Issiqlik xaritasi
Issiqlik xaritasi vositasi matritsa ma'lumotlar faylini kirish sifatida qabul qiladi va foydalanuvchilarga ma'lumotlarni filtrlash, normallashtirish va klasterlash imkonini beradi. Issiqlik xaritalari uchun asosiy foydalanish holati turli xil namunalar orasidagi genlarni ifodalash darajasini klasterli tahlil qilishdir.
Gen izohi
Gen izohlash vositasi kirish FASTA fayllarini turli ma'lumotlar bazalariga nisbatan ketma-ket tekislash asosida gen izohini amalga oshiradi.
Asosiy mahalliy hizalama qidirish vositasi (BLAST)
BLAST vositasi NCBI BLASTning BMKCloud integratsiyalashgan versiyasidir va BMKCloud hisobiga yuklangan ma'lumotlardan foydalangan holda bir xil funktsiyalarni bajarish uchun ishlatilishi mumkin.
CDS_UTR bashorati
CDS_UTR bashorat qilish vositasi ma'lum protein ma'lumotlar bazalari va ORF prognozi natijalariga nisbatan BLAST natijalariga asoslangan berilgan transkript ketma-ketliklarida kodlash mintaqalarini (CDS) va kodlanmagan hududlarni (UTR) bashorat qilish uchun mo'ljallangan.
Manhetten syujeti
Manhetten uchastkasi vositasi yuqori namunali tajribalarni ko'rsatishga imkon beradi va odatda genom bo'ylab assotsiatsiya tadqiqotlarida (GWAS) qo'llaniladi.
Sirkos diagrammasi
CIRCOS diagramma vositasi genomik xususiyatning genom bo'ylab qanday taqsimlanishini samarali vizualizatsiya qilishni ta'minlaydi. Umumiy xususiyatlar orasida miqdoriy joylashuvlar, SNPlar, InDels, tizimli va nusxa ko'chirish raqamlari variantlari mavjud.
Gen ontologiyasi (GO) boyitish
GO Enrichment vositasi funksional boyitish tahlilini taqdim etadi. Ushbu vositaning asosiy dasturi TopGO-Bioconductor to'plami bo'lib, u differentsial ifoda tahlilini, GO boyitish tahlilini va natijalarni vizualizatsiya qilishni o'z ichiga oladi.
Og'irlangan genlarni birgalikda ifodalash tarmog'i tahlili (WGCNA)
WGCNA - bu genlarning birgalikda ifodalash modullarini kashf qilish uchun keng qo'llaniladigan ma'lumotlarni qidirish usuli. U turli xil ifoda ma'lumotlar to'plamiga, shu jumladan mikroarray va NGS gen ifodasi ma'lumotlariga nisbatan qo'llaniladi.
InterProScan
InterProScan vositasi InterPro oqsil ketma-ketligini tahlil qilish va tasniflashni ta'minlaydi.
GO KEGG boyitish
GO KEGG boyitish vositasi taqdim etilgan genlar to‘plami va tegishli izoh asosida GO boyitish gistogrammasi, KEGG boyitish gistogrammasi va KEGG boyitish yo‘lini yaratish uchun mo‘ljallangan.