligi (scRNA-seq) shubhasiz afzalliklarga ega bo'lsa-da, u bir hujayrali suspenziyani yaratish qiyin bo'lgan va yangi namunalarni talab qiladigan ba'zi to'qimalarda qiyinchiliklarga duch keladi. BMKGene-da biz eng zamonaviy 10X Genomics Chromium texnologiyasidan foydalangan holda bir yadroli RNK ketma-ketligini (snRNA-seq) taklif qilish orqali ushbu to'siqni hal qilamiz. Ushbu yondashuv bitta hujayra darajasida transkriptom tahliliga mos keladigan namunalar spektrini kengaytiradi.
Yadrolarni izolyatsiyalash innovatsion 10X Genomics Chromium chipi orqali amalga oshiriladi, u sakkiz kanalli mikrofluidik tizimni o'z ichiga oladi. Ushbu tizim ichida shtrix-kodlar, primerlar, fermentlar va bitta yadroni o'z ichiga olgan jel boncuklar nanolitr o'lchamdagi yog' tomchilariga o'ralgan bo'lib, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) hosil qiladi. GEM hosil bo'lgandan so'ng, hujayra lizisi va shtrix kodining chiqarilishi har bir GEM ichida sodir bo'ladi. Keyinchalik, mRNK molekulalari 10X shtrix kodlari va Noyob molekulyar identifikatorlarni (UMI) o'z ichiga olgan cDNKlarga teskari transkripsiyadan o'tadi. Keyinchalik, ushbu cDNKlar standart ketma-ketlik kutubxonasi qurilishiga duchor bo'lib, bitta hujayra darajasida gen ekspresyon profillarini mustahkam va har tomonlama o'rganishni osonlashtiradi.
Platforma: 10 × Genomics Chromium va Illumina NovaSeq platformasi
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptome
Fazoviy transkriptomika tadqiqotchilarga fazoviy kontekstni saqlab, to'qimalarda genlarni ifodalash modellarini tekshirish imkonini beruvchi ilg'or texnologiyadir. Ushbu domendagi kuchli platformalardan biri 10x Genomics Visium va Illumina sekvensiyasi bilan birlashtirilgan. 10X Visium printsipi to'qimalar bo'limlari joylashtiriladigan belgilangan tutib olish maydoniga ega ixtisoslashtirilgan chipda yotadi. Ushbu qo'lga olish maydonida shtrix-kodli dog'lar mavjud bo'lib, ularning har biri to'qima ichidagi noyob fazoviy joylashuvga mos keladi. Keyin to'qimalardan olingan RNK molekulalari teskari transkripsiya jarayonida noyob molekulyar identifikatorlar (UMI) bilan etiketlanadi. Ushbu shtrixli dog'lar va UMI'lar aniq fazoviy xaritalash va bitta hujayrali ruxsatda gen ifodasini miqdorini aniqlash imkonini beradi. Fazoviy shtrixli namunalar va UMIlarning kombinatsiyasi yaratilgan ma'lumotlarning aniqligi va o'ziga xosligini ta'minlaydi. Ushbu Spatial Transkriptomika texnologiyasidan foydalangan holda, tadqiqotchilar hujayralarning fazoviy tashkil etilishi va to'qimalarda yuzaga keladigan murakkab molekulyar o'zaro ta'sirlarni chuqurroq tushunishlari mumkin, bu esa ko'plab sohalarda, jumladan onkologiya, nevrologiya, rivojlanish biologiyasi, immunologiyada biologik jarayonlarning asosiy mexanizmlari haqida bebaho tushunchalarni taqdim etishi mumkin. , va botanika tadqiqotlari.
