PacBio 2+3 to'liq uzunlikdagi mRNK eritmasi
Xususiyatlari
● O‘quv dizayni:
Transkript izoformlarini aniqlash uchun PacBio bilan birlashtirilgan namunalar ketma-ketligi
Alohida namunalar (replikatsiyalar va sinovdan o'tkaziladigan shartlar) bilan ketma-ketTranskript ifodasini miqdoriy aniqlash uchun NGS
● CCS rejimida PacBio ketma-ketligi, HiFi o'qishlarini yaratish
● To'liq uzunlikdagi transkriptlarni ketma-ketlashtirish
● Tahlil uchun mos yozuvlar genomi kerak emas; ammo, u ishga tushirilishi mumkin
● Bioinformatik tahlil nafaqat gen va izoform darajasidagi ekspressiyani, balki lncRNK, gen sintezi, poliadenilatsiya va gen tuzilishini tahlil qilishni ham o'z ichiga oladi.
Afzalliklar
● Yuqori aniqlik: HiFi NGS bilan solishtirish mumkin bo'lgan >99,9% (Q30) aniqlikda o'qiydi
● Muqobil qo'shish tahlili: barcha transkriptlarning ketma-ketligi izoformani identifikatsiya qilish va xarakterlash imkonini beradi.
● PacBio va NGS Strengths kombinatsiyasi: izoform darajasida ifoda miqdorini aniqlash imkonini beradi, butun gen ifodasini tahlil qilishda niqoblanishi mumkin bo'lgan o'zgarishlarni ochib beradi.
● Keng tajriba: 1100 dan ortiq PacBio toʻliq metrajli transkriptom loyihalarini bajarish va 2300 dan ortiq namunalarni qayta ishlash tajribasiga ega boʻlgan jamoamiz har bir loyihaga boy tajriba olib keladi.
● Sotishdan keyingi yordam: bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| PolyA boyitilgan mRNK CCS kutubxonasi | PacBio davomi II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A boyitilgan | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidlar
|
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Poklik | Butunlik |
| Illumina kutubxonasi | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥4,0; Hayvonlar uchun: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
| PacBio kutubxonasi | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar: RIN≥7,5 Hayvonlar: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Yuk tashish:
1. Quruq muz:Namunalarni qoplarga o'rash va quruq muzga ko'mish kerak.
2. RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
Muqobil poliadenilatsiya tahlili (APA)
Fusion transkript tahlili
Muqobil qo'shish tahlili
Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) tahlilini taqqoslash
Yangi transkript tahlili: kodlash ketma-ketligini bashorat qilish (CDS) va funktsional izoh
lncRNA tahlili: lncRNA va maqsadlarni bashorat qilish
MicroSatelite Identification (SSR)
Differensial ifodalangan transkriptlarni (DET) tahlil qilish
Differensial ifodalangan genlar (DEGs) tahlili
DEG va DET larning funksional annotatsiyasi
BUSCO tahlili
Muqobil qo'shish tahlili
Muqobil poliadenilatsiya tahlili (APA)
Differensial ifodalangan genlar (DEG) va transkriptlar (DETs9 tahlili
DET va DEGlarning oqsil-oqsil o'zaro ta'sir tarmoqlari
BMKGene kompaniyasining PacBio 2+3 toʻliq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi bilan yaratilgan yutuqlarni oʻrganing.
Chao, Q. va boshqalar. (2019) 'Populus poyasi transkriptomining rivojlanish dinamikasi', O'simlik biotexnologiyasi jurnali, 17(1), 206-219-betlar. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. va boshqalar. (2022) 'Aktinidiya latifolia (askorbatga boy meva hosili) meva rivojlanishi va pishishi davrida askorbin kislota tarkibidagi dinamik o'zgarishlar va bog'liq molekulyar mexanizmlar', Xalqaro molekulyar fanlar jurnali, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. va boshqalar. (2022) 'Parij polifillasida bioaktiv polifillinlarda ishtirok etgan biosintetik yo'l genlarini samarali prognoz qilish', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1-10-betlar. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. va boshqalar. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrik) transkriptomi va sitoxrom P450 genlarining PacBio Iso-Seq va Illumina RNK-Seqning birlashtirilgan tahlili', Hasharotlar, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vang, Lijun va boshqalar. (2019) 'Ricinus kommunisda ritsinoleik kislota biosintezini yaxshiroq tushunish uchun Illumina RNK ketma-ketligi bilan birlashtirilgan PacBio bir molekulali real vaqt tahlilidan foydalangan holda transkriptoma murakkabligini o'rganish', BMC Genomics, 20(1), 1-17-betlar. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/RASMLAR/7.
