O'simlik / hayvonlar de novo genomening
DovoSekceence Safarli genom bo'lmaganda ketma-ketlik texnologiyalaridan foydalangan holda turdagi butun genomni qurishga nazar tashlaydi. Uchinchi avlodning ketma-ketligi va keng tarqalgan asrab olish, shuningdek, o'qishni ko'paytirish orqali genombaqalar majlisini sezilarli darajada oshiradi. Ushbu tadbirkorlik yuqori heterogqılloh, polipoidlarning yuqori nisbati, g'ayritabiiy o'quvchilarning yuqori nisbati, g'ayritabiiy ravishda o'qishga qodir bo'lmagan, juda ko'p murakkablikdagi jinsiy a'zolar bilan bog'liq bo'lgan. yolg'iz.
Bizning bitta bekitamiz, yuqori sifatli genomni etkazib beradigan integratsiyalashgan sekariya xizmatlari va bioinformatik tahlilni ta'minlaydi. Illumina bilan boshlang'ich genome so'rovi genomem o'lchamlari va murakkabligini baholaydi va bu ma'lumot Pacbio HIFI bilan uzoq vaqt davomida o'qishni ketma-ketlikni boshqarish uchun ishlatiladidovoTanohatlarni yig'ish. Keyingi anjumandan keyingi foydalanish Atigiklarni kulgiliga, xromosoma darajalarini yig'ish bilan shug'ullanishga imkon beradi. Va nihoyat, genom gen bashorati va ketma-ketlik bilan izohli genlar bilan, qisqa va uzun o'quvchilar bilan transkripslarga murojaat qiladi.
Xizmat xususiyatlari
● Bir nechta ketma-ketlik va bioinformatik xizmatlarning bir-birini to'xtatish yo'liga qo'shilishi:
ILMAMINA BILAN GROUSOME BILAN BEASIMAN SAFTIKA VA keyingi qadamlar keyingi bosqichlarni baholash;
Uzoq o'qish tartibidovoTanlovlar yig'ilishi;
Xromosoma langar uchun HI-C-ketlik;
genlarni annotatsiya qilish uchun mrna ketma-ketligi;
Yig'ilishni tasdiqlash.
● Roman genomlarini qurish yoki manfaatlar turlari uchun mavjud bo'lgan ma'lumot genomlarini takomillashtirishga mos keladi.
Xizmatning afzalliklari
Ichki joylarda ketma-ketlik platformalarini va bioinformatikalarni ishlab chiqishdovoGenome Majlis
(Amalasinghe sl va boshqalar.,Genom biologiya, 2020)
●Keng ekspertiza va nashr etilgan rekord: Bmkgene yuqori sifatli nasl-nasabli turli xil turdagi tajribalarni, jumladan diploid genomi va poliidik va alopopolidelid turlarining juda murakkab generalarida to'plangan. 2018 yildan beri biz o'z hissasini qo'shdik300 ta yuqori ta'sirli nashrlar va 20+ ularning 20+ tabiat genetikasida chop etilgan.
● Bir-birini to'xtatish eritmasi: Bizning integratsiyalashgan yondashuvimiz bir nechta ketma-ket texnologiyalarni va yuqori sifatli yig'ilgan genomni etkazib beruvchi bir qator ketma-ketlik va biologikformatik tahlillarni birlashtiradi.
●Sizning ehtiyojlaringizga mos keladi: Bizning xizmat ish oqimlari moslashuvchan, turli xil xususiyatlar va ma'lum bir ilmiy ehtiyojlar bilan genomlarga moslashish imkoniyati mavjud. Bunga ulkan genomlarni, poliploid genomlarni, yuqori chayqovchi gienslarni va boshqalarni joylashtirishni o'z ichiga oladi.
●Yuqori malakali bioinformatika va laboratoriya jamoasi: Murakkab genome anjumanlari va patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqlari bo'yicha tajriba va bioinformatika bo'yicha katta tajribaga ega.
