پلانٹ/جانوروں کے مکمل جینوم کی ترتیب
سروس کی خصوصیات
● لائبریری کی تیاری معیاری یا پی سی آر سے پاک ہو سکتی ہے۔
● 4 ترتیب دینے والے پلیٹ فارمز میں دستیاب: Illumina NovaSeq، MGI T7، Nanopore Promethion P48، یا PacBio Revio۔
● بایو انفارمیٹک تجزیہ متغیرات کی کھوج پر مرکوز ہے: SNP، InDel، SV اور CNV
سروس کے فوائد
●وسیع مہارت اور اشاعت کے ریکارڈ: 1000 سے زیادہ پرجاتیوں کے جینوم کی ترتیب میں جمع تجربے کے نتیجے میں 5000 سے زیادہ کے مجموعی اثر کے عنصر کے ساتھ 1000 سے زیادہ شائع ہوئے ہیں۔
●جامع بائیو انفارمیٹکس تجزیہ: تغیر کالنگ اور فنکشن تشریح سمیت۔
● پوسٹ سیلز سپورٹ:ہماری وابستگی 3 ماہ کے بعد فروخت سروس کی مدت کے ساتھ پراجیکٹ کی تکمیل سے آگے ہے۔ اس وقت کے دوران، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لیے پروجیکٹ کی پیروی، ٹربل شوٹنگ میں مدد، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
●جامع تشریح: ہم شناخت شدہ تغیرات کے ساتھ جینز کو فعال طور پر تشریح کرنے اور متعلقہ افزودگی کا تجزیہ کرنے کے لیے متعدد ڈیٹا بیس استعمال کرتے ہیں، جس سے متعدد تحقیقی منصوبوں پر بصیرت فراہم کی جاتی ہے۔
سروس کی وضاحتیں
| متغیرات کی نشاندہی کی جائے۔ | ترتیب کی حکمت عملی | تجویز کردہ گہرائی |
| SNP اور InDel | Illumina NovaSeq PE150 یا MGI T7 | 10x |
| SV اور CNV (کم درست) | 30x | |
| SV اور CNV (زیادہ درست) | نانوپور پروم P48 | 20x |
| SNPs، Indels، SV اور CNV | PacBio Revio | 10x |
نمونے کے تقاضے
| ٹشو یا نکالا ہوا نیوکلک ایسڈ | ایلومینا/ایم جی آئی | نانوپور | PacBio
| ||
| جانوروں کا ویزرا | 0.5-1 جی | ≥ 3.5 گرام
| ≥ 3.5 گرام
| ||
| جانوروں کے پٹھوں | ≥ 5 گرام
| ≥ 5 گرام
| |||
| ممالیہ کا خون | 1.5 ملی لیٹر | ≥ 0.5 ملی لیٹر
| ≥ 5 ملی لیٹر
| ||
| پولٹری/مچھلی کا خون | ≥ 0.1 ملی لیٹر
| ≥ 0.5 ملی لیٹر
| |||
| پلانٹ - تازہ پتی۔ | 1-2 جی | ≥ 2 جی
| ≥ 5 گرام
| ||
| کلچرڈ سیلز |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| کیڑے نرم ٹشو/انفرادی | 0.5-1 جی | ≥ 1 جی
| ≥ 3 جی
| ||
| ڈی این اے نکالا گیا۔
| ارتکاز: ≥ 1 ng/ µL رقم: ≥ 30 این جی محدود یا کوئی انحطاط یا آلودگی
| ارتکاز رقم
OD260/280
OD260/230
محدود یا کوئی انحطاط یا آلودگی
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/بہاؤ سیل/نمونہ
1.7-2.2
≥1.5 | ارتکاز رقم
OD260/280
OD260/230
محدود یا کوئی انحطاط یا آلودگی | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/بہاؤ سیل/نمونہ
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| پی سی آر فری لائبریری کی تیاری: ارتکاز ≥ 40 این جی / µL رقم ≥ 500 این جی | |||||
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
ڈی این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
ڈیٹا کی ترسیل
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
- خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
- حوالہ جینوم کی صف بندی کے اعدادوشمار
- مختلف شناخت: SNP، InDel، SV اور CNV
- متغیرات کی فنکشنل تشریح
حوالہ جینوم کی سیدھ کے اعدادوشمار - ترتیب گہرائی کی تقسیم
متعدد نمونوں کے درمیان SNP کالنگ
InDel شناخت - CDS خطے اور جینوم کے وسیع علاقے میں InDel کی لمبائی کے اعدادوشمار
جینوم میں مختلف تقسیم - سرکوس پلاٹ
شناخت شدہ مختلف حالتوں کے ساتھ جینوں کی فنکشنل تشریح - جین آنٹولوجی
چائی، کیو وغیرہ۔ (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 کپاس میں اینتھوسیانین کے جمع ہونے کو ریگولیٹ کرنے کے ذریعے پھولوں کی پنکھڑیوں کی رنگت کا تعین کرتا ہے'، پلانٹ بائیوٹیکنالوجی جرنل، 21(2)، صفحہ۔ 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
چینگ، H. et al. (2023) 'کروموزوم لیول وائلڈ ہیویا بریسیلینسس جینوم جینومک اسسٹڈ افزائش کے لیے نئے ٹولز مہیا کرتا ہے اور ربڑ کی پیداوار کو بڑھانے کے لیے قیمتی لوکی'، پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل، 21(5)، پی پی 1058–1072۔ doi: 10.1111/PBI.14018۔
لی، اے وغیرہ۔ (2021) 'جینوم آف دی ایسٹورین اویسٹر آب و ہوا کے اثرات اور انکولی پلاسٹکٹی کی بصیرت فراہم کرتا ہے'، کمیونیکیشنز بیالوجی 2021 4:1، 4(1)، پی پی 1-12۔ doi: 10.1038/s42003-021-02823-6۔
Zeng، T. et al. (2022) 'وقت کے ساتھ ساتھ چینی دیسی مرغیوں میں جینوم اور میتھیلیشن کی تبدیلیوں کا تجزیہ پرجاتیوں کے تحفظ کی بصیرت فراہم کرتا ہے'، کمیونیکیشنز بیالوجی، 5(1)، پی پی 1-12۔ doi: 10.1038/s42003-022-03907-7۔
