سنگل نیوکلی آر این اے کی ترتیب
تکنیکی اسکیم
نیوکلی کی تنہائی 10× جینومکس کرومیم™ کے ذریعے حاصل کی جاتی ہے، جو ڈبل کراسنگ کے ساتھ آٹھ چینل والے مائیکرو فلائیڈکس سسٹم پر مشتمل ہے۔ اس نظام میں، بارکوڈز اور پرائمر، انزائمز اور ایک نیوکلئس کے ساتھ ایک جیل موتیوں کو نانولیٹر سائز کے تیل کے قطرے میں سمیٹ کر جیل بیڈ-اِن-ایملشن (جی ای ایم) تیار کیا جاتا ہے۔ ایک بار جب GEM بن جاتا ہے، سیل لیسز اور بارکوڈز کی رہائی ہر GEM میں کی جاتی ہے۔ mRNA کو 10× بارکوڈز اور UMI کے ساتھ cDNA مالیکیولز میں الٹا نقل کیا جاتا ہے، جو مزید معیاری ترتیب والی لائبریری کی تعمیر سے مشروط ہیں۔
خصوصیات
● منجمد ٹشوز سے سنگل نیوکلی سسپنشن کی تیاری
● جیل بیڈ ان ایملشن (جی ای ایم) کی تشکیل جس کے بعد سی ڈی این اے کی ترکیب ہوتی ہے۔
● ایک GEM میں ہر مالا 4 حصوں پر مشتمل پرائمر سے بھری ہوئی ہے:
mRNA پرائمنگ اور cDNA ترکیب کے لیے پولی (dT) دم،
ایمپلیفیکیشن تعصب کو درست کرنے کے لیے منفرد مالیکیولر آئیڈینٹیفائر (UMI)
10x بارکوڈ
جزوی طور پر پڑھنے والے 1 ترتیب دینے والے پرائمر کی بائنڈنگ ترتیب
فوائد
سنگل نیوکلئس آر این اے سیکوینسنگ سنگل سیل آر این اے سیکوینسنگ کی حدود کو ختم کرتی ہے، اس قابل بناتی ہے:
● منجمد نمونوں کا استعمال اور صرف تازہ نمونوں تک محدود نہیں۔
● تازہ خلیوں کے انزیمیٹک علاج کے مقابلے میں منجمد خلیوں کا کم تناؤ، کم تناؤ سے متاثرہ جین کی شکل میں ٹرانسکرپٹوم ڈیٹا میں ظاہر ہوتا ہے۔
● خون کے سرخ خلیات کو پہلے سے ہٹانے کی ضرورت نہیں ہے۔
● لامحدود سیل قطر
● نمونوں کی ایک بڑی صف جو تجزیہ کے لیے اہل ہے، بشمول پیچیدہ اور نازک ٹشو کی قسمیں جو ٹشووں کے انحطاط کے دوران سیل کلمپنگ یا تباہی کا شکار ہوتی ہیں۔
ایسے نمونے جن کا سنگل سیل آر این اے کی ترتیب سے تجزیہ نہیں کیا جا سکتا اور وہ سنگل نیوکلی آر این اے کی ترتیب کے اہل ہیں:
| سیل / ٹشو | وجہ |
| منجمد ٹشو کو تازہ کریں۔ | تازہ یا طویل عرصے سے محفوظ تنظیموں کو حاصل کرنے کے قابل نہیں |
| پٹھوں کے خلیے، میگاکاریوسائٹ، چربی… | آلہ میں داخل ہونے کے لیے سیل کا قطر بہت بڑا ہے۔ |
| جگر… | ٹوٹنے کے لیے بہت نازک، واحد خلیات میں فرق کرنے سے قاصر |
| نیوران سیل، دماغ… | زیادہ حساس، دباؤ میں آسان، ترتیب کے نتائج کو بدل دے گا۔ |
| لبلبہ، تھائرائیڈ… | اینڈوجینس انزائمز سے بھرپور، سنگل سیل معطلی کی پیداوار کو متاثر کرتا ہے۔ |
سنگل نیوکلئس بمقابلہ سنگل سیل
| سنگل نیوکلئس | سنگل سیل |
| لامحدود سیل قطر | سیل قطر: 10-40 μm |
| مواد منجمد ٹشو ہو سکتا ہے | مواد تازہ ٹشو ہونا چاہئے |
| منجمد خلیوں کا کم تناؤ | انزائم کا علاج سیل تناؤ کے رد عمل کا سبب بن سکتا ہے۔ |
| خون کے سرخ خلیات کو ہٹانے کی ضرورت نہیں ہے۔ | سرخ خون کے خلیات کو ہٹانے کی ضرورت ہے |
| نیوکلیئر بائیو انفارمیشن کا اظہار کرتا ہے۔ | پورا سیل بائیو انفارمیشن کا اظہار کرتا ہے۔ |
