-
Asboblar to'plami
BMKCloud genomik dasturlar uchun bir martalik yechimni taqdim etuvchi yetakchi bioinformatika platformasi boʻlib, unga tibbiyot, qishloq xoʻjaligi, atrof-muhit va hokazolar kabi turli sohalarda tadqiqotchilar tomonidan keng ishoniladi. BMKCloud bioinformatik tahlil platformalari va vositalarini oʻz ichiga olgan integratsiyalashgan, ishonchli va samarali xizmatlarni taqdim etishga intiladi. , hisoblash resurslari, ommaviy ma'lumotlar bazasi, bioinformetik onlayn kurslar va boshqalar. BMKCloud turli xil tez-tez ishlatiladigan bioinformatika vositalariga ega, shu jumladan gen annotatsiyasi, evolyutsion genetik vositalar, ncRNK, ma'lumotlar sifatini nazorat qilish, yig'ish, moslashtirish, ma'lumotlarni olish, mutatsiyalar, statistika, figura generatori, ketma-ketlik tahlili va boshqalar.
-
De novo Bakterial Genom Assambleyasi
Biz 0 bo'shliqni kafolatlaydigan to'liq bakterial genom yig'ish xizmatini taqdim etamiz. Bu yig'ish uchun Nanopore va PacBio kabi uzoq o'qiladigan ketma-ketlik texnologiyalarini va yig'ilishni tekshirish va ONT o'qishlarida xatolarni tuzatish uchun Illumina bilan qisqa o'qish ketma-ketligini birlashtirish orqali mumkin. Bizning xizmatimiz aniq tadqiqot maqsadlariga javob beradigan montaj, funktsional izoh va ilg'or bioinformatik tahlildan to'liq bioinformatik ish oqimini taqdim etadi. Ushbu xizmat turli xil genetik va genomik tadqiqotlar uchun aniq mos yozuvlar genomlarini ishlab chiqish imkonini beradi. Bundan tashqari, u shtammni optimallashtirish, genetik muhandislik va mikrobial texnologiyalarni ishlab chiqish kabi ilovalar uchun asos bo'lib, ilmiy tushunchalar va biotexnologik innovatsiyalarni ilgari surish uchun muhim bo'lgan ishonchli va bo'shliqsiz genomik ma'lumotlarni ta'minlaydi.
-
kichik RNK
Kichik RNKlar o'rtacha uzunligi 18-30 nt bo'lgan qisqa kodlanmagan RNK turi bo'lib, miRNK, siRNK va piRNKni o'z ichiga oladi. Ushbu kichik RNKlar mRNK degradatsiyasi, translatsiyani inhibe qilish, geteroxromatin hosil bo'lishi va boshqalar kabi turli xil biologik jarayonlarda ishtirok etishi haqida ommaviy ravishda xabar berilgan. SmallRNK sekvensiyasi tahlili hayvonlar/o'simliklar rivojlanishi, kasallik, virus va boshqalar bo'yicha tadqiqotlarda keng qo'llanilgan. Kichik RNK ketma-ketlikni tahlil qilish platformasi standart tahlil va ilg'or ma'lumotlarni qazib olishdan iborat. RNK-seq ma'lumotlari asosida standart tahlil miRNKni identifikatsiyalash va bashorat qilish, miRNK maqsadli genini bashorat qilish, izohlash va ifoda tahliliga erishish mumkin. Murakkab tahlil miRNKni qidirish va olish, Venn diagrammasini yaratish, miRNK va maqsadli gen tarmog'ini yaratish imkonini beradi.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS - bu Biomarker Technologies bo'yicha boy tajriba asosida ishlab chiqilgan butun genomni qayta tartiblash tahlil platformasi. Foydalanish uchun qulay platforma Illumina platformasi va BGI sekvensiyasi platformasidan hosil boʻlgan DNK ketma-ketligi maʼlumotlariga mos keladigan bir nechta asosiy parametrlarni oʻrnatish orqali integratsiyalashgan tahlil ish jarayonini tez taqdim etish imkonini beradi. Ushbu platforma juda cheklangan vaqt ichida yuqori samarali ma'lumotlarni tahlil qilish imkonini beruvchi yuqori unumdorlikdagi hisoblash serverida joylashtirilgan. Shaxsiylashtirilgan ma'lumotlarni ishlab chiqarish standart tahlillar, jumladan mutatsiyaga uchragan gen so'rovi, PCR primer dizayni va boshqalar asosida mavjud.
-
mRNK (Ma'lumotnoma)
Transkriptom - genomik genetik ma'lumot va biologik funktsiya proteomi o'rtasidagi bog'liqlik. Transkripsiya darajasini tartibga solish organizmlarni tartibga solishning eng muhim va eng ko'p o'rganilgan usuli hisoblanadi. Transkriptomlar ketma-ketligi transkriptomani vaqtning istalgan nuqtasida yoki har qanday sharoitda, bitta nukleotidga to'g'ri keladigan rezolyutsiyada tartiblashi mumkin. U gen transkripsiyasi darajasini dinamik ravishda aks ettirishi, bir vaqtning o'zida nodir va normal transkriptlarni aniqlash va miqdorini aniqlash va tizimli ma'lumotlarni taqdim etishi mumkin. maxsus transkript namunalari.
Hozirgi vaqtda transkriptoma sekvensiyasi texnologiyasi agronomiya, tibbiyot va boshqa tadqiqot sohalarida, jumladan, hayvonlar va o'simliklarning rivojlanishini tartibga solish, atrof-muhitga moslashish, immunitetning o'zaro ta'siri, genlarning lokalizatsiyasi, turlarning genetik evolyutsiyasi va o'simta va genetik kasalliklarni aniqlashda keng qo'llanilmoqda.
-
Metagenomika (NGS)
Ushbu tahlil platformasi ko'p yillik tajriba asosida ov miltig'i metagenomik ma'lumotlarini tahlil qilish uchun mo'ljallangan. U turli xil tez-tez talab qilinadigan metagenomik tahlillarni o'z ichiga olgan integratsiyalashgan ish jarayonini o'z ichiga oladi, shu jumladan ma'lumotlarni qayta ishlash, turlar darajasidagi tadqiqotlar, gen funktsiyasi darajasidagi tadqiqotlar, metagenomlarni bog'lash va hokazo. Bundan tashqari, moslashtirilgan ma'lumotlarni qidirish vositalari standart tahlil ish jarayoni, jumladan, gen va tur so'rovi asosida mavjud. , parametrlarni sozlash, moslashtirilgan raqam yaratish va h.k.
-
LncRNA
Uzoq kodlanmagan RNKlar (lncRNA) uzunligi 200 nt dan ortiq bo'lgan, oqsillarni kodlay olmaydigan transkriptlarning bir turi. To'plangan dalillar shuni ko'rsatadiki, lncRNAlarning aksariyati funktsional bo'lishi mumkin. Yuqori samarali sekvensiya texnologiyalari va bioinformatik tahlil vositalari bizga lncRNA ketma-ketliklarini va joylashishni aniqlash ma'lumotlarini yanada samaraliroq ochishga imkon beradi va muhim tartibga solish funktsiyalariga ega bo'lgan lncRNAlarni kashf etishga yordam beradi. BMKCloud tez, ishonchli va moslashuvchan lncRNA tahliliga erishish uchun mijozlarimizga lncRNA ketma-ketligini tahlil qilish platformasini taqdim etishdan faxrlanadi.
-
GWAS
Genom bo'yicha assotsiatsiya tadqiqoti (GWAS) o'ziga xos belgilar (fenotip) bilan bog'liq bo'lgan genetik variantlarni (genotip) aniqlashga qaratilgan. GWA tadqiqotlari ko'p sonli shaxslarning butun genomini kesib o'tgan genetik belgilarni o'rganadi va populyatsiya darajasida statistik tahlil orqali genotip-fenotip birlashmalarini bashorat qiladi. Butun genomni takrorlash barcha genetik variantlarni kashf qilishi mumkin. Fenotipik ma'lumotlar bilan bog'langan holda, GWAS fenotip bilan bog'liq SNP, QTL va nomzod genlarni aniqlash uchun qayta ishlanishi mumkin, bu zamonaviy hayvon/o'simlik naslchilikni kuchli qo'llab-quvvatlaydi. SLAF o'z-o'zidan ishlab chiqilgan soddalashtirilgan genom sekvensiyasi strategiyasi bo'lib, u genom bo'ylab taqsimlangan markerlarni, SNP ni kashf etadi. Ushbu SNPlar, molekulyar genetik belgilar sifatida, maqsadli belgilar bilan assotsiatsiyani o'rganish uchun qayta ishlanishi mumkin. Bu genetik o'zgarishlar bilan bog'liq murakkab xususiyatlarni aniqlashda tejamkor strategiyadir.
-
Nanopore To'liq uzunlikdagi transkriptomika
Organizmlardagi murakkab va o'zgaruvchan muqobil izoformlar genlar ifodasini va oqsil xilma-xilligini tartibga solishning muhim genetik mexanizmlari hisoblanadi. Transkript tuzilmalarini to'g'ri aniqlash genlar ifodasini tartibga solish naqshlarini chuqur o'rganish uchun asosdir. Nanopor sekvensiyasi platformasi transkriptomik tadqiqotni izoform darajasiga muvaffaqiyatli olib keldi. Ushbu tahlil platformasi Nanopore platformasida yaratilgan RNK-Seq ma'lumotlarini mos yozuvlar genomiga asoslangan holda tahlil qilish uchun mo'ljallangan, bu gen darajasida ham, transkriptlar darajasida ham sifatli va miqdoriy tahlillarga erishadi.
-
aylana-RNK
Doiraviy RNK (circRNA) kodlanmaydigan RNKning bir turi bo'lib, yaqinda ular rivojlanish, atrof-muhitga qarshilik va hokazolarda ishtirok etadigan tartibga soluvchi tarmoqlarda muhim rol o'ynashi aniqlandi. circRNKning uchlari bir-biriga qo'shilib dumaloq tuzilish hosil qiladi, bu ularni eksonukleaza hazm qilishdan saqlaydi va barqarorroq bo'ladi. ko'p chiziqli RNKga qaraganda. CircRNA gen ifodasini tartibga solishda turli funktsiyalarga ega ekanligi aniqlandi. CircRNA miRNK shimgichi deb nomlanuvchi miRNKni raqobatbardosh bog'laydigan ceRNK vazifasini bajarishi mumkin. CircRNA ketma-ketligini tahlil qilish platformasi circRNA tuzilishi va ifodasini tahlil qilish, maqsadni bashorat qilish va boshqa turdagi RNK molekulalari bilan birgalikda tahlil qilish imkoniyatini beradi.
-
BSA
Ommaviy Segregant tahlil platformasi bir bosqichli standart tahlil va moslashtirilgan parametr sozlamalari bilan rivojlangan tahlildan iborat. BSA - bu fenotip bilan bog'liq genetik belgilarni tezda aniqlash uchun qo'llaniladigan usul. BSA ning asosiy ish jarayoni quyidagilarni o'z ichiga oladi: 1. o'ta qarama-qarshi fenotipli shaxslarning ikki guruhini tanlash; 2. DNKning ikkita asosiy qismini hosil qilish uchun barcha shaxslarning DNK, RNK yoki SLAF-seqsini (Biomarker tomonidan ishlab chiqilgan) birlashtirish; 3. mos yozuvlar genomiga yoki ularning orasidagi differensial ketma-ketlikni aniqlash, 4. ED va SNP indeksi algoritmi bo'yicha nomzod bilan bog'langan hududlarni bashorat qilish; 5. Nomzod hududlarda genlar bo'yicha funktsional tahlil va boyitish va boshqalar. Shuningdek, genetik marker skriningi va primer dizayni kabi ma'lumotlarni yanada ilg'or qazib olish ham mavjud.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) platformasi mikrobial xilma-xillik loyihasini tahlil qilish boʻyicha koʻp yillik tajribaga ega boʻlib ishlab chiqilgan boʻlib, unda standartlashtirilgan asosiy tahlil va shaxsiylashtirilgan tahlil mavjud: asosiy tahlil joriy mikrobiologik tadqiqotlarning asosiy tahlil mazmunini qamrab oladi, tahlil mazmuni boy va keng qamrovli, va tahlil natijalari loyiha hisobotlari shaklida taqdim etiladi; Shaxsiylashtirilgan tahlilning mazmuni xilma-xildir. Namunalar tanlanishi mumkin va parametrlar shaxsiylashtirilgan talablarni amalga oshirish uchun asosiy tahlil hisoboti va tadqiqot maqsadiga muvofiq moslashuvchan tarzda o'rnatilishi mumkin. Windows operatsion tizimi, oddiy va tez.
-
Evolyutsion genetika
Evolyutsion genetika - bu SNP, InDels, SV va CNVlarni o'z ichiga olgan genetik o'zgarishlarga asoslangan katta shaxslar guruhidagi evolyutsiyani chuqur talqin qilish uchun mo'ljallangan keng qamrovli ketma-ketlik xizmati. Ushbu xizmat populyatsiyalarning evolyutsion siljishlari va genetik xususiyatlarini yoritish uchun zarur bo'lgan barcha muhim tahlillarni, jumladan, populyatsiya tuzilishi, genetik xilma-xillik va filogenetik munosabatlarni baholashni o'z ichiga oladi. Bundan tashqari, u genlar oqimi bo'yicha tadqiqotlarni o'rganadi, bu esa populyatsiyaning samarali hajmini va farqlanish vaqtini baholash imkonini beradi. Evolyutsion genetika tadqiqotlari turlarning kelib chiqishi va moslashuvi haqida qimmatli ma'lumotlarni beradi.
BMKGENE-da biz katta populyatsiyalar bo'yicha evolyutsion genetik tadqiqotlarni o'tkazishning ikkita usulini taklif qilamiz: butun genomlar ketma-ketligini (WGS) qo'llash yoki qisqartirilgan vakillik genomlari ketma-ketligi usulini tanlash, uyda ishlab chiqilgan Spesifik-Lokus kuchaytirilgan fragment (SLAF). WGS kichikroq genomlarga mos bo'lsa-da, SLAF uzoqroq genomlarga ega bo'lgan katta populyatsiyalarni o'rganish uchun tejamkor alternativ sifatida paydo bo'lib, ketma-ketlik xarajatlarini samarali ravishda kamaytiradi.
