-
BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
مقامی ٹرانسکرپٹومکس سائنسی اختراع میں سب سے آگے ہے، جو محققین کو بااختیار بناتا ہے کہ وہ اپنے مقامی سیاق و سباق کو محفوظ رکھتے ہوئے بافتوں کے اندر پیچیدہ جین کے اظہار کے نمونوں کو تلاش کریں۔ مختلف پلیٹ فارمز کے درمیان، BMKGene نے BMKManu S3000 Spatial Transscriptome Chip تیار کی ہے، جس میں 3.5µm کی بہتر ریزولوشن، سب سیلولر رینج تک پہنچ کر، اور ملٹی لیول ریزولوشن سیٹنگز کو فعال کیا گیا ہے۔ S3000 چپ، جس میں تقریباً 4 ملین دھبے ہیں، مائیکرو ویلز کو استعمال کرتا ہے جن پر موتیوں کی پرتوں سے بھری ہوئی جگہ جگہ بارکوڈڈ کیپچر پروبس ہوتے ہیں۔ ایک cDNA لائبریری، جو کہ مقامی بارکوڈز سے بھرپور ہے، S3000 چپ سے تیار کی گئی ہے اور بعد میں Illumina NovaSeq پلیٹ فارم پر ترتیب دی گئی ہے۔ مقامی طور پر بارکوڈ شدہ نمونوں اور UMIs کا مجموعہ تیار کردہ ڈیٹا کی درستگی اور خصوصیت کو یقینی بناتا ہے۔ BMKManu S3000 چپ انتہائی ورسٹائل ہے، جو ملٹی لیول ریزولوشن سیٹنگز پیش کرتی ہے جو مختلف ٹشوز اور تفصیل کی مطلوبہ سطحوں کے ساتھ باریک ٹن کی جا سکتی ہے۔ یہ مطابقت پذیری چپ کو متنوع مقامی ٹرانسکرپٹومکس اسٹڈیز کے لیے ایک بہترین انتخاب کے طور پر رکھتی ہے، جس سے کم سے کم شور کے ساتھ عین مطابق مقامی کلسٹرنگ کو یقینی بنایا جاتا ہے۔ BMKManu S3000 کے ساتھ سیل سیگمنٹیشن ٹیکنالوجی کا استعمال خلیات کی حدود میں ٹرانسکرپشن ڈیٹا کی حد بندی کو قابل بناتا ہے، جس کے نتیجے میں ایک ایسا تجزیہ ہوتا ہے جس کا براہ راست حیاتیاتی معنی ہوتا ہے۔ مزید برآں، S3000 کی بہتر ریزولوشن کے نتیجے میں فی سیل میں زیادہ تعداد میں جینز اور UMIs کا پتہ چلا، جس سے مقامی ٹرانسکرپشن پیٹرن اور خلیات کے جھرمٹ کا زیادہ درست تجزیہ کیا جا سکتا ہے۔
-
سنگل نیوکلی آر این اے کی ترتیب
سنگل سیل کیپچر اور اپنی مرضی کے مطابق لائبریری کی تعمیر کی تکنیکوں کی ترقی نے، اعلی تھرو پٹ ترتیب کے ساتھ، سیل کی سطح پر جین کے اظہار کے مطالعے میں انقلاب برپا کر دیا ہے۔ یہ پیش رفت پیچیدہ خلیات کی آبادی کے گہرے اور زیادہ جامع تجزیے کی اجازت دیتی ہے، تمام خلیات پر اوسطاً جین کے اظہار سے وابستہ حدود پر قابو پا کر اور ان آبادیوں کے اندر حقیقی نسبت کو محفوظ رکھتی ہے۔ اگرچہ سنگل سیل آر این اے سیکوینسنگ (scRNA-seq) کے ناقابل تردید فوائد ہیں، لیکن اسے بعض ٹشوز میں چیلنجز کا سامنا کرنا پڑتا ہے جہاں سنگل سیل معطلی کی تخلیق مشکل ثابت ہوتی ہے اور اس کے لیے تازہ نمونوں کی ضرورت ہوتی ہے۔ BMKGene میں، ہم جدید ترین 10X جینومکس کرومیم ٹیکنالوجی کا استعمال کرتے ہوئے سنگل نیوکلئس RNA سیکوینسنگ (snRNA-seq) کی پیشکش کر کے اس رکاوٹ کو دور کرتے ہیں۔ یہ نقطہ نظر سنگل سیل کی سطح پر ٹرانسکرپٹوم تجزیہ کے قابل نمونوں کے سپیکٹرم کو وسیع کرتا ہے۔