وضاحتیں
| نمونے کے تقاضے | لائبریری | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| جانوروں کے ٹشو ≥ 200 ملی گرام پلانٹ ٹشو ≥ 400 ملی گرام | 10x جینومکس ایس این سی ڈی این اے لائبریری | Illumina PE150 | فی سیل 100K PE ریڈز (100-200 جی بی) | خوردبین کے نیچے 700-1200 نیوکللی/μl اور مرکزے کی سالمیت کا مشاہدہ |
نمونے کی تیاری کی رہنمائی اور سروس ورک فلو کے بارے میں مزید تفصیلات کے لیے، براہ کرم بلا جھجھک بات کریں۔BMKGENE ماہر
سروس ورک فلو
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
● کوالٹی کنٹرول: خلیوں کی تعداد، جین کا پتہ لگانا، خلیات کی درست شناخت، RNA مالیکیولز اور اظہار کی مقدار
● اندرونی نمونے کا تجزیہ:
سیل کلسٹرنگ اور کلسٹر تشریح
امتیازی اظہار کا تجزیہ: کلسٹرز میں ڈی ای جی کی شناخت
کلسٹر ڈی ای جی کی فنکشنل تشریح اور افزودگی
● بین گروپ تجزیہ:
ڈیٹا کا مجموعہ
امتیازی اظہار کا تجزیہ: گروپوں میں ڈی ای جی کی شناخت
گروپ ڈی ای جی کی فنکشنل تشریح اور افزودگی
● اعلیٰ تجزیہ:
سیل سائیکل تجزیہ
سیڈو ٹائم تجزیہ
سیل کمیونیکیشن تجزیہ (سیل فون ڈی بی)
جین سیٹ افزودگی تجزیہ (GSEA)
اندرونی نمونہ تجزیہ
سیل کلسٹرنگ:
امتیازی اظہار کا تجزیہ: کلسٹر ڈی ای جی
انٹر گروپ تجزیہ
امتیازی اظہار کا تجزیہ: گروپ ڈی ای جی
اعلی درجے کا تجزیہ:
سیڈو ٹائم تجزیہ:
سیل سائیکل تجزیہ:
ان نمایاں اشاعتوں میں 10X کرومیم کے ذریعے BMKGene کی سنگل نیوکلئس RNA کی ترتیب کی خدمات کے ذریعے فراہم کردہ پیشرفت کو دریافت کریں:
وانگ، ایل وغیرہ۔ (2021) 'سنگل سیل ٹرانسکرپٹومک تجزیہ سٹیرایڈ مزاحم دمہ کے بڑھنے میں پھیپھڑوں کے مدافعتی منظر نامے کو ظاہر کرتا ہے'،ریاستہائے متحدہ امریکہ کی نیشنل اکیڈمی آف سائنسز کی کارروائی، 118(2)، صفحہ۔ e2005590118۔ doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng، H. et al. (2022) 'ایک عالمی ریگولیٹری نیٹ ورک فار ڈیس ریگولیٹڈ جین ایکسپریشن اور غیر معمولی میٹابولک سگنلنگ ان دی امیون سیلز ان دی مائیکرو ماحولیات آف قبروں کی بیماری اور ہاشیموٹوز تھائیرائڈائٹس'،امیونولوجی میں فرنٹیئرز، 13، ص۔ 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX۔
Tian، H. et al. (2023) 'سنگل سیل ٹرانسکرپٹوم فلاؤنڈر میں غیر فعال ایڈورڈسیلا ٹارڈا کے ساتھ ویکسینیشن کے بعد لیوکوائٹس کے متفاوت اور مدافعتی ردعمل کو بے نقاب کرتا ہے'،آبی زراعت، 566، ص۔ 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
یو، وائی وغیرہ۔ (2023) 'فوٹوڈینامک تھراپی گیسٹرک کینسر کے مریضوں میں اینٹی ٹیومر استثنیٰ کو دوبارہ تشکیل دینے کے ذریعے مدافعتی چیک پوائنٹ روکنے والوں کے نتائج کو بہتر بناتی ہے'،معدے کا کینسر، 26(5)، صفحہ 798-813۔ doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS۔
