To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio
Xususiyatlari
● Poli-A mRNK dan cDNK sintezi, keyin kutubxona tayyorlash
● CCS rejimida tartiblash, HiFi o'qishlarini yaratish
● To'liq uzunlikdagi transkriptlarni ketma-ketlashtirish
● Tahlil uchun mos yozuvlar genomi kerak emas; ammo, u ishga tushirilishi mumkin
● Bioinformatik tahlil lncRNK izoformasi, gen sintezi, poliadenilatsiya va gen strukturasini tahlil qilish imkonini beradi.
Xizmat afzalliklari
●Yuqori aniqlik: HiFi NGS bilan solishtirish mumkin bo'lgan >99,9% (Q30) aniqlikda o'qiydi
● Muqobil qo'shish tahlili: butun transkriptlarning ketma-ketligi izoformani identifikatsiyalash va xarakterlash imkonini beradi
●Keng ekspertiza: 1100 dan ortiq PacBio toʻliq metrajli transkriptom loyihalarini bajarish va 2300 dan ortiq namunalarni qayta ishlash tajribasiga ega boʻlgan jamoamiz har bir loyihaga boy tajriba olib keladi.
●Sotishdan keyingi yordam: bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi. Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| PolyA boyitilgan mRNK CCS kutubxonasi | PacBio davomi II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
● O‘simliklar:
Ildiz, poya yoki gulbarg: 450 mg
Barg yoki urug': 300 mg
Meva: 1,2 g
● Hayvon:
Yurak yoki ichak: 300 mg
Ichki organlar yoki miya: 240 mg
Mushaklar: 450 mg
Suyaklar, soch yoki teri: 1 g
● Artropodlar:
Hasharotlar: 6 g
Qisqichbaqasimonlar: 300 mg
● To'liq qon: 1 naycha
● Hujayralar: 106 hujayralar
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Poklik | Butunlik |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥7,5; Hayvonlar uchun: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Konteyner: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Yuk tashish:
1. Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2. RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Quyidagi tahlillarni o'z ichiga oladi:
● Xom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish
● Muqobil poliadenilatsiya tahlili (APA)
● Fusion transkript tahlili
● Muqobil qo'shish tahlili
● Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) tahlilini taqqoslash
● Yangi transkript tahlili: kodlash ketma-ketligini bashorat qilish (CDS) va funktsional izoh
● lncRNA tahlili: lncRNA va maqsadlarni bashorat qilish
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO tahlili
Muqobil qo'shish tahlili
Muqobil poliadenilatsiya tahlili (APA)
Yangi transkriptlarning funktsional annotatsiyasi
Ushbu taniqli nashrda BMKGene kompaniyasining Nanopore to'liq metrajli mRNK sekvensiyasi xizmatlari tomonidan taqdim etilgan yutuqlarni o'rganing.
Ma, Y. va boshqalar. (2023) "Nemopilema Nomurai zaharini identifikatsiyalash uchun PacBio va ONT RNK ketma-ketlik usullarini qiyosiy tahlil qilish", Genomika, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. va boshqalar. (2019) 'Populus poyasi transkriptomining rivojlanish dinamikasi', O'simlik biotexnologiyasi jurnali, 17(1), 206-219-betlar. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. va boshqalar. (2022) 'Aktinidiya latifolia (askorbatga boy meva hosili) meva rivojlanishi va pishishi davrida askorbin kislota tarkibidagi dinamik o'zgarishlar va bog'liq molekulyar mexanizmlar', Xalqaro molekulyar fanlar jurnali, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. va boshqalar. (2022) 'Parij polifillasida bioaktiv polifillinlarda ishtirok etgan biosintetik yo'l genlarini samarali prognoz qilish', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1-10-betlar. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. va boshqalar. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrik) transkriptomi va sitoxrom P450 genlarining PacBio Iso-Seq va Illumina RNK-Seqning birlashtirilgan tahlili', Hasharotlar, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vang, Lijun va boshqalar. (2019) 'Ricinus kommunisda ritsinoleik kislota biosintezini yaxshiroq tushunish uchun Illumina RNK ketma-ketligi bilan birlashtirilgan PacBio bir molekulali real vaqt tahlilidan foydalangan holda transkriptoma murakkabligini o'rganish', BMC Genomics, 20(1), 1-17-betlar. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
