-
Qiyosiy genomika
Qiyosiy genomika turli turlar orasidagi butun genom ketma-ketliklari va tuzilmalarini tekshirish va solishtirishni o'z ichiga oladi. Bu soha turlarning evolyutsiyasini ochishga, gen funktsiyalarini dekodlashga va turli xil organizmlardagi saqlanib qolgan yoki bir-biridan farq qiluvchi ketma-ketlik tuzilmalari va elementlarini aniqlash orqali genetik tartibga solish mexanizmlarini yoritishga intiladi. Keng qamrovli qiyosiy genomik tadqiqot genlar oilalari, evolyutsion rivojlanish, butun genomning ko'payishi hodisalari va selektiv bosimlarning ta'siri kabi tahlillarni o'z ichiga oladi.
-
Evolyutsion genetika
Populyatsiya va evolyutsion genetik tahlil platformasi BMK ilmiy-tadqiqot guruhida yillar davomida to'plangan katta tajriba asosida yaratilgan. Bu, ayniqsa, bioinformatika bo'yicha mutaxassis bo'lmagan tadqiqotchilar uchun qulay vositadir. Ushbu platforma evolyutsion genetika bilan bog'liq asosiy tahlillarni, shu jumladan filogenetik daraxt qurilishi, bog'lanish muvozanatini tahlil qilish, genetik xilma-xillikni baholash, selektiv tozalash tahlili, qarindoshlik tahlili, PCA, populyatsiya tuzilishi tahlili va boshqalarni o'z ichiga oladi.
-
Hi-C asosidagi genom assambleyasi
Hi-C - yaqinlikka asoslangan o'zaro ta'sirlarni tekshirish va yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligini birlashtirish orqali xromosoma konfiguratsiyasini olish uchun mo'ljallangan usul. Ushbu o'zaro ta'sirlarning intensivligi xromosomalardagi jismoniy masofa bilan salbiy bog'liq deb ishoniladi. Shuning uchun Hi-C ma'lumotlari qoralama genomda yig'ilgan ketma-ketliklarni klasterlash, tartibga solish va yo'naltirish va ularni ma'lum miqdordagi xromosomalarga bog'lash uchun ishlatiladi. Ushbu texnologiya populyatsiyaga asoslangan genetik xarita mavjud bo'lmaganda xromosoma darajasidagi genom yig'ilishini kuchaytiradi. Har bir genomga Hi-C kerak.
-
O'simlik/Hayvon De Novo genomlari ketma-ketligi
De Novosekvensiya - mos yozuvlar genomi bo'lmaganda sekvensiya texnologiyalaridan foydalangan holda turning butun genomini qurishni anglatadi. Uzunroq o'qishni o'z ichiga olgan uchinchi avlod sekvensiyasini joriy etish va keng qo'llash o'qishlar orasidagi o'xshashlikni oshirish orqali genom yig'ilishini sezilarli darajada yaxshiladi. Bu yaxshilanish, ayniqsa, yuqori heterozigotlik, takrorlanuvchi hududlarning yuqori nisbati, poliploidlar va takrorlanuvchi elementlarga ega bo'lgan hududlar, g'ayritabiiy GC tarkibi yoki odatda qisqa o'qiladigan ketma-ketlik yordamida noto'g'ri yig'ilgan yuqori murakkablik kabi murakkab genomlar bilan ishlashda juda muhimdir. yolg'iz.
Bizning bir martalik yechimimiz yuqori sifatli de novo yig'ilgan genomni taqdim etadigan integratsiyalashgan ketma-ketlik xizmatlari va bioinformatik tahlillarni taqdim etadi. Illumina yordamida genomning dastlabki tadqiqoti genom hajmi va murakkabligini baholash imkonini beradi va bu ma'lumotlar PacBio HiFi yordamida uzoq o'qiladigan ketma-ketlikning keyingi bosqichini yo'naltirish uchun ishlatiladi.de novokontiglarni yig'ish. HiC yig'ilishidan keyingi foydalanish kontiglarni genomga bog'lash va xromosoma darajasidagi yig'ilishni olish imkonini beradi. Va nihoyat, genomga genlarni bashorat qilish va qisqa va uzoq o'qishlar bilan transkriptomlarga murojaat qilib, ifodalangan genlarni ketma-ketlashtirish orqali izohlanadi.
