پوری جینوم کی تلاش
SARS-COV-2 کی جینومکس مانیٹرنگ NSP1 کو حذف کرنے کے مختلف قسم کو ننگا کرتی ہے جو ٹائپ I انٹرفیرون ردعمل کو ماڈیول کرتی ہے
نانو پور | ایلومینا | پورے جینوم کی بحالی | میٹجینومکس | RNA-seq | سنجر
بائیو مارکر ٹیکنالوجیز نے اس مطالعے میں نمونے کی ترتیب پر تکنیکی مدد فراہم کی۔
جھلکیاں
1. SARS-COV-2 جینوم تسلسل اور فیلگنیٹک تجزیہ 35 بار بار ہونے والے تغیرات کی نشاندہی کرتا ہے جس میں 31 SNPs اور 4 انڈیل شامل ہیں۔
2. 117 کلینیکل فینوٹائپس کے ساتھ ہونے والی صلاحیت ممکنہ طور پر ظاہر کرتی ہے
اہم تغیرات۔
NS500-532 NSP1 میں کوڈنگ خطہ کم وائرل سے منسلک ہے
3. لوڈ اور سیرم IFN-β.
4. ∆500-532 اتپریورتن کے ساتھ ویرل الگ تھلگ کم IFN-I کو متاثر کرتا ہے
متاثرہ خلیوں میں جواب۔
تجرباتی ڈیزائن
کارنامے
1. کوویڈ -19 ایپیڈیمولوجیکل اور جینومک نگرانی
22 جنوری ، 2020 سے 20 فروری ، 2020 تک کے پھیلنے کے دور میں چین کے صوبہ سچوان میں کلینیکل ڈیٹا اکٹھا کیا گیا۔ دارالحکومت سچوان میں تصدیق شدہ معاملات میں تیزی سے اضافہ ہوا ، 30 جنوری کو چوٹی کا آغاز کیا۔ نیز ، اعداد و شمار نے اس بات کی تائید کی ہے کہ وائرس کے پھیلاؤ کو روکنے کے لئے معاشرتی دوری ایک کلیدی عنصر ثابت ہوسکتی ہے۔
چترا 1۔ چین کے صوبہ سچوان میں کوویڈ 19 کا وبائی امراض کا مطالعہ
2. سارس-COV-2 جینوم کی تعمیر اور مختلف حالتوں کی شناخت
ملٹی پلیکس پی سی آر پروردن کے بعد نانوپور کی ترتیب کے بعد ، 248 مریضوں سے کل 310 قریب یا جزوی مکمل جینوم تیار کیے گئے تھے۔ 10 ریڈز کے احاطہ میں 80 ٪ جینوم (جس کا مطلب ہے گہرائی: 0.39 میٹر ہر نمونے میں پڑھتا ہے)۔
چترا 2۔ سچوان کوہورٹ میں ہر قسم کی تعدد
سارس-COV-2 جینوم سے مجموعی طور پر 104 SNPs اور 18 انڈیل کی نشاندہی کی گئی ، جس میں 31 SNPs اور 4 انڈیلس کو بار بار جینیاتی مختلف حالتوں کے طور پر شناخت کیا گیا تھا۔ ان کا موازنہ ووہان کے 169 نمونوں اور گیزاڈ میں 81،391 اعلی معیار کے پبلک جینوم سلسلوں کے ساتھ کرتے ہوئے ، دوسرے براعظموں میں پیش کردہ 35 مختلف حالتوں میں سے 29۔ خاص طور پر ، چار قسمیں جن میں ∆500-532 ، AC18108AT ، ∆729-737 اور T13243C شامل ہیں ، صرف سچوان اور ووہان میں موجود اور GISAID کے اعداد و شمار میں غیر حاضر رہنے کے لئے پائے گئے ، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ ان مختلف حالتوں میں ووہان سے ناقابل تسخیر ہونے کا بہت امکان ہے ، جس سے ملاقات کی گئی ہے۔ مریضوں کے سفری ریکارڈ۔
زیادہ سے زیادہ امکانات (ایم ایل) کے طریقہ کار اور بایسیئن سالماتی گھڑی کے طریقوں کے ساتھ ارتقائی تجزیہ پر 88 نئے وائرس سیفرم سیچوان اور دوسرے خطوں سے 250 کیوریٹڈ جینوم پر کارروائی کی گئی۔ ∆500-532 (NSP1 کوڈنگ ریجن میں حذف کرنے) والے جینوم فائیلوجنیٹک درخت میں بہت کم تقسیم پائے گئے۔ NSP1 مختلف حالتوں پر ہاپلوٹائپ تجزیہ نے ان میں سے 5 کو متعدد شہروں سے شناخت کیا۔ ان نتائج نے تجویز کیا کہ ∆500-532 متعدد شہروں میں واقع ہوا ہے اور اسے ووہان سے متعدد بار درآمد کیا جاسکتا ہے۔
چترا 2۔ سارس-COV-2 جینوم میں بار بار جینیاتی مختلف حالتوں اور فائیلوجنیٹک تجزیہ
3. کلینیکل مضمرات کے ساتھ بار بار جینیاتی مختلف حالتوں کی انجمن
