Hi-C asosidagi kromatin o'zaro ta'siri
Xizmat xususiyatlari
● PE150 bilan Illumina NovaSeq-da ketma-ketlik.
● Xizmat formaldegid bilan oʻzaro bogʻlanish va DNK-oqsil oʻzaro taʼsirini saqlab qolish uchun ekstraksiya qilingan nuklein kislotalar oʻrniga toʻqima namunalarini talab qiladi.
● Hi-C eksperimenti yopishqoq uchlarini biotin bilan cheklash va tugatishni o'z ichiga oladi, so'ngra o'zaro ta'sirlarni saqlab qolgan holda hosil bo'lgan to'mtoq uchlarini aylanaga aylantiradi. Keyin DNK streptavidin boncuklar bilan tushiriladi va keyingi kutubxona tayyorlash uchun tozalanadi.
Xizmat afzalliklari
●Optimal cheklash fermenti dizayni: 93% gacha yaroqli oʻzaro taʼsir juftliklari bilan turli turlarda yuqori Hi-C samaradorligini taʼminlash.
●Keng ekspertiza va nashr yozuvlari:BMKGene 800 xil turdagi va turli patentlardan 2000 dan ortiq Hi-C sekvensiyasi loyihalarida katta tajribaga ega. 900 dan ortiq to'plangan ta'sir koeffitsienti bilan 100 dan ortiq nashr etilgan holatlar.
●Yuqori malakali bioinformatika jamoasi:Hi-C tajribalari va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun ichki patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqi va o'z-o'zidan ishlab chiqilgan vizualizatsiya ma'lumotlari dasturi bilan.
●Sotishdan keyingi yordam:Bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
●Keng qamrovli izoh: biz aniqlangan o'zgarishlarga ega genlarga funktsional izoh berish uchun bir nechta ma'lumotlar bazasidan foydalanamiz va bir nechta tadqiqot loyihalari bo'yicha tushunchalarni taqdim etib, tegishli boyitish tahlilini o'tkazamiz.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Tavsiya etilgan ma'lumotlar chiqishi | Hi-C signal o'lchamlari |
| Hi-C kutubxonasi | Illumina PE150 | Xromatin halqasi: 150x TAD: 50x | Xromatin tsikli: 10Kb TAD: 40 Kb |
Xizmatga qo'yiladigan talablar
| Namuna turi | Kerakli miqdor |
| Hayvon to'qimalari | ≥2g |
| Butun qon | ≥2 ml |
| Zamburug'lar | ≥1g |
| O'simlik - yosh to'qimalar | 1 g/alikvot, 2-4 alikot tavsiya etiladi |
| Madaniyatli hujayralar | ≥1x107 |
Quyidagi tahlilni o'z ichiga oladi:
● Xom ma'lumotlar QC;
● Mapping va Hi-C kutubxonasi QC: joriy o'zaro ta'sir juftliklari va Interaction Decay Exponents (IDEs);
● Genom bo'ylab o'zaro ta'sir profilini yaratish: cis/trans tahlili va Hi-C o'zaro ta'sir xaritasi;
● A/B bo'linmasi taqsimotini tahlil qilish;
● TAD va xromatin halqalarini aniqlash;
● Namunalar orasidagi 3D xromatin struktura elementlari bo'yicha differentsial tahlil va bog'langan genlarning mos keladigan funktsional izohi.
Cis va trans proportsional taqsimot
Namunalar orasidagi xromosoma o'zaro ta'sirining issiqlik xaritasi
A/B bo'linmalarining genom bo'ylab taqsimlanishi
Xromatin halqalarining genom bo'ylab taqsimlanishi
TADlarning vizualizatsiyasi
BMKGene-ning Hi-C sequencing xizmatlari tomonidan yaratilgan tadqiqot yutuqlarini nashrlar to'plami orqali o'rganing.
Meng, T. va boshqalar. (2021) "Qiyosiy integratsiyalashgan multi-omik tahlil CA2 ni chordoma uchun yangi maqsad sifatida aniqlaydi",Neyro-onkologiya, 23(10), 1709–1722-betlar. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. va boshqalar. (2021) 'Genomning 3D disorganizatsiyasi va qayta tashkil etilishi integratsiyalangan Hi-C, Nanopore va RNK sekvensiyasi orqali NAFLD patogenezi haqida tushuncha beradi',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150–3164-betlar. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