-
Insonning butun ekzoma ketma-ketligi
Insonning butun ekzom ketma-ketligi (hWES) kasallikni keltirib chiqaradigan mutatsiyalarni aniqlash uchun tejamkor va kuchli ketma-ketlik yondashuvi sifatida keng tan olingan. Butun genomning atigi 1,7% ni tashkil etishiga qaramay, ekzonlar umumiy protein funktsiyalarining profilini bevosita aks ettirib, hal qiluvchi rol o'ynaydi. Shunisi e'tiborga loyiqki, inson genomida kasalliklar bilan bog'liq mutatsiyalarning 85% dan ortig'i protein kodlash hududlarida namoyon bo'ladi. BMKGENE har xil tadqiqot maqsadlariga erishish uchun mavjud bo'lgan ikki xil eksonni ushlash strategiyasiga ega bo'lgan keng qamrovli va moslashuvchan insoniy ekzoma ketma-ketligini taklif qiladi.
-
Maxsus joylashuv kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF-seq)
Yuqori o'tkazuvchan genotiplash, ayniqsa katta populyatsiyalarda, genetik assotsiatsiyani o'rganishda asosiy qadam bo'lib, funktsional genlarni aniqlash, evolyutsion tahlil va boshqalar uchun genetik asosni ta'minlaydi. Butun genomni chuqur qayta tartiblash o'rniga,Qisqartirilgan vakillik genomlari ketma-ketligi (RRGS)genetik markerni topishda oqilona samaradorlikni saqlab, har bir namuna uchun ketma-ketlik xarajatlarini minimallashtirish uchun ko'pincha ushbu tadqiqotlarda qo'llaniladi. RRGS bunga DNKni cheklovchi fermentlar bilan hazm qilish va ma'lum bir fragment o'lchami diapazoniga e'tibor qaratish orqali erishadi va shu bilan genomning faqat bir qismini ketma-ketlashtiradi. Turli xil RRGS metodologiyalari orasida maxsus-lokusli kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF) sozlanishi va yuqori sifatli yondashuvdir. BMKGene tomonidan mustaqil ravishda ishlab chiqilgan ushbu usul har bir loyiha uchun cheklash fermenti to'plamini optimallashtiradi. Bu takrorlanuvchi hududlardan samarali qochib, genom bo'ylab bir xilda taqsimlangan katta miqdordagi SLAF teglarini (sekvensiya qilinayotgan genomning 400-500 bps hududlari) yaratishni ta'minlaydi va shu bilan eng yaxshi genetik markerni kashf qilishni ta'minlaydi.
-
Illumina oldindan tayyorlangan kutubxonalar
Sintezlash boʻyicha ketma-ketlik (SBS) asosidagi Illumina sekvensiyasi texnologiyasi global miqyosda qoʻllanilgan NGS innovatsiyasi boʻlib, dunyodagi ketma-ketlik maʼlumotlarining 90% dan ortigʻini yaratish uchun javobgardir. SBS printsipi har bir dNTP qo'shilganda floresan yorliqli teskari terminatorlarni tasvirlashni o'z ichiga oladi va keyinchalik keyingi bazani birlashtirishga imkon berish uchun parchalanadi. Har bir ketma-ketlik siklida mavjud bo'lgan to'rtta qayta tiklanadigan terminator bilan bog'langan dNTPlar bilan, tabiiy raqobat inkorporatsiyaning noto'g'riligini kamaytiradi. Ushbu ko'p qirrali texnologiya bir qator genomik ilovalarga javob beradigan bitta o'qiladigan va juftlashtirilgan kutubxonalarni qo'llab-quvvatlaydi. Illumina sekvensiyasining yuqori o'tkazuvchanlik qobiliyati va aniqligi uni genomik tadqiqotlarda asos bo'lib qo'yadi va olimlarga genomlarning nozik tomonlarini tengsiz tafsilot va samaradorlik bilan ochish imkonini beradi.
Bizning oldindan tayyorlangan kutubxona tartiblash xizmatimiz mijozlarga turli manbalardan (mRNK, butun genom, amplikon, 10x kutubxonalar va boshqalar) sekvensiya kutubxonalarini tayyorlash imkonini beradi. Keyinchalik, ushbu kutubxonalar Illumina platformalarida sifat nazorati va ketma-ketlik uchun bizning ketma-ketlik markazlarimizga yuborilishi mumkin.