●Sotishdan keyingi yordam:Bizning majburiyatimiz loyihani tugatgandan tashqari, sotuvdan keyin 3 oydan keyin kengayadi. Shu vaqt ichida biz loyihalarni amalga oshirish uchun har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatib borish, muammolarni bartaraf etish, Q vada o'tkazishni taklif qilamiz.
Xizmat texnikasi
| Genome so'rovi | Genome Majlis | Xromosoma darajasi | Genomni izohlash |
| 50x Lovina Novasq Pe150
| 30x Pacbio CCS HIFI o'qiladi | 100x hi-c | RNN-SEq Lalumina pe150 10 gb + (ixtiyoriy) To'liq uzunligi RNN-SEq PACBIO 40 GB yoki Nanopore 12 gb |
Xizmat talablari
Genome so'rovi uchun Genom Majlis va Hi-C anjumanlari uchun:
| To'qima yoki qazib olingan nuklein kislotalar | Genome so'rovi | Genome Assambleyasi pakbio bilan | Hi-c montaj |
| Hayvonlarning ichkilari | 0,5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Hayvonlar mushaklari | ≥ 5 g | ||
| Sutemizuvchi qon | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Parrandachilik / baliq qon | ≥ 0,5 ml | ||
| O'simlik - yangi barg | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Madaniyatli hujayralar |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Hasharot | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Qazib olingan DNK | Konsentratsiya: ≥1 ng / mkl Miqdor ≥ 30 ng Cheklangan yoki buzilish yoki ifloslanish | Konsentratsiya: ≥ 50 ng / mkl Miqdor: 10 mkg / oqim hujayralari / namuna OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Cheklangan yoki buzilish yoki ifloslanish |
-
|
Tuzatish bilan genome annotation uchun:
| To'qima yoki qazib olingan nuklein kislotalar | Illumina tozati | Pacbio trankrient | Nanopore txtetrli |
| O'simlik - ildiz / stem / gulbarg | 450 mg | 600 mg | |
| O'simlik - barg / urug ' | 300 mg | 300 mg | |
| O'simlik - meva | 1.2 g | 1.2 g | |
| Hayvonlarning yurak / ichak | 300 mg | 300 mg | |
| Hayvonning ichki / miyasi | 240 mg | 240 mg | |
| Hayvonlar mushaklari | 450 mg | 450 mg | |
| Hayvonlar suyaklari / sochlari / teri | 1 g | 1 g | |
| Artropod - hasharotlar | 6 | 6 | |
| Artropod -custakea | 300 mg | 300 mg | |
| Butun qon | 1 ta naycha | 1 ta naycha | |
| Qazib olingan RNN | Konsentratsiya: ≥ 20 ng / mkl Miqdor ≥ 0,3 mkg OD260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18sl1 | Konsentratsiya: ≥ 100 ng / mkl Miqdor ≥ 0,75 mkg OD260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18sl1 | Konsentratsiya: ≥ 100 ng / mkl Miqdor ≥ 0,75 mkg OD260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Rin≥ 7.50 5≥28s / 18sl1 |
Tavsiya etilgan namunaviy etkazib berish
Konteyner: 2 ml Centriftul naycha (qalay folga tavsiya etilmaydi)
(Ko'p namunalar uchun biz etanolni saqlab qolmaslikni maslahat beramiz.)
Namunaviy yorliq: namunalar aniq belgilangan va taqdim etilgan namunaviy ma'lumot shaklida aniq bo'lishi kerak.
Etkazib berish: Quruq-muz: birinchi navbatda namunalarni qoplash kerak va quruq muzga ko'milishi kerak.
