PacBio 2+3 مکمل لمبائی کا mRNA حل
خصوصیات
● اسٹڈی ڈیزائن:
ٹرانسکرپٹ isoforms کی شناخت کے لیے PacBio کے ساتھ ترتیب دیا گیا نمونہ
الگ الگ نمونے (نقلیں اور ٹیسٹ کیے جانے والے حالات) کے ساتھ ترتیبٹرانسکرپٹ اظہار کی مقدار درست کرنے کے لیے NGS
● CCS موڈ میں PacBio کی ترتیب، HiFi ریڈز تیار کرنا
● مکمل طوالت کی نقلوں کی ترتیب
● تجزیہ کے لیے حوالہ جینوم کی ضرورت نہیں ہے۔ تاہم، یہ ملازم کیا جا سکتا ہے
● بایو انفارمیٹک تجزیہ میں نہ صرف جین اور آئسوفارم کی سطح پر اظہار بلکہ lncRNA، جین فیوژن، پولی ایڈنیلیشن، اور جین کی ساخت کا تجزیہ بھی شامل ہے۔
فوائد
● اعلی درستگی: HiFi درستگی کے ساتھ پڑھتا ہے >99.9% (Q30)، NGS سے موازنہ
● متبادل الگ کرنے کا تجزیہ: تمام ٹرانسکرپٹس کو ترتیب دینا isoform شناخت اور خصوصیت کو قابل بناتا ہے۔
● PacBio اور NGS طاقتوں کا مجموعہ: isoform سطح پر اظہار کی مقدار کو قابل بنانا، اس تبدیلی کی نقاب کشائی کرنا جو پورے جین کے اظہار کا تجزیہ کرتے وقت نقاب پوش ہو سکتی ہے۔
● وسیع مہارت: 1100 سے زیادہ PacBio مکمل طوالت کے ٹرانسکرپٹوم پروجیکٹس کو مکمل کرنے اور 2300 سے زیادہ نمونوں کی پروسیسنگ کے ٹریک ریکارڈ کے ساتھ، ہماری ٹیم ہر پروجیکٹ کے لیے کافی تجربہ لاتی ہے۔
● پوسٹ سیلز سپورٹ: ہماری وابستگی 3 ماہ کے بعد فروخت سروس کی مدت کے ساتھ پراجیکٹ کی تکمیل سے آگے ہے۔ اس وقت کے دوران، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لیے پروجیکٹ کی پیروی، ٹربل شوٹنگ میں مدد، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
| لائبریری | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| پولی اے کی افزودہ ایم آر این اے سی سی ایس لائبریری | PacBio سیکوئل II PacBio Revio | 20/40 جی بی 5/10 ایم سی سی ایس | Q30≥85% |
| پولی اے افزودہ | Illumina PE150 | 6-10 جی بی | Q30≥85% |
نیوکلیوٹائڈس
|
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ایلومینا لائبریری | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودوں کے لیے: RIN≥4.0؛ جانوروں کے لیے: RIN≥4.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
| PacBio لائبریری | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودے: RIN≥7.5 جانور: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛ B1، B2، B3۔
کھیپ:
1. خشک برف:نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
2. RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
متبادل پولیڈینیلیشن تجزیہ (APA)
فیوژن ٹرانسکرپٹ تجزیہ
متبادل الگ کرنے کا تجزیہ
بینچ مارکنگ یونیورسل سنگل کاپی آرتھولوگس (BUSCO) تجزیہ
ناول ٹرانسکرپٹ تجزیہ: کوڈنگ کی ترتیب (CDS) اور فنکشنل تشریح کی پیشین گوئی
lncRNA تجزیہ: lncRNA اور اہداف کی پیشن گوئی
مائیکرو سیٹلائٹ شناخت (SSR)
تفریق سے اظہار شدہ ٹرانسکرپٹس (DETs) تجزیہ
امتیازی طور پر اظہار شدہ جینز (DEGs) تجزیہ
ڈی ای جی اور ڈی ای ٹی کی فنکشنل تشریح
BUSCO تجزیہ
متبادل الگ کرنے کا تجزیہ
متبادل پولیڈینیلیشن تجزیہ (APA)
مختلف انداز میں ظاہر شدہ جینز (DEGs) اور ٹرانسکرپٹس (DETs9 تجزیہ
DETs اور DEGs کے پروٹین-پروٹین انٹرایکشن نیٹ ورک
BMKGene's PacBio 2+3 مکمل طوالت کے mRNA کی ترتیب سے تیار کردہ اشاعتوں کے مجموعے کے ذریعے پیشرفت کو دریافت کریں۔
چاو، کیو وغیرہ۔ (2019) 'پاپولس اسٹیم ٹرانسکروم کی ترقیاتی حرکیات'، پلانٹ بائیوٹیکنالوجی جرنل، 17(1)، پی پی 206–219۔ doi: 10.1111/PBI.12958۔
ڈینگ، ایچ وغیرہ۔ (2022) 'پھلوں کی نشوونما کے دوران ایسکوربک ایسڈ کے مواد میں متحرک تبدیلیاں اور ایکٹینیڈیا لیٹی فولیا (ایک ایسکوربیٹ سے بھرپور پھل کی فصل) اور اس سے وابستہ مالیکیولر میکانزم'، بین الاقوامی جرنل آف مالیکیولر سائنسز، 23(10)، صفحہ۔ 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1۔
Hua، X. et al. (2022) 'پیرس پولی فیلا میں بائیو ایکٹیو پولی فیلنز میں شامل بایو سنتھیٹک پاتھ وے جینز کی موثر پیشین گوئی'، کمیونیکیشنز بائیولوجی 2022 5:1، 5(1)، پی پی 1-10۔ doi: 10.1038/s42003-022-03000-z۔
لیو، ایم وغیرہ۔ (2023) 'کمبائنڈ PacBio Iso-Seq اور Illumina RNA-Seq تجزیہ آف دی ٹوٹا مطلق (میرک) ٹرانسکروم اور سائٹوکوم P450 جینز'، کیڑے، 14(4)، صفحہ۔ 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1۔
وانگ، لیجن وغیرہ۔ (2019) 'Ricinus communis میں ricinoleic acid biosynthesis کی بہتر تفہیم کے لیے Illumina RNA کی ترتیب کے ساتھ PacBio سنگل مالیکیول ریئل ٹائم تجزیہ کا استعمال کرتے ہوئے ٹرانسکرپٹوم پیچیدگی کا سروے'، BMC جینومکس، 20(1)، pp. 1–17۔ doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7۔
