پروکیریٹک آر این اے کی ترتیب
خصوصیات
● RNA نمونے کی پروسیسنگ میں rRNA کی کمی شامل ہے جس کے بعد دشاتمک RNA لائبریری کی تیاری شامل ہے۔
● بایو انفارمیٹک تجزیہ ایک حوالہ جینوم کی سیدھ پر مبنی
● تجزیہ میں جین کا اظہار اور DEGs شامل ہیں لیکن نقل کی ساخت اور sRNA تجزیہ بھی
سروس کے فوائد
●سخت کوالٹی کنٹرول: ہم نمونے اور لائبریری کی تیاری سے لے کر ترتیب اور بایو انفارمیٹکس تک تمام مراحل میں بنیادی کنٹرول پوائنٹس کو نافذ کرتے ہیں۔ یہ محتاط نگرانی مسلسل اعلیٰ معیار کے نتائج کی فراہمی کو یقینی بناتی ہے۔
●اسٹرینڈ کے لیے مخصوص ترتیب کا ڈیٹا: آر این اے لائبریری کی تیاری دشاتمک ہونے کی وجہ سے، اینٹی سینس ٹرانسکرپٹس کی شناخت کو قابل بنانا۔
●پروکاریوٹک ٹرانسکرپٹوم کے مطابق مکمل تجزیہ: بایو انفارمیٹک پائپ لائن میں نہ صرف جین کے اظہار کا تجزیہ بلکہ ٹرانسکرپٹ ڈھانچے کا تجزیہ بھی شامل ہے، بشمول اوپیرونز، UTRs اور پروموٹرز کی شناخت۔ اس میں sRNAs کا تجزیہ بھی شامل ہے، یعنی ثانوی ساخت اور اہداف کی تشریح اور پیشین گوئی۔
●پوسٹ سیلز سپورٹ: ہماری وابستگی 3 ماہ کے بعد فروخت سروس کی مدت کے ساتھ پراجیکٹ کی تکمیل سے آگے ہے۔ اس وقت کے دوران، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لیے پروجیکٹ کی پیروی، ٹربل شوٹنگ میں مدد، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
| لائبریری | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| rRNA ختم شدہ دشاتمک لائبریری | Illumina PE150 | 1-2 جی بی | Q30≥85% |
نمونہ کی ضروریات:
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | RIN≥6.5 |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛ B1، B2، B3۔
کھیپ:
1. خشک برف: نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
2. RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
بایو انفارمیٹک تجزیہ ورک فلو
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● حوالہ جینوم کی سیدھ
● لائبریری کے معیار کا جائزہ: آر این اے فریگمنٹیشن بے ترتیب پن، سائز داخل کریں اور سیکوینسنگ سنترپتی
● پیش گوئی شدہ کوڈنگ جینز کی فنکشنل تشریح
● اظہار کا تجزیہ: ارتباط اور پرنسپل اجزاء کا تجزیہ (PCA)
● تفریق جین اظہار (DEGs)
● فنکشنل تشریح اور DEGs کی افزودگی
● sRNA تجزیہ: پیشین گوئی، تشریح، ہدف، اور ثانوی ساخت کی پیشن گوئی
● ٹرانسکرپٹ ڈھانچے کا تجزیہ: اوپرون، شروع اور اختتامی پوزیشنیں، غیر ترجمہ شدہ علاقہ (UTS)، پروموٹر، اور SNP/InDel تجزیہ
تسلسل سنترپتی
کوڈنگ جین کی فنکشنل تشریح
نمونوں کے درمیان ارتباط
تفریق اظہار شدہ جین (DEGs) تجزیہ
فنکشنل افزودگی کا تجزیہ
sRNA تشریح
اس نمایاں اشاعت میں BMKGene کی Nanopore کی مکمل لمبائی mRNA کی ترتیب کی خدمات کے ذریعے فراہم کردہ پیشرفت کو دریافت کریں۔
گوان، سی پی وغیرہ۔ (2018) 'بائیوفیلم بنانے والی اسٹیفیلوکوکس ایپیڈرمائڈس کی عالمی ٹرانسکروم تبدیلیاں سوفوریا ایلوپیکورائڈز کے کل الکلائڈز کے جواب میں'،پولش جرنل آف مائکروبیولوجی67(2)، صفحہ۔ 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024۔