نیوکلی کی الگ تھلگ اختراعی 10X جینومکس کرومیم چپ کے ذریعے مکمل کی جاتی ہے، جس میں ڈبل کراسنگ کے ساتھ آٹھ چینلز کا مائیکرو فلائیڈکس سسٹم موجود ہے۔ اس نظام کے اندر، بارکوڈز، پرائمر، انزائمز، اور ایک واحد مرکزے کو شامل کرنے والے جیل موتیوں کو نانولیٹر سائز کے تیل کے قطروں میں سمیٹ کر جیل بیڈ-اِن-ایملشن (جی ای ایم) تشکیل دیا جاتا ہے۔ GEM کی تشکیل کے بعد، سیل لیسز اور بارکوڈ کی رہائی ہر GEM کے اندر ہوتی ہے۔ اس کے بعد، mRNA مالیکیولز 10X بارکوڈز اور منفرد مالیکیولر آئیڈینٹیفائرز (UMIs) کو شامل کرتے ہوئے، cDNAs میں ریورس ٹرانسکرپشن سے گزرتے ہیں۔ اس کے بعد یہ cDNAs کو معیاری ترتیب دینے والی لائبریری کی تعمیر کا نشانہ بنایا جاتا ہے، جس سے سنگل سیل کی سطح پر جین ایکسپریشن پروفائلز کی مضبوط اور جامع تلاش کی سہولت فراہم کی جاتی ہے۔
پلیٹ فارم: 10× جینومکس کرومیم اور ایلومینا نووا سیق پلیٹ فارم
-
10x جینومکس ویزیم اسپیشل ٹرانسکرپٹوم
مقامی ٹرانسکرپٹومکس ایک جدید ٹیکنالوجی ہے جو محققین کو اپنے مقامی سیاق و سباق کو محفوظ رکھتے ہوئے ٹشوز کے اندر جین کے اظہار کے نمونوں کی چھان بین کرنے کی اجازت دیتی ہے۔ اس ڈومین میں ایک طاقتور پلیٹ فارم 10x جینومکس ویزیم ہے جس کے ساتھ ایلومینا سیکوینسنگ ہے۔ 10X Visium کا اصول ایک مخصوص چپ پر ہے جس میں ایک مخصوص کیپچر ایریا ہے جہاں ٹشو سیکشن رکھے گئے ہیں۔ اس کیپچر ایریا میں بار کوڈ والے دھبے ہوتے ہیں، ہر ایک ٹشو کے اندر ایک منفرد مقامی مقام کے مطابق ہوتا ہے۔ ٹشو سے پکڑے گئے RNA مالیکیولز کو پھر ریورس ٹرانسکرپشن کے عمل کے دوران منفرد مالیکیولر آئیڈینٹیفائر (UMIs) کے ساتھ لیبل لگایا جاتا ہے۔ یہ بارکوڈڈ اسپاٹس اور UMIs ایک خلیے کے ریزولوشن میں جین کے اظہار کی درست مقامی نقشہ سازی اور مقدار درست کرنے کے قابل بناتے ہیں۔ مقامی طور پر بارکوڈ شدہ نمونوں اور UMIs کا مجموعہ تیار کردہ ڈیٹا کی درستگی اور خصوصیت کو یقینی بناتا ہے۔ اس اسپیشل ٹرانسکرپٹومکس ٹیکنالوجی کا استعمال کرکے، محققین خلیات کی مقامی تنظیم اور ٹشوز کے اندر پائے جانے والے پیچیدہ مالیکیولر تعاملات کے بارے میں گہری سمجھ حاصل کر سکتے ہیں، جس میں متعدد شعبوں میں حیاتیاتی عمل کے بنیادی میکانزم کے بارے میں انمول بصیرت پیش کی جا سکتی ہے، بشمول آنکولوجی، نیورو سائنس، ترقیاتی حیاتیات، امیونولوجی۔ ، اور نباتاتی مطالعہ۔
پلیٹ فارم: 10X جینومکس ویزیم اور ایلومینا نووا سیق
