Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-NGS
Xususiyatlari
● Kutubxonani tayyorlashdan oldin poli mRNKni olish
● Har qanday mos yozuvlar genomidan mustaqil: transkriptlarni de novo yigʻish asosida, bir nechta maʼlumotlar bazalari (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) bilan izohlangan unigenlar roʻyxatini yaratish.
● Gen ifodasi va transkript tuzilishining keng qamrovli bioinformatik tahlili
Xizmat afzalliklari
●Keng ekspertiza: BMKGENE-da 600 000 dan ortiq namunalarni qayta ishlash bo'yicha tajribaga ega bo'lib, hujayra madaniyati, to'qimalar va tana suyuqliklari kabi turli xil namunalarni qamrab olgan holda, bizning jamoamiz har bir loyihaga boy tajriba olib keladi. Biz turli tadqiqot sohalarida 100 000 dan ortiq mRNK-Seq loyihalarini muvaffaqiyatli yopdik.
●Qattiq sifat nazorati: biz namuna va kutubxonani tayyorlashdan tortib, ketma-ketlik va bioinformatikagacha bo'lgan barcha bosqichlarda asosiy nazorat nuqtalarini amalga oshiramiz. Ushbu sinchkovlik bilan monitoring doimiy ravishda yuqori sifatli natijalarni taqdim etishni ta'minlaydi.
● Keng qamrovli izoh: biz Differentsial ifodalangan genlarni (DEG) funktsional izohlash uchun bir nechta ma'lumotlar bazalaridan foydalanamiz va transkriptom javobi asosida yotgan hujayra va molekulyar jarayonlar haqida tushuncha beradigan tegishli boyitish tahlilini o'tkazamiz.
●Sotishdan keyingi yordam: bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| Poli A boyitilgan | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Poklik | Butunlik |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥4,0; Hayvonlar uchun: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
● O‘simliklar:
Ildiz, poya yoki gulbarg: 450 mg
Barg yoki urug': 300 mg
Meva: 1,2 g
● Hayvon:
Yurak yoki ichak: 300 mg
Ichki organlar yoki miya: 240 mg
Mushaklar: 450 mg
Suyaklar, soch yoki teri: 1 g
● Artropodlar:
Hasharotlar: 6 g
Qisqichbaqasimonlar: 300 mg
● To'liq qon: 1 naycha
● Hujayralar: 106 hujayralar
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Yuk tashish:
1. Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2. RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Bioinformatika
Transkriptom yig'ilishi va unigen tanlash
Unigen annotatsiyasi
Namuna korrelyatsiyasi va biologik replikatsiyalarni baholash
Differensial ifodalangan genlar (DEGs)
DEGlarning funktsional izohlari
DEGlarni funksional boyitish
BMKGene-ning eukaryotik NGS mRNK sekvensiyasi xizmatlari tomonidan yaratilgan yutuqlarni o'rganing.
Shen, F. va boshqalar. (2020) 'Amur mushuklari (Silurus asotus) jinsiy bezlarida de novo transkriptom yig'ilishi va jinsga bog'liq gen ifodasi', Genomika, 112(3), 2603–2614-betlar. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. va boshqalar. (2016) "Piyozning shishishi va rivojlanishi paytida saxaroza metabolizmining transkriptome tahlili (Allium cepa L.)", O'simlikshunoslikdagi chegaralar, 7 (sentyabr), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. va boshqalar. (2017) "Sarcocheilichthys sinensis transkriptomasi uchun yangi yig'ilish, tavsif va izoh", PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. va boshqalar. (2021) 'De novo transkriptom tahlili sho'rlanish stressi ostida Podocarpus macrophyllusning tuzga chidamliligi haqida tushuncha beradi', BMC Plant Biology, 21(1), 1-17-betlar. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/RASMLAR/9.
