پلانٹ/اینیمل ڈی نوو جینوم تسلسل
ڈی نووتسلسل سے مراد ایک پرجاتیوں کے پورے جینوم کی تعمیر ہے جس کا استعمال کسی ریفرنس جینوم کی عدم موجودگی میں ترتیب ٹیکنالوجیز کا استعمال کرتے ہیں۔ تیسری نسل کی ترتیب کا تعارف اور وسیع پیمانے پر اپنانے ، جس میں طویل پڑھنے کی خاصیت ہے ، نے ریڈز کے مابین اوورلیپ میں اضافہ کرکے جینوم اسمبلی میں نمایاں اضافہ کیا ہے۔ یہ اضافہ خاص طور پر مناسب ہے جب چیلنجنگ جینوم سے نمٹنے کے دوران ، جیسے اعلی heterozygosity کی نمائش کرنے والے ، بار بار آنے والے عناصر ، غیر معمولی جی سی مشمولات ، یا اعلی پیچیدگی کے ساتھ بار بار خطے ، پولیپلائڈز ، اور خطوں کا ایک اعلی تناسب جو عام طور پر مختصر پڑھائی کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے غیر معمولی طور پر جمع ہوتے ہیں۔ تنہا
ہمارا ون اسٹاپ حل مربوط ترتیب خدمات اور بائیو انفارمیٹک تجزیہ فراہم کرتا ہے جو ایک اعلی معیار کے ڈی نوو کو جمع جینوم فراہم کرتا ہے۔ الومینا کے ساتھ ایک ابتدائی جینوم سروے جینوم سائز اور پیچیدگی کا تخمینہ فراہم کرتا ہے ، اور یہ معلومات پی اے سی بی آئی او HIFI کے ساتھ طویل پڑھنے کی ترتیب کے اگلے مرحلے کی رہنمائی کے لئے استعمال ہوتی ہے ، اس کے بعدڈی نووکونٹگس کی اسمبلی۔ ایچ آئی سی اسمبلی کے بعد کے استعمال سے کروموسوم سطح کی اسمبلی حاصل کرنے کے بعد جینوم کو کنٹیگس کو لنگر انداز کرنے کا اہل بناتا ہے۔ آخر میں ، جینوم کو جین کی پیشن گوئی کے ذریعہ اور اظہار کردہ جینوں کی ترتیب کے ذریعہ ، مختصر اور لمبی پڑھنے کے ساتھ ٹرانسکرپٹوم کا سہارا لیا جاتا ہے۔
خدمت کی خصوصیات
stop ایک اسٹاپ حل میں ایک سے زیادہ ترتیب اور بائیو انفارمیٹک خدمات کا انضمام:
جینوم کے ساتھ جینوم سروینا کے ساتھ جینوم سائز کا اندازہ لگانے اور اس کے بعد کے اقدامات کی رہنمائی کے لئے۔
طویل پڑھنے کی ترتیب کے لئےڈی نووکونٹگس کی اسمبلی ؛
کروموسوم اینکرنگ کے لئے HI-C تسلسل ؛
جینوں کی تشریح کے لئے ایم آر این اے کی ترتیب ؛
اسمبلی کی توثیق۔
produes دلچسپی کی پرجاتیوں کے لئے موجودہ ریفرنس جینوم کی تعمیر کے لئے موزوں خدمت۔
خدمت کے فوائد
میں ترتیب دینے کے پلیٹ فارم اور بائیو انفارمیٹکس کی ترقیڈی نووجینوم اسمبلی
(اماراسنگھی سلیٹ وغیرہ۔جینوم حیاتیات، 2020)
●وسیع مہارت اور اشاعت کا ریکارڈ: BMKGENE متنوع پرجاتیوں کی اعلی معیار کے جینوم اسمبلی میں بڑے پیمانے پر تجربہ جمع کرچکا ہے ، جس میں ڈپلومیڈ جینوم اور پولیپلائڈ اور ایلوپولائیپلائڈ پرجاتیوں کے انتہائی پیچیدہ جینوم شامل ہیں۔ 2018 کے بعد سے ، ہم نے اوور میں حصہ لیا ہے300 اعلی اثرات کی اشاعتیں ، اور ان میں سے 20+ فطرت جینیٹکس میں شائع ہوتے ہیں.
