De novo Fungal Genom Assambleyasi
BMKGENE qo'ziqorin genomlari uchun ko'p qirrali echimlarni taklif qiladi, turli xil tadqiqot ehtiyojlarini va kerakli genomning to'liqligini ta'minlaydi. Qisqa muddatli Illumina sekvensiyasidan foydalanishning o'zi genom qoralamasini yaratishga imkon beradi. Nanopore yoki Pacbio yordamida qisqa o'qiladigan va uzoq o'qilgan ketma-ketliklar uzunroq kontiglarga ega bo'lgan yanada tozalangan qo'ziqorin genomi uchun birlashtiriladi. Bundan tashqari, Hi-C sekvensiyasini integratsiyalash imkoniyatlarni yanada kuchaytiradi, bu esa to'liq xromosoma darajasidagi genomga erishish imkonini beradi.
Xizmat xususiyatlari
Istalgan genom to'liqligi darajasiga qarab tanlash uchun uchta mumkin bo'lgan variant bilan:
● Qoralama genom varianti: Illumina NovaSeq PE150 bilan qisqa oʻqiladigan ketma-ketlik.
● Zamburug‘li nozik genom varianti:
Genom tadqiqoti: Illumina NovaSeq PE150.
Genom assambleyasi: PacBio Revio (HiFi o'qiydi) yoki Nanopore PromethION 48.
● Xromosoma darajasidagi qo'ziqorin genomi:
Genom tadqiqoti: Illumina NovaSeq PE150.
Genom assambleyasi: PacBio Revio (HiFi o'qiydi) yoki Nanopore PromethION 48.
Hi-C o'rnatish bilan kontig ankraj.
Xizmat afzalliklari
●Bir nechta ketma-ketlik strategiyalari mavjud: Turli tadqiqot maqsadlari va genomning to'liqligi talablari uchun
●To'liq bioinformatika ish jarayoni:Bunga genom yig'ilishi va bir nechta genomik elementlarni bashorat qilish, funktsional gen izohi va kontig ankraj kiradi.
●Keng ekspertiza: 12 000 dan ortiq mikrobial genomlar yigʻilgan holda biz oʻn yillik tajriba, yuqori malakali tahlil guruhi, keng qamrovli tarkib va sotuvdan keyingi mukammal yordamni taqdim etamiz.
●Sotishdan keyingi yordam:Bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Xizmat | Ketma-ketlik strategiyasi | Sifat nazorati |
| Qoralama genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Nozik genom | Genom tadqiqoti: Illumina PE150 50 x Yig'ish: PacBio HiFi 30x yoki Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio bir hujayrali） kontig N50 ≥2Mb（ONT bir hujayrali） contig N50 ≥500kb（Boshqalar） |
| Xromosoma darajasidagi genom | Genom tadqiqoti: Illumina PE150 50 x Yig'ish: PacBio HiFi 30x yoki Nanopore 100x Hi-C Assambleyasi 100x | Contig ankraj nisbati>90%
|
Xizmatga qo'yiladigan talablar
| Konsentratsiya (ng/µL) | Umumiy miqdori (mkg) | Hajmi (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopor | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Bir hujayrali qo'ziqorin: ≥3,5x1010 hujayralar
Ibratli qo'ziqorin: ≥10 g
Xizmat ish oqimi
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Quyidagi tahlilni o'z ichiga oladi:
Genom tadqiqoti:
- Ma'lumotlar sifatini nazorat qilishning ketma-ketligi
- Genomni baholash: hajmi, geterozigotaligi, takrorlanuvchi elementlar
Nozik genom yig'ilishi:
- Sequencing Ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
- De novoAssambleya
- Genom komponentlarini tahlil qilish: CDS va bir nechta genomik elementlarni bashorat qilish
- Bir nechta umumiy ma'lumotlar bazalari (GO, KEGG va boshqalar) va kengaytirilgan ma'lumotlar bazalari (CARD, VFDB va boshqalar) bilan funktsional annotatsiya.
Hi-C Assambleyasi:
- Hi-C kutubxonasini baholash.
- Contigs anchoring klasterlash, tartiblash va yo'naltirish
- HI-C Assambleyasini baholash: mos yozuvlar genomi va issiqlik xaritasi asosida
Genom tadqiqoti: k-mer taqsimoti
Genom yig'ilishi: genning gomologik izohi (NR ma'lumotlar bazasi)
Genom yig'ilishi: funktsional gen izohi (GO)
BMKGene tomonidan qo'ziqorin genomlarini yig'ish xizmatlari tomonidan yaratilgan yutuqlarni o'rganing.
Hao, J. va boshqalar. (2023) "Suv ostidagi Inonotus obliquus dorivor qo'ziqorinining integratsiyalashgan omik profili",BMC genomikasi, 24(1), 1–12-betlar. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. va boshqalar. (2023) "Genom ketma-ketligi bug'doyning o'tkir ko'zlari patojeni Rhizoctonia cerealisning evolyutsiyasi va patogen mexanizmlarini ochib beradi",Krop jurnali, 11(2), 405–416-betlar. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. va boshqalar. (2023) "Turf o'tlarda dollar dog'ini keltirib chiqaradigan to'rtta Clarireedia turlari uchun genom resurslari",O'simlik kasalligi, 107(3), 929–934-betlar. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS va boshqalar. (2023) "Ovlanadigan qo'ziqorin Grifola frondosadagi tetrapolyar juftlash tizimining genetik va molekulyar dalillari",Qo'ziqorinlar jurnali, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
