-
ٹول کٹس
BMKCloud ایک معروف بایو انفارمیٹک پلیٹ فارم ہے جو جینومک پروگراموں کے لیے ون اسٹاپ حل فراہم کرتا ہے، جس پر طبی، زرعی، ماحولیاتی وغیرہ سمیت مختلف میدانوں کے محققین کو وسیع پیمانے پر بھروسہ کیا جاتا ہے۔ , کمپیوٹنگ کے وسائل، عوامی ڈیٹا بیس، بایو انفارمیٹک آن لائن کورسز وغیرہ۔ BMKCloud میں مختلف اکثر استعمال ہونے والے بایو انفارمیٹک ٹولز جن میں جین کی تشریح، ارتقائی جینیاتی ٹولز، این سی آر این اے، ڈیٹا کوالٹی کنٹرول، اسمبلی، الائنمنٹ، ڈیٹا نکالنا، میوٹیشنز، شماریات، فگر جنریٹر، ترتیب تجزیہ وغیرہ شامل ہیں۔
-
ڈی نوو بیکٹیریل جینوم اسمبلی
ہم ایک مکمل بیکٹیریل جینوم اسمبلی سروس فراہم کرتے ہیں، 0 فرق کی ضمانت دیتے ہیں۔ یہ طویل پڑھی جانے والی ترتیب سازی کی ٹیکنالوجیز، جیسے نانوپور اور PacBio کو اسمبلی کے لیے اور مختصر پڑھنے کی ترتیب کو Illumina کے ساتھ اسمبلی کی توثیق اور ONT ریڈز کی غلطی کی اصلاح کے لیے مربوط کرنے سے ممکن ہے۔ ہماری سروس مخصوص تحقیقی اہداف کو پورا کرتے ہوئے اسمبلی، فنکشنل تشریح، اور جدید بائیو انفارمیٹک تجزیہ سے مکمل بایو انفارمیٹک ورک فلو فراہم کرتی ہے۔ یہ سروس مختلف جینیاتی اور جینومک اسٹڈیز کے لیے عین حوالہ جینوم کی ترقی کے قابل بناتی ہے۔ مزید برآں، یہ سٹرین آپٹیمائزیشن، جینیاتی انجینئرنگ، اور مائکروبیل ٹکنالوجی کی ترقی جیسی ایپلی کیشنز کی بنیاد بناتا ہے، جس سے قابل اعتماد اور خلا سے پاک جینومک ڈیٹا کو یقینی بنایا جاتا ہے جو سائنسی بصیرت اور بائیوٹیکنالوجیکل اختراعات کو آگے بڑھانے کے لیے اہم ہے۔
-
چھوٹے آر این اے
چھوٹے RNAs مختصر نان کوڈنگ RNA کی قسم ہیں جن کی اوسط لمبائی 18-30 nt ہے، بشمول miRNA، siRNA اور piRNA۔ ان چھوٹے RNAs کو بڑے پیمانے پر مختلف حیاتیاتی عملوں میں ملوث ہونے کی اطلاع ملی ہے جیسے mRNA انحطاط، ترجمہ کی روک تھام، heterochromatin کی تشکیل وغیرہ۔ SmallRNA کی ترتیب کا تجزیہ جانوروں/پودے کی نشوونما، بیماری، وائرس وغیرہ کے مطالعے میں بڑے پیمانے پر لاگو کیا گیا ہے۔ ترتیب تجزیہ پلیٹ فارم معیاری تجزیہ اور جدید ڈیٹا مائننگ پر مشتمل ہے۔ RNA-seq ڈیٹا کی بنیاد پر، معیاری تجزیہ miRNA کی شناخت اور پیشین گوئی، miRNA ہدف جین کی پیشن گوئی، تشریح اور اظہار تجزیہ حاصل کر سکتا ہے۔ جدید تجزیہ اپنی مرضی کے مطابق miRNA تلاش اور نکالنے، وین ڈایاگرام جنریشن، miRNA اور ٹارگٹ جین نیٹ ورک کی تعمیر کو قابل بناتا ہے۔
