-
BMKMANU S3000_Spatial transkriptom
Fazoviy transkriptomika ilmiy innovatsiyalarning birinchi pog'onasida turadi, bu esa tadqiqotchilarga to'qimalarda ularning fazoviy kontekstini saqlab qolgan holda murakkab genlarni ifodalash naqshlarini o'rganish imkonini beradi. Turli platformalar orasida BMKGene BMKManu S3000 Spatial Transkriptom chipini ishlab chiqdi, u 3,5 mikron kengaytirilgan ruxsati bilan faxrlanadi, hujayra osti diapazoniga etib boradi va ko'p darajali ruxsat sozlamalarini ta'minlaydi. Taxminan 4 million nuqtaga ega S3000 chipi fazoviy shtrixli suratga olish zondlari bilan yuklangan boncuklar bilan qoplangan mikro quduqlardan foydalanadi. S3000 chipidan fazoviy shtrix-kodlar bilan boyitilgan cDNK kutubxonasi tayyorlanadi va keyinchalik Illumina NovaSeq platformasida tartiblanadi. Fazoviy shtrixli namunalar va UMIlarning kombinatsiyasi yaratilgan ma'lumotlarning aniqligi va o'ziga xosligini ta'minlaydi. BMKManu S3000 chipi juda ko'p qirrali bo'lib, turli to'qimalarga va kerakli darajadagi tafsilotlarga nozik sozlanishi mumkin bo'lgan ko'p darajali ruxsat sozlamalarini taklif etadi. Ushbu moslashuvchanlik chipni turli xil fazoviy transkriptomik tadqiqotlar uchun ajoyib tanlov sifatida joylashtiradi va minimal shovqin bilan aniq fazoviy klasterlashni ta'minlaydi. BMKManu S3000 bilan hujayra segmentatsiyasi texnologiyasidan foydalanish transkripsiya ma'lumotlarini hujayralar chegaralariga ajratish imkonini beradi, bu esa bevosita biologik ma'noga ega bo'lgan tahlilga olib keladi. Bundan tashqari, S3000 ning yaxshilangan ruxsati har bir hujayrada aniqlangan genlar va UMI sonining ko'payishiga olib keladi, bu esa fazoviy transkripsiya naqshlari va hujayralar klasterini yanada aniqroq tahlil qilish imkonini beradi.
-
Yagona yadroli RNK ketma-ketligi
Yagona hujayrali suratga olish va maxsus kutubxona qurish texnikasining rivojlanishi, yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi bilan birgalikda hujayra darajasida gen ekspressiyasini o'rganishda inqilob qildi. Ushbu yutuq murakkab hujayra populyatsiyalarini chuqurroq va har tomonlama tahlil qilish, barcha hujayralar bo'ylab gen ekspressiyasini o'rtacha hisoblash bilan bog'liq cheklovlarni bartaraf etish va bu populyatsiyalar ichidagi haqiqiy heterojenlikni saqlash imkonini beradi. Bir hujayrali RNK ketma-ketligi (scRNA-seq) shubhasiz afzalliklarga ega bo'lsa-da, u bir hujayrali suspenziyani yaratish qiyin bo'lgan va yangi namunalarni talab qiladigan ba'zi to'qimalarda qiyinchiliklarga duch keladi. BMKGene-da biz eng zamonaviy 10X Genomics Chromium texnologiyasidan foydalangan holda bir yadroli RNK ketma-ketligini (snRNA-seq) taklif qilish orqali ushbu to'siqni hal qilamiz. Ushbu yondashuv bitta hujayra darajasida transkriptom tahliliga mos keladigan namunalar spektrini kengaytiradi.
Yadrolarni izolyatsiyalash innovatsion 10X Genomics Chromium chipi orqali amalga oshiriladi, u sakkiz kanalli mikrofluidik tizimni o'z ichiga oladi. Ushbu tizim ichida shtrix-kodlar, primerlar, fermentlar va bitta yadroni o'z ichiga olgan jel boncuklar nanolitr o'lchamdagi yog' tomchilariga o'ralgan bo'lib, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) hosil qiladi. GEM hosil bo'lgandan so'ng, hujayra lizisi va shtrix kodining chiqarilishi har bir GEM ichida sodir bo'ladi. Keyinchalik, mRNK molekulalari 10X shtrix kodlari va Noyob molekulyar identifikatorlarni (UMI) o'z ichiga olgan cDNKlarga teskari transkripsiyadan o'tadi. Keyinchalik, ushbu cDNKlar standart ketma-ketlik kutubxonasi qurilishiga duchor bo'lib, bitta hujayra darajasida gen ekspresyon profillarini mustahkam va har tomonlama o'rganishni osonlashtiradi.
Platforma: 10 × Genomics Chromium va Illumina NovaSeq platformasi
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptome
Fazoviy transkriptomika tadqiqotchilarga fazoviy kontekstni saqlab, to'qimalarda genlarni ifodalash modellarini tekshirish imkonini beruvchi ilg'or texnologiyadir. Ushbu domendagi kuchli platformalardan biri 10x Genomics Visium va Illumina sekvensiyasi bilan birlashtirilgan. 10X Visium printsipi to'qimalar bo'limlari joylashtiriladigan belgilangan tutib olish maydoniga ega ixtisoslashtirilgan chipda yotadi. Ushbu qo'lga olish maydonida shtrix-kodli dog'lar mavjud bo'lib, ularning har biri to'qima ichidagi noyob fazoviy joylashuvga mos keladi. Keyin to'qimalardan olingan RNK molekulalari teskari transkripsiya jarayonida noyob molekulyar identifikatorlar (UMI) bilan etiketlanadi. Ushbu shtrixli dog'lar va UMI'lar aniq fazoviy xaritalash va bitta hujayrali ruxsatda gen ifodasini miqdorini aniqlash imkonini beradi. Fazoviy shtrixli namunalar va UMIlarning kombinatsiyasi yaratilgan ma'lumotlarning aniqligi va o'ziga xosligini ta'minlaydi. Ushbu Spatial Transkriptomika texnologiyasidan foydalangan holda, tadqiqotchilar hujayralarning fazoviy tashkil etilishi va to'qimalarda yuzaga keladigan murakkab molekulyar o'zaro ta'sirlarni chuqurroq tushunishlari mumkin, bu esa ko'plab sohalarda, jumladan onkologiya, nevrologiya, rivojlanish biologiyasi, immunologiyada biologik jarayonlarning asosiy mexanizmlari haqida bebaho tushunchalarni taqdim etishi mumkin. , va botanika tadqiqotlari.
Platforma: 10X Genomics Visium va Illumina NovaSeq
