Hi-C asosidagi genom assambleyasi
Hi-C - yaqinlikka asoslangan o'zaro ta'sirlarni tekshirish va yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligini birlashtirish orqali xromosoma konfiguratsiyasini olish uchun mo'ljallangan usul. Ushbu o'zaro ta'sirlarning intensivligi xromosomalardagi jismoniy masofa bilan salbiy bog'liq deb ishoniladi. Shuning uchun, Hi-C ma'lumotlari qoralama genomda yig'ilgan ketma-ketliklarni klasterlash, tartibga solish va yo'naltirish va ularni ma'lum miqdordagi xromosomalarga bog'lash uchun ishlatiladi. Ushbu texnologiya populyatsiyaga asoslangan genetik xarita mavjud bo'lmaganda xromosoma darajasidagi genom yig'ilishini kuchaytiradi. Har bir genomga Hi-C kerak.
Xizmat xususiyatlari
● PE150 bilan Illumina NovaSeq-da ketma-ketlik.
● Xizmat formaldegid bilan oʻzaro bogʻlanish va DNK-oqsil oʻzaro taʼsirini saqlab qolish uchun ekstraksiya qilingan nuklein kislotalar oʻrniga toʻqima namunalarini talab qiladi.
● Hi-C eksperimenti yopishqoq uchlarini biotin bilan cheklash va tugatishni o'z ichiga oladi, so'ngra o'zaro ta'sirlarni saqlab qolgan holda hosil bo'lgan to'mtoq uchlarini aylanaga aylantiradi. Keyin DNK streptavidin boncuklar bilan tushiriladi va keyingi kutubxona tayyorlash uchun tozalanadi.
Xizmat afzalliklari
Hi-C ga umumiy nuqtai
(Liberman-Aiden E va boshqalar,Fan, 2009)
●Populyatsiyaning genetik ma'lumotlariga bo'lgan ehtiyojni bartaraf etish:Hi-C ulanish uchun zarur bo'lgan asosiy ma'lumotlarni almashtiradi.
●Yuqori marker zichligi:90% dan yuqori kontig ankraj nisbatiga olib keladi.
●Keng ekspertiza va nashr yozuvlari:BMKGene 1000 xil turdagi va turli patentlardan 2000 dan ortiq Hi-C Genom Assambleyasi bilan katta tajribaga ega. 200 dan ortiq nashr etilgan holatlar 2000 dan ortiq to'plangan ta'sir faktoriga ega.
●Yuqori malakali bioinformatika jamoasi:Hi-C tajribalari va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun ichki patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqi bilan o'z-o'zidan ishlab chiqilgan vizualizatsiya ma'lumotlar dasturi blokni qo'lda ko'chirish, qaytarish, bekor qilish va qayta ishlash imkonini beradi.
●Sotishdan keyingi yordam:Bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
●Keng qamrovli izoh: biz aniqlangan o'zgarishlarga ega genlarga funktsional izoh berish uchun bir nechta ma'lumotlar bazasidan foydalanamiz va bir nechta tadqiqot loyihalari bo'yicha tushunchalarni taqdim etib, tegishli boyitish tahlilini o'tkazamiz.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Kutubxonaga tayyorgarlik | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi | Sifat nazorati |
| Hi-C kutubxonasi | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Namuna talablari
| To'qima | Kerakli miqdor |
| Hayvonlarning ichki organlari | ≥ 2 g |
| Hayvon mushaklari | |
| Sutemizuvchilar qoni | ≥ 2 ml |
| Parranda/baliq qoni | |
| O'simlik - yangi barg | ≥ 3 g |
| Madaniyatli hujayralar | ≥ 1x107 |
| Hasharot | ≥ 2 g |
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1) Xom ma'lumotlar QC
2) Hi-C kutubxonasi QC: joriy Hi-C shovqinlarini baholash
3) Hi-C assambleyasi: kontiglarni guruhlarga klasterlash, keyin har bir guruh ichida kontig tartibini belgilash va kontig yo'nalishini belgilash
4) Hi-C baholash
Hi-C Library QC - Hi-C joriy o'zaro ta'sir juftliklarini baholash
Hi-C Assambleyasi - statistika
O'rnatishdan keyingi baholash - qutilar orasidagi signal intensivligining issiqlik xaritasi
BMKGene-ning Hi-C yig'ish xizmatlari tomonidan yaratilgan yutuqlarni nashrlar to'plami orqali o'rganing.
Tian, T. va boshqalar. (2023) "Genom yig'ilishi va mashhur qurg'oqchilikka chidamli makkajo'xori germplazmasining genetik diseksiyasi", Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496-506-betlar. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Vang, ZL va boshqalar. (2020) “Osiyo asalari Apis cerana genomining xromosoma shkalasi assambleyasi”, Genetikadagi chegaralar, 11, bet. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. va boshqalar. (2023) "Solanaceae oilasidagi ikkita genomni tahlil qilish orqali tropan alkaloidi biosintezining evolyutsiyasini aniqlash", Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1-18-betlar. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Chjan, X. va boshqalar. (2020) 'Banyan daraxti va changlatuvchi ari genomlari anjir-ari koevolyutsiyasi haqida ma'lumot beradi', Hujayra, 183(4), 875-889.e17-bet. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
