-
Hi-C پر مبنی کرومیٹن تعامل
ہائی-سی ایک ایسا طریقہ ہے جسے پروبنگ پروکسیمٹی پر مبنی تعاملات اور ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کو ملا کر جینومک کنفیگریشن کو حاصل کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ یہ طریقہ فارملڈہائڈ کے ساتھ کرومیٹن کراس لنکنگ پر مبنی ہے، اس کے بعد عمل انہضام اور اس طرح سے دوبارہ لگانا ہوتا ہے کہ صرف وہ ٹکڑے جو ہم آہنگی سے جڑے ہوئے ہوں گے وہ ligation کی مصنوعات بنائیں گے۔ ان ligation مصنوعات کی ترتیب سے، جینوم کی 3D تنظیم کا مطالعہ کرنا ممکن ہے۔ Hi-C جینوم کے ان حصوں کی تقسیم کا مطالعہ کرنے کے قابل بناتا ہے جو ہلکے سے بھرے ہوئے ہیں (A کمپارٹمنٹ، یوکرومیٹن) اور نقلی طور پر فعال ہونے کا زیادہ امکان ہے، اور وہ علاقے جو زیادہ مضبوطی سے بھرے ہوئے ہیں (B کمپارٹمنٹ، ہیٹروکرومیٹن)۔ Hi-C کو ٹاپولوجیکل طور پر وابستہ ڈومینز (TADs)، جینوم کے ان خطوں کی نشاندہی کرنے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے جن میں فولڈ ڈھانچے ہوتے ہیں اور ان کے اظہار کے نمونے ایک جیسے ہونے کا امکان ہوتا ہے، اور کرومیٹن لوپس، ڈی این اے کے ایسے خطوں کی نشاندہی کرنے کے لیے جو پروٹین کے ذریعے ایک ساتھ لنگر انداز ہوتے ہیں اور وہ ہوتے ہیں۔ اکثر ریگولیٹری عناصر میں افزودہ. BMKGene کی Hi-C سیکوینسنگ سروس محققین کو جینومکس کے مقامی جہتوں کو دریافت کرنے کی طاقت دیتی ہے، جینوم کے ضابطے اور صحت اور بیماری میں اس کے مضمرات کو سمجھنے کے لیے نئی راہیں کھولتی ہے۔
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ایک ایسی تکنیک ہے جو ڈی این اے بائنڈنگ پروٹینز اور ان کے متعلقہ جینومکس اہداف کو منتخب طور پر افزودہ کرنے کے لیے اینٹی باڈیز کا فائدہ اٹھاتی ہے۔ این جی ایس کے ساتھ اس کا انضمام ہسٹون ترمیم، ٹرانسکرپشن عوامل، اور دیگر ڈی این اے بائنڈنگ پروٹین سے وابستہ ڈی این اے اہداف کی جینوم وسیع پروفائلنگ کو قابل بناتا ہے۔ یہ متحرک نقطہ نظر متنوع سیل اقسام، ٹشوز، یا حالات میں بائنڈنگ سائٹس کے موازنہ کو قابل بناتا ہے۔ ChIP-Seq کی ایپلی کیشنز ٹرانسکرپشن ریگولیشن اور ترقی کے راستوں کا مطالعہ کرنے سے لے کر بیماریوں کے طریقہ کار کو واضح کرنے تک پھیلی ہوئی ہیں، جو اسے جینومک ریگولیشن کے مناظر کو سمجھنے اور علاج کی بصیرت کو آگے بڑھانے کے لیے ایک ناگزیر ذریعہ بناتی ہیں۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq
-
مکمل جینوم بیسلفائٹ کی ترتیب (WGBS)
مکمل جینوم بیسلفائٹ سیکوینسنگ (WGBS) DNA میتھیلیشن کی گہرائی سے تلاش کے لیے سونے کے معیاری طریقہ کار کے طور پر کھڑا ہے، خاص طور پر cytosine (5-mC) میں پانچویں پوزیشن، جین کے اظہار اور سیلولر سرگرمی کا ایک اہم ریگولیٹر۔ WGBS کے بنیادی اصول میں بیسلفائٹ ٹریٹمنٹ شامل ہے، غیر میتھلیٹیڈ سائٹوسائنز کو uracil (C سے U) میں تبدیل کرتا ہے، جبکہ میتھلیٹیڈ سائٹوزائنز کو بغیر کسی تبدیلی کے چھوڑ دیتا ہے۔ یہ تکنیک سنگل بیس ریزولوشن پیش کرتی ہے، جس سے محققین میتھائلوم کی جامع تحقیقات کر سکتے ہیں اور مختلف حالات، خاص طور پر کینسر سے وابستہ غیر معمولی میتھیلیشن پیٹرن کو بے نقاب کر سکتے ہیں۔ ڈبلیو جی بی ایس کو ملازمت دے کر، سائنس دان جینوم کے وسیع میتھیلیشن مناظر کے بارے میں بے مثال بصیرت حاصل کر سکتے ہیں، جس سے ایپی جینیٹک میکانزم کی ایک باریک تفہیم فراہم کی جا سکتی ہے جو متنوع حیاتیاتی عمل اور بیماریوں کو زیر کرتے ہیں۔