● ایک اسٹاپ حل: ہمارا مربوط نقطہ نظر متعدد ترتیب دینے والی ٹیکنالوجیز اور بائیو انفارمیٹک تجزیوں کو ایک مربوط ورک فلو میں جوڑتا ہے ، جس سے ایک اعلی معیار کے جمع شدہ جینوم کی فراہمی ہوتی ہے۔
●آپ کی ضروریات کے مطابق: ہمارا سروس ورک فلو حسب ضرورت ہے ، جس سے متنوع خصوصیات اور تحقیق کی مخصوص ضروریات کے ساتھ جینوم کے لئے موافقت کی اجازت ملتی ہے۔ اس میں ایڈجسٹ وشال جینومز ، پولیپلائڈ جینوم ، انتہائی ہیٹروزائگس جینوم ، اور بہت کچھ شامل ہے۔
●انتہائی ہنر مند بائیو انفارمیٹکس اور لیبارٹریل ٹیم: پیچیدہ جینوم اسمبلیوں کے تجرباتی اور بائیو انفارمیٹکس فرنٹ دونوں میں زبردست تجربہ اور پیٹنٹ اور سافٹ ویئر کاپی رائٹس کا ایک سلسلہ۔
●فروخت کے بعد کی حمایت:ہمارا عزم فروخت کی خدمت کے بعد 3 ماہ کے ساتھ منصوبے کی تکمیل سے آگے بڑھتا ہے۔ اس وقت کے دوران ، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لئے پروجیکٹ کی فالو اپ ، خرابیوں کا سراغ لگانا ، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
خدمت کی وضاحتیں
| جینوم سروے | جینوم اسمبلی | کروموسوم سطح | جینوم تشریح |
| 50x ایلومینا نوواسق PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi پڑھتا ہے | 100x ہائ سی | RNA-Seq ایلومینا PE150 10 GB + (اختیاری) مکمل لمبائی RNA-Seq Pacbio 40 GB یا نانو پور 12 جی بی |
خدمت کی ضروریات
جینوم سروے کے لئے ، جینوم اسمبلی اور HI-C اسمبلی:
| ٹشو یا نکالا ہوا نیوکلیک ایسڈ | جینوم سروے | جینوم اسمبلی پی اے سی بی آئی او کے ساتھ | ہائے سی اسمبلی |
| جانوروں کے ویسرا | 0.5-1 جی
| ≥ 3.5 جی | g2 g |
| جانوروں کے پٹھوں | g 5 جی | ||
| ستنداریوں کا خون | 1.5 ملی لیٹر
| ml 5 ملی لیٹر | ml2 ملی لیٹر |
| پولٹری/مچھلی کا خون | ≥ 0.5 ملی لیٹر | ||
| پلانٹ- تازہ پتی | 1-2 جی | g 5 جی | ≥ 4 جی |
| مہذب خلیات |
| x 1x108 | x 1x107 |
| کیڑے | 0.5-1 جی | g 3 جی | g 2 جی |
| نکالا DNA | حراستی: ≥1 ng/ µl رقم ≥ 30 این جی محدود یا کوئی انحطاط یا آلودگی | حراستی: ≥ 50 این جی/ µl رقم: 10 µg/فلو سیل/نمونہ OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 محدود یا کوئی انحطاط یا آلودگی |
-
|
ٹرانسکرپٹومکس کے ساتھ جینوم تشریح کے لئے:
| ٹشو یا نکالا ہوا نیوکلیک ایسڈ | ایلومینا ٹرانسکرپٹوم | Pacbio transcriptome | نانو پور ٹرانسکرومیٹ |
| پلانٹ- جڑ/اسٹیم/پنکھڑی | 450 ملی گرام | 600 ملی گرام | |
| پلانٹ - پتی/بیج | 300 ملی گرام | 300 ملی گرام | |
| پلانٹ - پھل | 1.2 جی | 1.2 جی | |
| جانوروں کا دل/آنت | 300 ملی گرام | 300 ملی گرام | |
| جانوروں کی ویزرا/دماغ | 240 ملی گرام | 240 ملی گرام | |
| جانوروں کے پٹھوں | 450 ملی گرام | 450 ملی گرام | |
| جانوروں کی ہڈیاں/بالوں/جلد | 1 جی | 1 جی | |
| آرتروپوڈ - کیڑے | 6 | 6 | |
| آرتروپڈ -کروسٹیسیا | 300 ملی گرام | 300 ملی گرام | |
| پورا خون | 1 ٹیوب | 1 ٹیوب | |