Platforma: 10X Genomics Visium va Illumina NovaSeq
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi-nanopora
NGS asosidagi mRNK ketma-ketligi gen ekspressiyasini miqdoriy aniqlash uchun ko'p qirrali vosita bo'lsa-da, uning qisqa o'qishga bog'liqligi murakkab transkriptomik tahlillarda samaradorligini cheklaydi. Boshqa tomondan, nanopore sekvensiyasi to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini ketma-ketlashtirish imkonini beruvchi uzoq o'qiladigan texnologiyadan foydalanadi. Ushbu yondashuv muqobil qo'shilish, gen sintezi, poli-adenilatsiya va mRNK izoformlarining miqdorini aniqlashni har tomonlama o'rganishga yordam beradi.
Nanopora ketma-ketligi, nanoporeyali yagona molekulali real vaqtda elektr signallariga tayanadigan usul, real vaqtda natijalarni beradi. Dvigatel oqsillari tomonidan boshqariladigan ikki zanjirli DNK bioplyonka ichiga o'rnatilgan nanopora oqsillari bilan bog'lanadi va kuchlanish farqi ostida nanopora kanalidan o'tayotganda ochiladi. DNK zanjiridagi turli asoslar tomonidan yaratilgan o'ziga xos elektr signallari aniq va uzluksiz nukleotidlar ketma-ketligini osonlashtiradigan real vaqt rejimida aniqlanadi va tasniflanadi. Ushbu innovatsion yondashuv qisqa muddatli o'qish cheklovlarini engib chiqadi va murakkab genomik tahlillar, shu jumladan murakkab transkriptomik tadqiqotlar uchun dinamik platformani darhol natijalar bilan ta'minlaydi.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio
NGS asosidagi mRNK ketma-ketligi gen ekspressiyasini miqdoriy aniqlash uchun ko'p qirrali vosita bo'lsa-da, uning qisqa o'qishga bog'liqligi murakkab transkriptomik tahlillarda foydalanishni cheklaydi. Boshqa tomondan, PacBio sequencing (Iso-Seq) to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini ketma-ketlashtirishga imkon beruvchi uzoq o'qiladigan texnologiyadan foydalanadi. Ushbu yondashuv muqobil qo'shilish, gen sintezi va poli-adenilatsiyani keng qamrovli o'rganishga yordam beradi. Biroq, talab qilinadigan ma'lumotlarning yuqori miqdori tufayli gen ekspressiyasini aniqlash uchun boshqa tanlovlar mavjud. PacBio sekvensiyasi texnologiyasi to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini olishda aniq afzalliklarni ta'minlaydigan yagona molekulali, real vaqtda (SMRT) sekvensiyaga tayanadi. Ushbu innovatsion yondashuv ketma-ketlik paytida DNK polimeraza faolligini real vaqtda kuzatish imkonini beruvchi nol rejimli to'lqin qo'llanmalari (ZMW) va mikrofabrikali quduqlardan foydalanishni o'z ichiga oladi. Ushbu ZMWlar ichida PacBio ning DNK polimerazasi DNKning qo'shimcha zanjirini sintez qiladi va butun mRNK transkriptlarini qamrab oladigan uzoq o'qishlarni hosil qiladi. Circular Consensus Sequencing (CCS) rejimida PacBio ishlashi bir xil molekulani qayta-qayta tartiblash orqali aniqlikni oshiradi. Yaratilgan HiFi o'qishlari NGS bilan taqqoslanadigan aniqlikka ega bo'lib, murakkab transkriptomik xususiyatlarni har tomonlama va ishonchli tahlil qilishga yordam beradi.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotik mRNK ketma-ketligi-NGS
mRNK ketma-ketligi, ko'p qirrali texnologiya, muayyan sharoitlarda hujayralardagi barcha mRNK transkriptlarini keng qamrovli profillash imkonini beradi. Keng ko'lamli ilovalari bilan ushbu zamonaviy vosita murakkab gen ekspresyon profillarini, gen tuzilmalarini va turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq molekulyar mexanizmlarni ochib beradi. Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori-darmonlarni ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan mRNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik jihatlari haqida tushuncha beradi, bu uning turli sohalardagi salohiyatiga qiziqish uyg'otadi.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-NGS
mRNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardagi barcha mRNK transkriptlarining keng qamrovli profilini yaratish imkonini beradi. Ushbu ilg'or texnologiya turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq bo'lgan murakkab genlarni ifodalash profillarini, gen tuzilmalarini va molekulyar mexanizmlarni ochib beruvchi kuchli vosita bo'lib xizmat qiladi. Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori-darmonlarni ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan mRNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik jihatlari haqida tushuncha beradi.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Uzoq kodlashsiz ketma-ketlik-Illumina
Uzoq kodlanmagan RNKlar (lncRNA) 200 dan ortiq nukleotidlardan iborat bo'lib, ular minimal kodlash potentsialiga ega va kodlanmaydigan RNKning asosiy elementlari hisoblanadi. Yadro va sitoplazmada joylashgan bu RNKlar epigenetik, transkripsiya va post-transkripsiyani tartibga solishda hal qiluvchi rol o'ynaydi, bu ularning hujayra va molekulyar jarayonlarni shakllantirishdagi ahamiyatini ta'kidlaydi. LncRNA ketma-ketligi Hujayra differentsiatsiyasi, Ontogenez va Inson kasalliklarida kuchli vositadir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Kichik RNK ketma-ketligi - Illumina
Kichik RNK (sRNK) molekulalariga mikroRNK (miRNK), kichik interferent RNK (siRNK) va piwi-o'zaro ta'sir qiluvchi RNK (piRNK) kiradi. Ular orasida uzunligi 18-25 nukleotid bo'lgan miRNKlar turli hujayra jarayonlarida muhim tartibga soluvchi rollari bilan alohida e'tiborga loyiqdir. To'qimalarga xos va bosqichga xos ifoda naqshlari bilan miRNKlar turli turlarda yuqori darajada saqlanib qoladi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNK Sequencing-Illumina
Dairesel RNK ketma-ketligi (circRNA-seq) - bu RNKning barqarorligini oshirishni ta'minlaydigan, kanonik bo'lmagan qo'shilish hodisalari tufayli yopiq halqalarni hosil qiluvchi RNK molekulalari sinfi bo'lgan aylana RNKlarni profillash va tahlil qilish. Ba'zi circRNKlar mikroRNK gubkalari sifatida harakat qilishlari, mikroRNKlarni ajratish va ularning maqsadli mRNKlarini tartibga solishga to'sqinlik qilishlari ko'rsatilgan bo'lsa-da, boshqa sirkRNKlar oqsillar bilan o'zaro ta'sir qilishi, gen ifodasini modulyatsiya qilishi yoki hujayra jarayonlarida rol o'ynashi mumkin. circRNA ekspresyon tahlili bu molekulalarning tartibga soluvchi rollari va ularning turli hujayra jarayonlarida, rivojlanish bosqichlarida va kasallik sharoitidagi ahamiyati haqida tushuncha beradi, bu gen ifodasi kontekstida RNK regulyatsiyasi murakkabligini chuqurroq tushunishga yordam beradi.
-
Butun transkriptoma ketma-ketligi - Illumina
Butun transkriptoma ketma-ketligi kodlash (mRNK) va kodlanmaydigan RNKlarni (lncRNA, circRNA va miRNK) o'z ichiga olgan turli xil RNK molekulalarini profillash uchun keng qamrovli yondashuvni taklif qiladi. Ushbu usul ma'lum bir lahzada ma'lum hujayralarning butun transkriptomiyasini ushlaydi, bu hujayra jarayonlarini yaxlit tushunishga imkon beradi. "Jami RNK ketma-ketligi" deb ham ataladi, u transkriptom darajasida murakkab tartibga solish tarmoqlarini ochishga qaratilgan bo'lib, raqobatdosh endogen RNK (ceRNK) va qo'shma RNK tahlili kabi chuqur tahlil qilish imkonini beradi. Bu, ayniqsa, circRNA-miRNA-mRNA-ga asoslangan ceRNA o'zaro ta'sirini o'z ichiga olgan tartibga soluvchi tarmoqlarni ochishda funktsional xarakteristikaning dastlabki bosqichini belgilaydi.