117 کلینیکل فینوٹائپس کوویڈ 19 کی شدت سے وابستہ تھے ، جہاں 19 شدت سے متعلق فینوٹائپس کو شدید اور غیر شدید خصلتوں میں درجہ بندی کیا گیا تھا۔ ان خصلتوں اور 35 بار بار ہونے والی جینیاتی مختلف حالتوں کے مابین تعلقات کو دو کلسٹر ہیٹ میپ میں وائیلائزڈ کیا گیا تھا۔ GSEA کی طرح درجہ بندی کی افزودگی تجزیہ سے پتہ چلتا ہے کہ ∆500-532 کو ESR ، سیرم IFN-β اور سی ڈی 3+ CD8+ T سیل کی گنتی سے خون میں منفی طور پر منسلک کیا گیا ہے۔ مزید برآں ، کیو پی سی آر ٹیسٹ سے پتہ چلتا ہے کہ virs500-532 کو پناہ دینے والے وائرس سے متاثرہ مریضوں کی سب سے زیادہ سی ٹی ویلیو ہوتی ہے ، یعنی سب سے کم وائرل بوجھ۔
چترا 3۔ کلینیکل فینوٹائپس کے ساتھ 35 بار بار جینیاتی مختلف حالتوں کی انجمنیں
4. وائرل اتپریورتن سے وابستہ کلینیکل فینوٹائپس پر توثیق
NSP1 افعال پر ∆500-532 کے اثرات کو سمجھنے کے ل H ، HK239T خلیوں کو پلاسمیڈ کے ساتھ منتقل کیا گیا تھا جس میں پوری لمبائی ، WT NSP1 اور حذف ہونے کے ساتھ اتپریورتی شکلیں ظاہر ہوتی ہیں۔ پی سی اے تجزیہ کے ل each ہر علاج شدہ HEK239T خلیوں کے ٹرانسکرپٹوم پروفائلز پر عملدرآمد کیا گیا ، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ حذف کرنے والے اتپریورتی نسبتا clos قریب قریب کلسٹر ہوتے ہیں اور WT NSP1 سے نمایاں طور پر مختلف تھے۔ جن جینوں کو اتپریورتیوں میں نمایاں طور پر اپ گریڈ کیا گیا تھا ان کو بنیادی طور پر "پیپٹائڈ بائیوسینٹیٹک/میٹابولک عمل" ، "رائونوکلیوپروٹین کمپلیکس بائیوجینیسیس" ، "جھلی/ER کو نشانہ بناتے ہوئے پروٹین" ، وغیرہ میں افزودہ کیا گیا تھا۔
چترا 4۔ ڈبلیو ٹی این ایس پی 1 کے ذریعہ منتقلی HEK239T خلیوں پر ٹرانسکرومیٹم تجزیہ اور حذف ہونے کے ساتھ
IFN-1 کے ردعمل پر حذف ہونے کے اثرات کا بھی زیادہ تجربہ شدہ مطالعہ میں تجربہ کیا گیا۔ تمام آزمائشی حذفوں کو ٹرانسکروپٹوم سطح اور پروٹین کی سطح دونوں پر منتقلی HEK239T اور A549 خلیوں میں IFN-1 ریپسن کو کم کرنے کے لئے دکھایا گیا تھا۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ حذف کرنے میں نمایاں طور پر نیچے ریگولیٹ جینوں کو "وائرس کے دفاعی ردعمل" ، "وائرل جینوم ریپلیکشن" ، "آر این اے پولیمریز II کے ذریعہ نقل کا ضابطہ" اور "ٹائپ I انٹرفیرون کا جواب" میں افزودہ کیا گیا تھا۔
چترا 5. ∆500-532 اتپریورتی میں انٹرفیرون سگنلنگ راستوں کا نیچے ریگولیشن
اس مطالعے میں ، وائرس پر ان حذفوں کے اثرات کی مزید تصدیق وائرل انفیکشن اسٹڈیز نے کی۔ کچھ اتپریورتیوں والے وائرس کو کلینیکل نمونوں سے الگ تھلگ کیا گیا تھا اور CALU-3 خلیوں سے متاثر کیا گیا تھا۔ وائرل انفیکشن اسٹڈی کے تفصیلی نتائج کاغذ میں پڑھے جاسکتے ہیں۔
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
حوالہ
لن جے ، تانگ سی ، وی ایچ ، وغیرہ۔ سارس-کوف -2 کی جینومک مانیٹرنگ این ایس پی 1 کو حذف کرنے کے مختلف قسم سے پردہ اٹھاتی ہے جو ٹائپ I انٹرفیرون ردعمل [J] کو ماڈیول کرتی ہے۔ سیل میزبان اور مائکروب ، 2021۔
خبریں اور جھلکیاں اس کا مقصد بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ساتھ تازہ ترین کامیاب مقدمات کا اشتراک کرنا ، ناول سائنسی کامیابیوں کے ساتھ ساتھ مطالعے کے دوران لاگو ہونے والی نمایاں تکنیکوں کو بھی اپنی گرفت میں لینا ہے۔
پوسٹ ٹائم: جنوری -06-2022