| نکالا RNA | حراستی: ≥ 20 این جی/ µl رقم ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رن≥ 6 5≥28s/18s≥1 | حراستی: ≥ 100 ng/ µl رقم ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رن≥ 8 5≥28s/18s≥1 | حراستی: ≥ 100 ng/ µl رقم ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رن≥ 7.5 5≥28s/18s≥1 |
تجویز کردہ نمونہ کی فراہمی
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سنٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
(بیشتر نمونوں کے ل we ، ہم مشورہ دیتے ہیں کہ ایتھنول میں محفوظ نہ ہوں۔)
نمونہ لیبلنگ: نمونے کو واضح طور پر لیبل لگایا جانا چاہئے اور پیش کردہ نمونے کی معلومات کے فارم سے مماثل ہونا چاہئے۔
شپمنٹ: خشک برف: نمونے پہلے بیگ میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
ورک فلو
خدمت کے کام کا بہاؤ
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی فراہمی
ڈی این اے نکالنے
لائبریری کی تعمیر
ترتیب
ڈیٹا تجزیہ
فروخت کے بعد خدمات
مکمل بائیو انفارمیٹک تجزیہ ، 4 مراحل میں الگ:
1) این جی ایس کے ساتھ کے میر تجزیہ پر مبنی جینوم سروے میں لکھا گیا ہے:
جینوم سائز کا تخمینہ
heterozygosity کا تخمینہ
بار بار خطوں کا تخمینہ لگائیں
2) جینوم اسمبلی کے ساتھ پی اے سی بی آئی او ہائفی:
ڈی نوواسمبلی
اسمبلی تشخیص: جینوم کی تکمیل کے لئے بسکو تجزیہ اور این جی ایس اور پی اے سی بی آئی او ہائفی کے پیچھے نقشہ سازی بھی شامل ہے
3) ہائ سی اسمبلی:
HI-C لائبریری QC: درست HI-C تعاملات کا تخمینہ
HI-C اسمبلی: گروپوں میں Contigs کا کلسٹرنگ ، اس کے بعد ہر گروپ کے اندر کونٹیگ آرڈر کرنے اور کونٹگ واقفیت تفویض کرنا
HI-C تشخیص
4) جینوم تشریح:
غیر کوڈنگ آر این اے کی پیشن گوئی
بار بار تسلسل کی شناخت (ٹرانسپوسن اور ٹینڈم دہرائے)
جین کی پیشن گوئی
§ڈی نوو: AB initio الگورتھم
alogy ہومولوجی پر مبنی
trans ٹرانسکرپٹوم کی بنیاد پر ، طویل اور مختصر پڑھنے کے ساتھ: پڑھیں ہیںڈی نووڈرافٹ جینوم میں جمع یا نقشہ
multiple ایک سے زیادہ ڈیٹا بیس کے ساتھ پیش گوئی شدہ جینوں کی تشریح
1) جینوم سروے- کے-میر تجزیہ
2) جینوم اسمبلی
2) جینوم اسمبلی - پیکبیو ہیفی نے ڈرافٹ اسمبلی کے لئے نقشہ سازی پڑھی
2) HI-C اسمبلی-HI-C درست بات چیت کے جوڑے کا تخمینہ
3) ہائ-سی پوسٹ اسمبلی تشخیص
4) جینوم تشریح - پیش گوئی شدہ جینوں کا انضمام
4) جینوم تشریح - پیش گوئی شدہ جینوں کی تشریح
اشاعتوں کے تیار کردہ ذخیرے کے ذریعہ BMKGene کے ڈی نوو جینوم اسمبلی خدمات کے ذریعہ سہولت فراہم کردہ پیشرفتوں کو دریافت کریں:
لی ، سی وغیرہ۔ ۔ doi: 10.1038/S41467-021-21379-X۔
لی ، Y. ET رحمہ اللہ تعالی. . doi: 10.1093/molbev/msad006۔
تیان ، ٹی۔ وغیرہ۔ . doi: 10.1038/S41588-023-01297-y.
ژانگ ، ایف۔ وغیرہ۔ . doi: 10.1038/S41467-023-37133-4۔
چیلینجنگ کیس اسٹڈیز:
ٹیلومیر سے ٹیلومیر اسمبلی:فو ، اے وغیرہ۔ . doi: 10.1093/hr/uhac228۔
ہاپلوٹائپ اسمبلی:ہو ، ڈبلیو وغیرہ۔ . doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
وشال جینوم اسمبلی:یوآن ، جے۔ وغیرہ۔ . doi: 10.1038/S41467-022-35063-1۔
پولیپلائڈ جینوم اسمبلی:ژانگ ، Q. ET رحمہ اللہ تعالی. . doi: 10.1038/S41588-022-01084-1۔