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ایک مکمل جینوم دوبارہ ترتیب دینے والا تجزیہ پلیٹ فارم ہے، جسے Biomarker ٹیکنالوجیز میں بھرپور تجربے کی بنیاد پر تیار کیا گیا ہے۔ استعمال میں آسان یہ پلیٹ فارم صرف چند بنیادی پیرامیٹر ترتیب دے کر ایک مربوط تجزیہ ورک فلو کو فوری جمع کرانے کی اجازت دیتا ہے، جو Illumina پلیٹ فارم اور BGI سیکوینسنگ پلیٹ فارم دونوں سے تیار کردہ DNA ترتیب دینے والے ڈیٹا کے لیے فٹ بیٹھتا ہے۔ یہ پلیٹ فارم اعلی کارکردگی والے کمپیوٹنگ سرور پر تعینات کیا گیا ہے، جو انتہائی محدود وقت میں ڈیٹا کے انتہائی موثر تجزیہ کو تقویت دیتا ہے۔ پرسنلائزڈ ڈیٹا مائننگ معیاری تجزیہ کی بنیاد پر دستیاب ہے، بشمول تبدیل شدہ جین استفسار، پی سی آر پرائمر ڈیزائن وغیرہ۔
-
mRNA (حوالہ)
ٹرانسکرپٹوم جینومک جینیاتی معلومات اور حیاتیاتی فعل کے پروٹوم کے درمیان ربط ہے۔ نقل کی سطح کا ضابطہ حیاتیات کا سب سے اہم اور وسیع پیمانے پر مطالعہ کیا جانے والا ضابطہ ہے۔ ٹرانسکرپٹوم کی ترتیب کسی بھی وقت یا کسی بھی حالت میں ٹرانسکرپٹ کو ترتیب دے سکتی ہے، ایک واحد نیوکلیوٹائڈ کے لیے درست ریزولوشن کے ساتھ۔ یہ متحرک طور پر جین کی نقل کی سطح کو ظاہر کر سکتا ہے، بیک وقت نایاب اور عام نقلوں کی شناخت اور مقدار کا تعین کر سکتا ہے، اور ساختی معلومات فراہم کرتا ہے۔ نمونہ مخصوص ٹرانسکرپٹس.
اس وقت، ٹرانسکرپٹوم سیکوینسنگ ٹیکنالوجی کو زرعی، طب اور دیگر تحقیقی شعبوں میں وسیع پیمانے پر استعمال کیا گیا ہے، بشمول جانوروں اور پودوں کی نشوونما کے ضابطے، ماحولیاتی موافقت، مدافعتی تعامل، جین لوکلائزیشن، پرجاتیوں کے جینیاتی ارتقاء اور ٹیومر اور جینیاتی بیماری کا پتہ لگانا۔
-
میٹجینومکس (این جی ایس)
یہ تجزیہ پلیٹ فارم برسوں کے تجربے کی بنیاد پر شاٹگن میٹاجینومک ڈیٹا کے تجزیہ کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ یہ مربوط ورک فلو پر مشتمل ہے جس میں ڈیٹا پروسیسنگ، پرجاتی سطح کے مطالعے، جین فنکشن لیول اسٹڈیز، میٹاجینوم بائننگ وغیرہ سمیت عام طور پر درکار میٹاجینومکس کے مختلف تجزیوں پر مشتمل ہے۔ , پیرامیٹر کی ترتیب، ذاتی نوعیت کے اعداد و شمار پیدا کرنا، وغیرہ۔
-
LncRNA
لانگ نان کوڈنگ RNAs (lncRNA) ایک قسم کی نقلیں ہیں جن کی لمبائی 200 nt سے زیادہ ہے، جو پروٹین کو کوڈ کرنے سے قاصر ہیں۔ جمع ہونے والے شواہد سے پتہ چلتا ہے کہ زیادہ تر lncRNAs کے فعال ہونے کا بہت امکان ہے۔ ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ ٹیکنالوجیز اور بایو انفارمیٹک تجزیہ کرنے والے ٹولز ہمیں lncRNA کی ترتیب اور پوزیشننگ کی معلومات کو زیادہ مؤثر طریقے سے ظاہر کرنے اور اہم ریگولیٹری افعال کے ساتھ lncRNAs کو دریافت کرنے کی رہنمائی کرتے ہیں۔ BMKCloud اپنے صارفین کو تیز، قابل بھروسہ اور لچکدار lncRNA تجزیہ حاصل کرنے کے لیے lncRNA تسلسل تجزیہ پلیٹ فارم فراہم کرنے پر فخر محسوس کرتا ہے۔
-
جی ڈبلیو اے ایس
جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اسٹڈی (GWAS) کا مقصد جینیاتی متغیرات (جینوٹائپ) کی نشاندہی کرنا ہے جو مخصوص خصلتوں (فینوٹائپ) سے وابستہ ہیں۔ جی ڈبلیو اے اسٹڈیز جینیاتی مارکروں کی بڑی تعداد میں افراد کے پورے جینوم کی چھان بین کرتی ہے اور آبادی کی سطح پر شماریاتی تجزیہ کے ذریعے جینی ٹائپ-فینوٹائپ ایسوسی ایشنز کی پیش گوئی کرتی ہے۔ مکمل جینوم کی ترتیب ممکنہ طور پر تمام جینیاتی تغیرات کو دریافت کر سکتی ہے۔ فینوٹائپک ڈیٹا کے ساتھ مل کر، GWAS پر فینوٹائپ سے متعلقہ SNPs، QTLs اور امیدوار جینز کی شناخت کے لیے کارروائی کی جا سکتی ہے، جو جدید جانوروں/پودے کی افزائش کی مضبوطی سے پشت پناہی کرتے ہیں۔ SLAF ایک خود تیار کردہ آسان جینوم کی ترتیب کی حکمت عملی ہے، جو جینوم کے وسیع تقسیم شدہ مارکر، SNP کو دریافت کرتی ہے۔ یہ SNPs، سالماتی جینیاتی مارکر کے طور پر، ھدف شدہ خصلتوں کے ساتھ ایسوسی ایشن اسٹڈیز کے لیے پروسیس کیے جا سکتے ہیں۔ یہ پیچیدہ خصلتوں سے وابستہ جینیاتی تغیرات کی نشاندہی کرنے میں ایک سرمایہ کاری مؤثر حکمت عملی ہے۔
-
نانوپور مکمل لمبائی ٹرانسکرومکس
حیاتیات میں پیچیدہ اور متغیر متبادل isoforms جین کے اظہار اور پروٹین کے تنوع کو منظم کرنے کے لیے اہم جینیاتی طریقہ کار ہیں۔ نقل کے ڈھانچے کی درست شناخت جین کے اظہار کے ضابطے کے نمونوں کے گہرائی سے مطالعہ کی بنیاد ہے۔ نانوپور سیکوینسنگ پلیٹ فارم نے ٹرانسکرپٹومک اسٹڈی کو کامیابی کے ساتھ آئسفارم لیول پر لایا ہے۔ یہ تجزیہ پلیٹ فارم نانوپور پلیٹ فارم پر تیار کردہ RNA-Seq ڈیٹا کا تجزیہ کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے جو کہ حوالہ جینوم کی بنیاد پر ہے، جو جین کی سطح اور نقل کی سطح دونوں میں کوالٹیٹیو اور مقداری تجزیہ حاصل کرتا ہے۔
-
سرک-آر این اے
سرکلر آر این اے (سرکلر آر این اے) نان کوڈنگ آر این اے کی ایک قسم ہے، جو حال ہی میں ترقی پذیر، ماحولیاتی مزاحمت، وغیرہ میں شامل ریگولیٹری نیٹ ورکس میں اہم کردار ادا کرتے پائے گئے ہیں۔ سرک آر این اے کے سرے آپس میں مل کر ایک سرکلر ڈھانچہ بناتے ہیں، جو انہیں ہضم ہونے سے بچاتا ہے۔ exonuclease اور زیادہ تر لکیری RNA سے زیادہ مستحکم ہیں۔ سرک آر این اے کو جین کے اظہار کو منظم کرنے میں متنوع افعال پایا گیا ہے۔ CircRNA ceRNA کے طور پر کارکردگی کا مظاہرہ کر سکتا ہے، جو miRNA کو مسابقتی طور پر باندھتا ہے، جسے miRNA سپنج کے نام سے جانا جاتا ہے۔ سرک آر این اے سیکوینسنگ تجزیہ پلیٹ فارم سرک آر این اے کی ساخت اور اظہار تجزیہ، ہدف کی پیش گوئی اور دیگر اقسام کے آر این اے مالیکیولز کے ساتھ مشترکہ تجزیہ کو طاقت دیتا ہے۔
-
بی ایس اے
