Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
ورک فلو
تکنیکی اسکیم
سروس کی خصوصیات
● PE150 کے ساتھ NovaSeq پر ترتیب۔
● ڈبل بار کوڈنگ کے ساتھ لائبریری کی تیاری، 1000 سے زیادہ نمونوں کی پولنگ کو فعال کرنا۔
● اس تکنیک کو حوالہ جینوم کے ساتھ یا اس کے بغیر استعمال کیا جا سکتا ہے، ہر کیس کے لیے مختلف بایو انفارمیٹک پائپ لائنوں کے ساتھ:
حوالہ جینوم کے ساتھ: SNP اور InDel دریافت
حوالہ جینوم کے بغیر: نمونہ کلسٹرنگ اور SNP دریافت
● میںسلیکو میںپہلے سے ڈیزائن کے مرحلے میں متعدد پابندی والے انزائم کے امتزاج کو تلاش کیا جاتا ہے جو جینوم کے ساتھ SLAF ٹیگز کی یکساں تقسیم پیدا کرتے ہیں۔
● پری تجربے کے دوران، 9 SLAF لائبریریاں بنانے کے لیے 3 نمونوں میں تین انزائم کے امتزاج کی جانچ کی جاتی ہے، اور یہ معلومات پروجیکٹ کے لیے بہترین پابندی والے انزائم کے امتزاج کو منتخب کرنے کے لیے استعمال ہوتی ہیں۔
سروس کے فوائد
●اعلی جینیاتی مارکر کی دریافت: ایک اعلی تھرو پٹ ڈبل بارکوڈ سسٹم کو یکجا کرنے سے بڑی آبادیوں کو بیک وقت ترتیب دینے کی اجازت ملتی ہے، اور لوکس مخصوص امپلیفیکیشن کارکردگی کو بڑھاتا ہے، اس بات کو یقینی بناتا ہے کہ ٹیگ نمبر مختلف تحقیقی سوالات کی متنوع ضروریات کو پورا کرتے ہیں۔
● جینوم پر کم انحصار: یہ حوالہ جینوم کے ساتھ یا اس کے بغیر پرجاتیوں پر لاگو کیا جا سکتا ہے۔
●لچکدار اسکیم ڈیزائن: سنگل انزائم، ڈوئل انزائم، ملٹی اینزائم ہاضمہ، اور مختلف قسم کے انزائمز کو مختلف تحقیقی اہداف یا پرجاتیوں کو پورا کرنے کے لیے منتخب کیا جا سکتا ہے۔ دیسلیکو میںایک بہترین انزائم ڈیزائن کو یقینی بنانے کے لیے پہلے سے ڈیزائن کیا جاتا ہے۔
● انزیمیٹک عمل انہضام میں اعلی کارکردگی: ایک کی ترسیلسلیکو میںپہلے سے ڈیزائن اور تجربہ سے پہلے کروموسوم (1 SLAF ٹیگ/4Kb) پر SLAF ٹیگز کی تقسیم کے ساتھ بہترین ڈیزائن کی یقین دہانی کرائی گئی اور تکراری ترتیب میں کمی (<5%)۔
●وسیع مہارت: ہماری ٹیم ہر پروجیکٹ کے لیے تجربہ کا خزانہ لاتی ہے، جس میں پودوں، ستنداریوں، پرندوں، کیڑے مکوڑوں اور آبی جانداروں سمیت سینکڑوں انواع پر 5000 SLAF-Seq پروجیکٹس کو بند کرنے کا ٹریک ریکارڈ ہے۔
● خود تیار شدہ بایو انفارمیٹک ورک فلو: BMKGENE نے حتمی آؤٹ پٹ کی وشوسنییتا اور درستگی کو یقینی بنانے کے لیے SLAF-Seq کے لیے ایک مربوط بایو انفارمیٹک ورک فلو تیار کیا۔
سروس کی وضاحتیں
| تجزیہ کی قسم | تجویز کردہ آبادی کا پیمانہ | ترتیب کی حکمت عملی | |
| ٹیگ کی ترتیب کی گہرائی | ٹیگ نمبر | ||
| جینیاتی نقشے | 2 والدین اور> 150 اولاد | والدین: 20x WGS اولاد: 10x | جینوم سائز: <400 Mb: WGS کی سفارش کی جاتی ہے۔ <1Gb: 100K ٹیگز 1-2Gb:: 200K ٹیگز >2Gb: 300K ٹیگز زیادہ سے زیادہ 500k ٹیگز |
| جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن اسٹڈیز (GWAS) | ≥200 نمونے | 10x | |
| جینیاتی ارتقاء | ≥30 نمونے، ہر ذیلی گروپ سے>10 نمونوں کے ساتھ | 10x | |
سروس کے تقاضے
ارتکاز ≥ 5 ng/µL
کل رقم ≥ 80 این جی
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose جیل: کوئی یا محدود انحطاط یا آلودگی