-
ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ (ATAC-seq) کے ساتھ Transposase-Accessible Chromatin کے لیے پرکھ
ATAC-seq ایک اعلی تھرو پٹ سیکوینسنگ تکنیک ہے جو جینوم وائڈ کرومیٹن ایکسیسبیلٹی تجزیہ کے لیے استعمال ہوتی ہے۔ اس کا استعمال جین کے اظہار پر عالمی ایپی جینیٹک کنٹرول کے پیچیدہ میکانزم کی گہری تفہیم فراہم کرتا ہے۔ یہ طریقہ ایک ہائپر ایکٹو Tn5 ٹرانسپوز کا استعمال کرتا ہے تاکہ بیک وقت سیکوینسنگ اڈاپٹر ڈال کر اوپن کرومیٹن ریجنز کو ٹکڑے اور ٹیگ کیا جا سکے۔ بعد ازاں پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے نتیجے میں ایک ترتیب والی لائبریری کی تخلیق ہوتی ہے، جو مخصوص وقت کے حالات کے تحت کھلے کرومیٹن علاقوں کی جامع شناخت کی اجازت دیتی ہے۔ ATAC-seq قابل رسائی کرومیٹن لینڈ سکیپس کا ایک مکمل نظارہ فراہم کرتا ہے، ان طریقوں کے برعکس جو مکمل طور پر ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس یا مخصوص ہسٹون میں ترمیم شدہ علاقوں پر فوکس کرتے ہیں۔ ان کھلے کرومیٹن علاقوں کو ترتیب دے کر، ATAC-seq ان خطوں کو ظاہر کرتا ہے جن میں فعال ریگولیٹری ترتیب اور ممکنہ ٹرانسکرپشن فیکٹر بائنڈنگ سائٹس کا امکان زیادہ ہوتا ہے، جو پورے جینوم میں جین کے اظہار کی متحرک ماڈلن کے بارے میں قیمتی بصیرت پیش کرتا ہے۔
-
کم نمائیندگی بیسلفائٹ سیکوینسنگ (RRBS)
ڈی این اے میتھیلیشن ریسرچ میں ریڈوسڈ ریپریزنٹیشن بیسلفائٹ سیکوینسنگ (RRBS) ہول جینوم بیسلفائٹ سیکوینسنگ (WGBS) کے ایک کفایتی اور موثر متبادل کے طور پر ابھرا ہے۔ جب کہ ڈبلیو جی بی ایس پورے جینوم کو سنگل بیس ریزولوشن پر جانچ کر جامع بصیرت فراہم کرتا ہے، اس کی زیادہ قیمت ایک محدود عنصر ہو سکتی ہے۔ آر آر بی ایس جینوم کے نمائندہ حصے کا انتخابی تجزیہ کرکے حکمت عملی سے اس چیلنج کو کم کرتا ہے۔ یہ طریقہ کار MspI کلیویج کے ذریعے CpG جزیرے سے مالا مال علاقوں کی افزودگی پر انحصار کرتا ہے جس کے بعد 200-500/600 bps کے ٹکڑوں کے سائز کا انتخاب ہوتا ہے۔ نتیجتاً، صرف سی پی جی جزیروں سے قربت والے علاقوں کو ترتیب دیا گیا ہے، جبکہ دور دراز کے سی پی جی جزیروں کو تجزیہ سے خارج کر دیا گیا ہے۔ یہ عمل، بیسلفائٹ سیکوینسنگ کے ساتھ مل کر، ڈی این اے میتھیلیشن کی ہائی ریزولوشن کا پتہ لگانے کی اجازت دیتا ہے، اور ترتیب دینے کا طریقہ، PE150، خاص طور پر وسط کی بجائے داخلوں کے سروں پر توجہ مرکوز کرتا ہے، جس سے میتھیلیشن پروفائلنگ کی کارکردگی میں اضافہ ہوتا ہے۔ آر آر بی ایس ایک انمول ٹول ہے جو لاگت سے موثر ڈی این اے میتھیلیشن ریسرچ کو قابل بناتا ہے اور ایپی جینیٹک میکانزم کے علم کو آگے بڑھاتا ہے۔