بلکڈ سیگریگینٹ تجزیہ پلیٹ فارم ایک قدمی معیاری تجزیہ اور حسب ضرورت پیرامیٹر ترتیب کے ساتھ جدید تجزیہ پر مشتمل ہے۔ BSA ایک تکنیک ہے جو فینو ٹائپ سے وابستہ جینیاتی مارکروں کی فوری شناخت کے لیے استعمال کی جاتی ہے۔ BSA کے مرکزی ورک فلو پر مشتمل ہے: 1. انتہائی مخالف فینوٹائپس والے افراد کے دو گروہوں کا انتخاب؛ 2. تمام افراد کے DNA، RNA یا SLAF-seq (بائیو مارکر کے ذریعے تیار کردہ) کو جمع کرنا تاکہ DNA کا دو بڑا حصہ بن سکے۔ 3. حوالہ جینوم کے خلاف یا اس کے درمیان تفریق کے سلسلے کی نشاندہی کرنا، 4. ED اور SNP-index الگورتھم کے ذریعے امیدواروں سے منسلک علاقوں کی پیش گوئی کرنا؛ 5. امیدواروں کے علاقوں میں جینز پر فنکشنل تجزیہ اور افزودگی وغیرہ۔ ڈیٹا میں مزید جدید کان کنی بشمول جینیاتی مارکر اسکریننگ اور پرائمر ڈیزائن بھی دستیاب ہیں۔
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) پلیٹ فارم مائکروبیل ڈائیورسٹی پروجیکٹ کے تجزیہ میں سالوں کے تجربے کے ساتھ تیار کیا گیا ہے، جس میں معیاری بنیادی تجزیہ اور ذاتی تجزیہ شامل ہے: بنیادی تجزیہ موجودہ مائکروبیل تحقیق کے مرکزی دھارے کے تجزیہ کے مواد کا احاطہ کرتا ہے، تجزیہ کا مواد بھرپور اور جامع ہے، اور تجزیہ کے نتائج پروجیکٹ رپورٹس کی شکل میں پیش کیے جاتے ہیں۔ ذاتی تجزیہ کا مواد متنوع ہے۔ نمونے منتخب کیے جا سکتے ہیں اور بنیادی تجزیہ رپورٹ اور تحقیقی مقصد کے مطابق پیرامیٹرز کو لچکدار طریقے سے ترتیب دیا جا سکتا ہے، تاکہ ذاتی ضروریات کو پورا کیا جا سکے۔ ونڈوز آپریٹنگ سسٹم، سادہ اور تیز۔
-
ارتقائی جینیات
Evolutionary Genetics ایک جامع ترتیب دینے والی خدمت ہے جو SNPs، InDels، SVs، اور CNVs سمیت جینیاتی تغیرات پر مبنی افراد کے ایک بڑے گروپ کے اندر ارتقاء کی بصیرت انگیز تشریح پیش کرنے کے لیے بنائی گئی ہے۔ یہ خدمت آبادی کی ارتقائی تبدیلیوں اور جینیاتی خصوصیات کو واضح کرنے کے لیے درکار تمام ضروری تجزیوں کو شامل کرتی ہے، بشمول آبادی کی ساخت، جینیاتی تنوع، اور فائیلوجنیٹک تعلقات کا جائزہ۔ مزید یہ کہ، یہ جین کے بہاؤ کے بارے میں مطالعہ کرتا ہے، جس سے آبادی کے موثر سائز اور انحراف کے وقت کا اندازہ لگایا جا سکتا ہے۔ ارتقائی جینیات کے مطالعے سے پرجاتیوں کی ابتدا اور موافقت کے بارے میں قیمتی بصیرت ملتی ہے۔
BMKGENE میں، ہم بڑی آبادیوں پر ارتقائی جینیات کے مطالعہ کرنے کے لیے دو راستے پیش کرتے ہیں: مکمل جینوم سیکوینسنگ (WGS) کو ملازمت دینا یا کم نمائندگی والے جینوم سیکوینسنگ کے طریقہ کار کا انتخاب، اندرون ملک تیار کردہ Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF)۔ جب کہ WGS چھوٹے جینوم کے مطابق ہے، SLAF طویل جینوم کے ساتھ بڑی آبادی کا مطالعہ کرنے کے لیے ایک سرمایہ کاری مؤثر متبادل کے طور پر ابھرتا ہے، مؤثر طریقے سے ترتیب کے اخراجات کو کم کرتا ہے۔