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب
(زیادہ تر نمونوں کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ ایتھنول میں محفوظ نہ کریں)
نمونہ لیبلنگ: نمونے کو واضح طور پر لیبل لگا ہوا ہونا ضروری ہے اور جمع کرائے گئے نمونے کی معلومات کے فارم سے یکساں ہونا ضروری ہے۔
کھیپ: خشک برف: نمونوں کو پہلے تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
نمونہ QC
پائلٹ تجربہ
SLAF - تجربہ
لائبریری کی تیاری
ترتیب دینا
ڈیٹا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
- ڈیٹا کی ترتیب QC
- SLAF ٹیگ کی ترقی
حوالہ جینوم کی نقشہ سازی۔
حوالہ جینوم کے بغیر: کلسٹرنگ
- SLAF ٹیگز کا تجزیہ: اعداد و شمار، جینوم میں تقسیم
- مارکر کی دریافت: SNP، InDel، SNV، CV کالنگ اور تشریح
کروموسوم پر SLAF ٹیگز کی تقسیم:
کروموسوم پر SNPs کی تقسیم:
SNP تشریح
| سال | جرنل | IF | عنوان | درخواستیں |
| 2022 | فطرت مواصلات | 17.694 | ٹری پیونی کے گیگا کروموسوم اور گیگا جینوم کی جینومک بنیاد پیونیا اوسٹی | SLAF-GWAS |
| 2015 | نیا Phytologist | 7.433 | میں زرعی اہمیت کے حامل جینومک علاقوں میں گھریلو قدموں کے نشانات سویابین | SLAF-GWAS |
| 2022 | جرنل آف ایڈوانسڈ ریسرچ | 12.822 | G. hirsutum میں Gossypium barbadense کی جینوم وسیع مصنوعی مداخلت کپاس کے ریشے کے معیار اور پیداوار میں بیک وقت بہتری کے لیے اعلیٰ مقام ظاہر کریں۔ خصلتیں | SLAF - ارتقائی جینیات |
| 2019 | مالیکیولر پلانٹ | 10.81 | آبادی کا جینومک تجزیہ اور ڈی نوو اسمبلی ویڈی کی اصلیت کو ظاہر کرتی ہے۔ ایک ارتقائی کھیل کے طور پر چاول | SLAF - ارتقائی جینیات |
| 2019 | نیچر جینیٹکس | 31.616 | عام کارپ، سائپرنس کارپیو کی جینوم کی ترتیب اور جینیاتی تنوع | SLAF-لنکیج کا نقشہ |
| 2014 | نیچر جینیٹکس | 25.455 | کاشت شدہ مونگ پھلی کا جینوم پھلی کیریوٹائپس، پولی پلائیڈ کے بارے میں بصیرت فراہم کرتا ہے ارتقاء اور فصل پالنے. | SLAF-لنکیج کا نقشہ |
| 2022 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | 9.803 | ST1 کی شناخت سے ایک انتخاب کا پتہ چلتا ہے جس میں بیجوں کی شکل میں تبدیلی شامل ہے۔ اور سویا بین پالنے کے دوران تیل کا مواد | SLAF-مارکر کی ترقی |
| 2022 | بین الاقوامی جرنل آف مالیکیولر سائنسز | 6.208 | گندم-Leymus mollis 2Ns (2D) کے لیے شناخت اور ڈی این اے مارکر کی ترقی ڈسوومک کروموسوم متبادل | SLAF-مارکر کی ترقی |
| سال | جرنل | IF | عنوان | درخواستیں |
| 2023 | پلانٹ سائنس میں فرنٹیئرز | 6.735 | Pyrus pyrifolia کے پھل پکنے کے دوران چینی کے مواد کا QTL میپنگ اور ٹرانسکرپٹوم تجزیہ | جینیاتی نقشہ |
| 2022 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | 8.154 | ST1 کی شناخت ایک انتخاب کو ظاہر کرتی ہے جس میں سویا بین پالنے کے دوران بیجوں کی شکل اور تیل کے مواد کو روکنا شامل ہے۔
| SNP کالنگ |
| 2022 | پلانٹ سائنس میں فرنٹیئرز | 6.623 | خشک سالی کے ماحول میں ہل لیس بریلی فینوٹائپس کی جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن میپنگ۔
| جی ڈبلیو اے ایس |