Ishqiboz
Xizmat ishi oqimi
Eksperiment dizayni
Namuna etkazib berish
DNK chiqarib olish
Kutubxona qurilishi
Tartibsizlik
Ma'lumotlar tahlili
Sotishdan keyingi xizmatlar
4 bosqichda ajratilgan bioinformatik tahlilni to'liq to'ldiring:
1) NGS bilan K-MAR tahliliga asoslangan genome so'rovi o'qiladi:
Genom o'lchamini baholash
Heterozliklikni baholash
Tegishli hududlarni hisoblash
2) pakbio HIFI-ga ega genome anjuman:
Dovoyig'ish
Assambleya baholash: NGS va PACBII HIFIning orqa to'liqligi va xaritasi uchun avtobuslarni umumlashtirish va xaritasi uchun analetani tahlil qilish
3) Hi-C montaj:
HI-C kutubxonasi QC: haqiqiy Hi-C o'zaro ta'sirini baholash
Hi-C montaj: Guruhlardagi attiklarni klasterlash, undan keyin har bir guruhda buyurtma berish va kontgiga yo'nalishni tayinlash
Hi-c baholash
4) genome annotasi:
Kodsizlashtirish RNKni bashorat qilish
Tegishli ketma-ketliklarni aniqlash (transposlar va tandem takrorlash)
Gen bashorati
§Dovo: AB Centation algoritmlari
§ Homologiyaga asoslangan
§ Uzoq va qisqa o'quvchilarga ko'ra, trandetriyani keltirib chiqaradi: O'qishdovogenom chizig'iga yig'ilgan yoki biriktirilgan
§ Bir nechta ma'lumotlar bazalari bilan taxmin qilingan genlarni izohlang
1) Genomni o'rganish - K-AR tahlili
2) genome anjuman
2) genome Assambleyasi - Pacbio HiFi majlisni yig'ish uchun xaritalashni o'qiydi
2) Hi-C montaj - Hi-C haqiqiy o'zaro ta'sirli juftliklarni baholash
3) Salom-C-ni yig'ishdan keyingi baholash
4) genome annotasi - bashorat qilingan genlarni integratsiyalash
4) genome annotasi - bashorat qilingan genes izoh
BMKGene de Novo genomby anjomlari tomonidan olib boriladigan sovrinlar xizmatlari tomonidan o'qitilgan nashrlar to'plamlari orqali yordam beradi:
Li, C. va boshqalar. (2021). "Genomes ketma-ketligi global dispersiya yo'nalishlarini ochib beradi va Saharing Evolution shahridagi konvergent genetik moslashuvlarni taklif qiladi", tabiat haqida xabarlar, 12 (1). Doi: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, y. va boshqalar. (2023) "Katta miqyosli xromosomalar" genomma darajasini ifodalash, atrof-muhitni moslashtirish va genalli "ifodasi va namoyon bo'lishiga olib keladi, masalan, molekulyar biologiya va evolyutsiya, 40 (1). Doi: 10.1093 / Malbev / MSAD006.
Tian, t. va boshqalar. (2023) "Genome Conjerbile va taniqli qurg'oqchilikka chidamli makkajo'xori maizlar Gerptmle ', tabiat genetikasi 2023 55: 3, 55 (3), 496-506. DOI: 10.1038 / S4158-02301297-Y.
Zhang, F va boshqalar. (2023) "Solanaceae oilasida ikkita gensni tahlil qilish orqali tannan evolyutsiyasi, 2023 14: 1, 14 (1), 1-18. Doi: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Qiyin ishlarni o'rganish:
Telomeriya-telomera yig'ini:Fu, A. va boshqalar. (2023) Telomer-telomera genomesi Achchiq polyon (Momordica Chartaniya L.B. ABBBRERIIITA SER.), Mevalarni rivojlantirish, tarkibiy va pishish genetik xususiyatlari, 10 (1). DOI: 10.1093 / HR / UHAC228.
Haplotip assambleyasi:Xu, W. va boshqalar. (2021) "Allele" genomi Cassava Evolyutsiyaning "Cassava evolyutsiyasi", Molekulyar zavod, PP. 851-854. Doi: 10.1016 / J.Molp.2021.04.009.
Geneomy Genom Majlis:Yuan, jd va boshqalar. (2022) Giga-xromosoma va giga-giga-genomanning inzom asosi, Peeoniya Osti,, tabiat haqida 1, 13 (1). 1-16. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Polipoidli genom anjuman:Zhang, Qu va boshqalar. (2022) "Avtopopelpid shakar spandum", tabiat generansi Spandanum ", 2022 54: 6, 54 (6), 54 (6). Doi: 10.1038 / S4158-022-0814-1.
