-
Metagenomik ketma-ketlik -NGS
Metagenom - bu atrof-muhit va inson metagenomlari kabi aralash organizmlar jamoasining umumiy genetik materiali to'plami. Unda etishtiriladigan va etishtirilmaydigan mikroorganizmlarning genomlari mavjud. NGS yordamida oʻq otish quroli metagenomik ketma-ketligi taksonomik profildan koʻproq narsani taʼminlash orqali atrof-muhit namunalariga kiritilgan ushbu murakkab genomik landshaftlarni oʻrganish imkonini beradi, shuningdek, turlar xilma-xilligi, moʻl-koʻllik dinamikasi va populyatsiyaning murakkab tuzilmalari haqida batafsil maʼlumot beradi. Taksonomik tadqiqotlardan tashqari, ov miltig'i metagenomikasi, shuningdek, kodlangan genlarni va ularning ekologik jarayonlardagi taxminiy rollarini o'rganishga imkon beruvchi funktsional genomik istiqbolni taklif qiladi. Nihoyat, genetik elementlar va atrof-muhit omillari o'rtasidagi korrelyatsiya tarmoqlarini o'rnatish mikrobial jamoalar va ularning ekologik kelib chiqishi o'rtasidagi murakkab o'zaro ta'sirni yaxlit tushunishga yordam beradi. Xulosa qilib aytadigan bo'lsak, metagenomik ketma-ketlik turli xil mikrobial jamoalarning genomik nozikliklarini ochib berish uchun asosiy vosita bo'lib, ushbu murakkab ekotizimlarda genetika va ekologiya o'rtasidagi ko'p qirrali munosabatlarni yoritadi.
Platformalar: Illumina NovaSeq va DNBSEQ-T7
-
Metagenomik ketma-ketlik-TGS
Metagenom - bu atrof-muhit va inson metagenomlari kabi aralash organizmlar jamoasining genetik materiali to'plami. Unda yetishtiriladigan va yetishtirilmaydigan mikroorganizmlarning genomlari mavjud. Metagenomik ketma-ketlik taksonomik profildan ko'proq narsani ta'minlash orqali ekologik namunalarga kiritilgan ushbu murakkab genomik landshaftlarni o'rganish imkonini beradi. Shuningdek, u kodlangan genlar va ularning atrof-muhit jarayonlaridagi taxminiy rollarini o'rganish orqali funktsional genomik istiqbolni taklif qiladi. Illumina sekvensiyasi bilan an'anaviy ov miltig'i yondashuvlari metagenomik tadqiqotlarda keng qo'llanilgan bo'lsa-da, Nanopore va PacBio uzoq o'qiladigan ketma-ketlikning paydo bo'lishi sohani o'zgartirdi. Nanopore va PacBio texnologiyalari quyi oqimdagi bioinformatik tahlillarni, xususan, metagenom yig'ilishini kuchaytirib, uzluksiz yig'ilishlarni ta'minlaydi. Hisobotlar shuni ko'rsatadiki, Nanopore va PacBio-ga asoslangan metagenomika murakkab mikrobiomalardan to'liq va yopiq bakterial genomlarni muvaffaqiyatli yaratgan (Moss, EL, va boshq., Nature Biotech, 2020). Nanopore o'qishlarini Illumina o'qishlari bilan integratsiyalash Nanopore-ga xos past aniqlikni yumshatib, xatolarni tuzatish uchun strategik yondashuvni ta'minlaydi. Ushbu sinergik kombinatsiya har bir ketma-ketlik platformasining kuchli tomonlarini ishlatib, potentsial cheklovlarni bartaraf etish va metagenomik tahlillarning aniqligi va ishonchliligini oshirish uchun mustahkam yechim taklif qiladi.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia va PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S va 18S rRNK genlari, Internal Transkripsiyalangan Spacer (ITS) mintaqasi bilan bir qatorda, yuqori darajada saqlanib qolgan va oʻta oʻzgaruvchan hududlarning kombinatsiyasi tufayli asosiy molekulyar barmoq izlari belgilari boʻlib xizmat qiladi, bu ularni prokaryotik va eukaryotik organizmlarni tavsiflash uchun bebaho vositaga aylantiradi. Ushbu hududlarning kuchayishi va ketma-ketligi turli xil ekotizimlarda mikrob tarkibi va xilma-xilligini o'rganish uchun izolyatsiyasiz yondashuvni taklif qiladi. Illumina sekvensiyasi odatda 16S, 18S va ITS ning V3-V4 va ITS1 kabi qisqa giperoʻzgaruvchan hududlarni maqsad qilgan boʻlsa-da, yuqori taksonomik izohga 16S, 18S va ITS ning toʻliq uzunligini ketma-ketlashtirish orqali erishish mumkinligi koʻrsatilgan. Ushbu keng qamrovli yondashuv aniq tasniflangan ketma-ketliklarning yuqori foiziga olib keladi va turlarni identifikatsiya qilishgacha bo'lgan aniqlik darajasiga erishadi. PacBio’ning Yagona molekulali real vaqtda (SMRT) sekvensiya platformasi Illumina sekvensiyasining aniqligi bilan raqobatlashuvchi to‘liq uzunlikdagi amplikonlarni qamrab oluvchi yuqori aniqlikdagi uzoq o‘qish (HiFi) bilan ajralib turadi. Bu qobiliyat tadqiqotchilarga tengsiz afzalliklarga - genetik landshaftning panoramik ko'rinishiga erishishga imkon beradi. Kengaytirilgan qamrov turlar annotatsiyasining aniqligini sezilarli darajada oshiradi, ayniqsa bakterial yoki zamburug'li jamoalar ichida, mikrob populyatsiyalarining nozik tomonlarini chuqurroq tushunishga imkon beradi.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Illumina texnologiyasi bilan amplikon sekvensiyasi, xususan, 16S, 18S va ITS genetik markerlariga mo'ljallangan, mikrob jamoalaridagi filogeniya, taksonomiya va turlarning ko'pligini aniqlashning kuchli usuli hisoblanadi. Ushbu yondashuv uy xo'jaligi genetik belgilarining gipero'zgaruvchan hududlarini ketma-ketlashtirishni o'z ichiga oladi. Dastlab molekulyar barmoq izi sifatida taqdim etilganWoeses va boshqalar1977-yilda ushbu texnika izolyatsion tahlillarni amalga oshirish orqali mikrobioma profilini yaratishda inqilob qildi. 16S (bakteriyalar), 18S (zamburug'lar) va Internal Transcribed Spacer (ITS, zamburug'lar) ketma-ketligi orqali tadqiqotchilar nafaqat ko'p turlarni, balki noyob va noma'lum turlarni ham aniqlashlari mumkin. Asosiy vosita sifatida keng qo'llaniladigan amplikon sekvensiyasi turli muhitlarda, jumladan, inson og'zi, ichaklari, axlati va undan tashqarida differensial mikrobial kompozitsiyalarni aniqlashda muhim rol o'ynadi.
-
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta tartiblash
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta sekvensiyalash loyihalari mikrob genomlarini to'ldirish va taqqoslash imkonini beruvchi mikrob genomikasini rivojlantirish uchun muhim ahamiyatga ega. Bu fermentatsiya muhandisligini, sanoat jarayonlarini optimallashtirishni va ikkilamchi metabolizm yo'llarini o'rganishni osonlashtiradi. Bundan tashqari, zamburug'lar va bakteriyalarning qayta sekvensiyasi atrof-muhitga moslashishni tushunish, shtammlarni optimallashtirish va genetik evolyutsiya dinamikasini aniqlash uchun juda muhimdir, bu tibbiyot, qishloq xo'jaligi va atrof-muhit fanida keng ta'sir ko'rsatadi.
-
Prokaryotik RNK ketma-ketligi
RNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardagi barcha RNK transkriptlarini keng qamrovli profillash imkonini beradi. Ushbu ilg'or texnologiya turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq bo'lgan murakkab genlarni ifodalash profillarini, gen tuzilmalarini va molekulyar mexanizmlarni ochib beruvchi kuchli vosita bo'lib xizmat qiladi. Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori vositalarini ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan RNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik tomonlari haqida tushuncha beradi. Bizning prokaryotik RNK namunalarini qayta ishlash prokaryotik transkriptomlar uchun mo'ljallangan bo'lib, rRNKning kamayishi va yo'nalishli kutubxona tayyorlashni o'z ichiga oladi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptomlar ketma-ketligi
Illumina sekvensiyasi texnologiyasidan foydalangan holda, BMKGENE ning metatranskriptom sekvensiyasi xizmati tuproq, suv, dengiz, axlat va ichak kabi tabiiy muhitda eukaryotlardan prokaryotlar va viruslarni qamrab oluvchi turli xil mikroblarning dinamik gen ifodasini ochib beradi. Bizning keng qamrovli xizmatimiz tadqiqotchilarga murakkab mikrobial jamoalarning to'liq gen ifodasi profillarini o'rganish imkonini beradi. Taksonomik tahlildan tashqari, bizning metatranskriptomlarni sekvensiyalash xizmatimiz funktsional boyitishni o'rganishni osonlashtiradi, differensial ravishda ifodalangan genlar va ularning rollarini yoritadi. Ushbu xilma-xil ekologik bo'shliqlar ichida genlar ifodasi, taksonomik xilma-xillik va funktsional dinamikaning murakkab landshaftlari bo'ylab harakatlanayotganda ko'plab biologik tushunchalarni oching.
-
De novo Fungal Genom Assambleyasi
BMKGENE qo'ziqorin genomlari uchun ko'p qirrali echimlarni taklif qiladi, turli xil tadqiqot ehtiyojlarini va kerakli genomning to'liqligini ta'minlaydi. Qisqa muddatli Illumina sekvensiyasidan foydalanishning o'zi genom qoralamasini yaratishga imkon beradi. Nanopore yoki Pacbio yordamida qisqa o'qiladigan va uzoq o'qiladigan ketma-ketliklar uzunroq kontiglarga ega bo'lgan yanada tozalangan qo'ziqorin genomi uchun birlashtiriladi. Bundan tashqari, Hi-C sekvensiyasini integratsiyalash imkoniyatlarni yanada kuchaytiradi, bu esa to'liq xromosoma darajasidagi genomga erishish imkonini beradi.
-
De novo Bakterial Genom Assambleyasi
Biz 0 bo'shliqni kafolatlaydigan to'liq bakterial genom yig'ish xizmatini taqdim etamiz. Bu yig'ish uchun Nanopore va PacBio kabi uzoq o'qiladigan ketma-ketlik texnologiyalarini va yig'ilishni tekshirish va ONT o'qishlarida xatolarni tuzatish uchun Illumina bilan qisqa o'qish ketma-ketligini birlashtirish orqali mumkin. Bizning xizmatimiz aniq tadqiqot maqsadlariga javob beradigan montaj, funktsional izoh va ilg'or bioinformatik tahlildan to'liq bioinformatik ish oqimini taqdim etadi. Ushbu xizmat turli xil genetik va genomik tadqiqotlar uchun aniq mos yozuvlar genomlarini ishlab chiqish imkonini beradi. Bundan tashqari, u shtammni optimallashtirish, genetik muhandislik va mikrobial texnologiyalarni ishlab chiqish kabi ilovalar uchun asos bo'lib, ilmiy tushunchalar va biotexnologik innovatsiyalarni ilgari surish uchun muhim bo'lgan ishonchli va bo'shliqsiz genomik ma'lumotlarni ta'minlaydi.
