نانوپور مکمل لمبائی کا ٹرانسکروم

نانوپور ٹرانسکرپٹوم سیکوینسنگ مکمل طوالت کے سی ڈی این اے کو ترتیب دینے کا ایک طاقتور طریقہ ہے، ٹرانسکرپٹ آئسفارمز کی درست شناخت اور مقدار درست کرنے کا۔ BMKCloud Nanopore Full-Length Transscriptome Pipeline کو ڈیزائن کیا گیا ہے کہ RNA-Seq ڈیٹا کا تجزیہ کیا جائے جو نانوپور پلیٹ فارم پر ایک اعلیٰ معیار کے اچھی طرح سے تشریح شدہ حوالہ جینوم کے خلاف ہے، جو جین اور ٹرانسکرپٹ دونوں سطحوں پر معیار اور مقداری تجزیہ فراہم کرتا ہے۔ کوالٹی کنٹرول کے بعد، مکمل طوالت کے نان چائمرک (FLNC) سلسلے حاصل کیے جاتے ہیں اور فالتو نقلوں کو ہٹانے کے لیے متفقہ ترتیب کو حوالہ جینوم میں نقش کیا جاتا ہے۔ اس ