-
Hi-C asosidagi kromatin o'zaro ta'siri
Hi-C - yaqinlik asosidagi o'zaro ta'sirlarni tekshirish va yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligini birlashtirish orqali genomik konfiguratsiyani olish uchun mo'ljallangan usul. Usul xromatinning formaldegid bilan o'zaro bog'lanishiga, so'ngra hazm qilish va qayta bog'lashga asoslangan bo'lib, faqat kovalent bog'langan bo'laklar ligatsiya mahsulotlarini hosil qiladi. Ushbu ligatsiya mahsulotlarini ketma-ketlashtirish orqali genomning 3D tashkilotini o'rganish mumkin. Hi-C genomning engil o'ralgan qismlarini (A bo'linmalari, euxromatin) va transkripsiya faol bo'lish ehtimoli ko'proq va zichroq qadoqlangan hududlarni (B bo'limlari, geterokromatin) taqsimlashni o'rganish imkonini beradi. Hi-C shuningdek, topologik assotsiatsiyalangan domenlarni (TADlar), katlanmış tuzilmalarga ega bo'lgan va o'xshash ekspressiya naqshlariga ega bo'lgan genom hududlarini aniqlash va xromatin halqalarini, oqsillar bilan bog'langan DNK hududlarini aniqlash uchun ham ishlatilishi mumkin. ko'pincha tartibga soluvchi elementlar bilan boyitilgan. BMKGene'ning Hi-C sekvensiyasi xizmati tadqiqotchilarga genomikaning fazoviy o'lchamlarini o'rganish imkonini beradi, genom tartibga solish va uning salomatlik va kasallikdagi oqibatlarini tushunish uchun yangi yo'llarni ochadi.
-
Xromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)
Xromatin immunoprecipitatsiyasi (CHIP) - bu DNKni bog'laydigan oqsillarni va ularning tegishli genomik maqsadlarini tanlab boyitish uchun antikorlardan foydalanadigan usul. Uning NGS bilan integratsiyasi giston modifikatsiyasi, transkripsiya omillari va boshqa DNKni bog'laydigan oqsillar bilan bog'liq bo'lgan DNK maqsadlarini genom bo'yicha profillash imkonini beradi. Ushbu dinamik yondashuv turli xil hujayralar, to'qimalar yoki sharoitlarda bog'lanish joylarini taqqoslash imkonini beradi. ChIP-Seq ilovalari transkripsiyani tartibga solish va rivojlanish yo'llarini o'rganishdan kasallik mexanizmlarini tushuntirishga qadar bo'lib, uni genomik tartibga solish landshaftlarini tushunish va terapevtik tushunchalarni rivojlantirish uchun ajralmas vositaga aylantiradi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Butun genom bisulfit sekvensiyasi (WGBS)
Butun genom bisulfit ketma-ketligi (WGBS) DNK metilatsiyasini chuqur o'rganish uchun oltin standart metodologiya, xususan, gen ekspressiyasi va hujayra faolligining asosiy regulyatori bo'lgan sitozin (5-mC) bo'yicha beshinchi o'rinni egallaydi. WGBS ning asosiy printsipi bisulfit bilan davolashni o'z ichiga oladi, bu metillanmagan sitozinlarni urasilga (C dan U gacha) aylantirishni keltirib chiqaradi, shu bilan birga metillangan sitozinlarni o'zgarishsiz qoldiradi. Ushbu usul tadqiqotchilarga metilomani har tomonlama o'rganish va turli xil holatlar, xususan, saraton bilan bog'liq bo'lgan g'ayritabiiy metilatsiya naqshlarini aniqlash imkonini beruvchi yagona asosli rezolyutsiyani taklif qiladi. WGBS dan foydalangan holda, olimlar turli xil biologik jarayonlar va kasalliklar asosida yotuvchi epigenetik mexanizmlar haqida nozik tushunchani ta'minlab, genom bo'ylab metilatsiya landshaftlari haqida misli ko'rilmagan tushunchalarga ega bo'lishlari mumkin.
-
Yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligi bilan transpozazadan foydalanish mumkin bo'lgan xromatinni tahlil qilish (ATAC-seq)
ATAC-seq - bu genom bo'ylab xromatin mavjudligini tahlil qilish uchun ishlatiladigan yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi usuli. Uning ishlatilishi gen ekspressiyasi ustidan global epigenetik nazoratning murakkab mexanizmlarini chuqurroq tushunish imkonini beradi. Usul bir vaqtning o'zida ketma-ketlik adapterlarini kiritish orqali ochiq kromatin hududlarini parchalash va belgilash uchun hiperaktiv Tn5 transpozasidan foydalanadi. Keyinchalik PCR amplifikatsiyasi ma'lum fazo-vaqt sharoitida ochiq xromatin hududlarini har tomonlama aniqlash imkonini beruvchi ketma-ketlik kutubxonasini yaratishga olib keladi. ATAC-seq faqat transkripsiya faktorini bog'lash joylariga yoki ma'lum giston o'zgartirilgan hududlarga qaratilgan usullardan farqli o'laroq, mavjud xromatin landshaftlarining yaxlit ko'rinishini ta'minlaydi. Ushbu ochiq xromatin hududlarini ketma-ketlashtirish orqali ATAC-seq faol tartibga solish ketma-ketliklari va potentsial transkripsiya faktorlarini bog'lash joylariga ko'proq moyil bo'lgan hududlarni ochib beradi, bu genom bo'ylab gen ekspressiyasining dinamik modulyatsiyasi haqida qimmatli ma'lumotlarni taqdim etadi.
-
Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS)
Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS) DNK metilatsiyasini tadqiq qilishda Butun Genom Bisulfit Sequencing (WGBS) ga tejamkor va samarali alternativ sifatida paydo bo'ldi. WGBS butun genomni bitta asosiy rezolyutsiyada tekshirish orqali keng qamrovli tushunchalarni taqdim etsa-da, uning yuqori narxi cheklovchi omil bo'lishi mumkin. RRBS genomning vakillik qismini tanlab tahlil qilish orqali ushbu qiyinchilikni strategik jihatdan engillashtiradi. Ushbu metodologiya CpG orollariga boy hududlarni MspI bo'linishi orqali boyitish, so'ngra 200-500/600 bps fragmentlari hajmini tanlashga tayanadi. Shunday qilib, faqat CpG orollariga proksimal bo'lgan hududlar ketma-ketlashtiriladi, uzoq CpG orollari bo'lganlar esa tahlildan chiqarib tashlanadi. Ushbu jarayon bisulfit sekvensiyasi bilan birgalikda DNK metilatsiyasini yuqori aniqlikdagi aniqlash imkonini beradi va PE150 sekvensiya yondashuvi o'rtasiga emas, balki qo'shimchalarning uchlariga alohida e'tibor qaratadi va metilatsiya profilini yaratish samaradorligini oshiradi. RRBS tejamkor DNK metilatsiyasini tadqiq qilish va epigenetik mexanizmlar haqidagi bilimlarni oshirish imkonini beruvchi bebaho vositadir.
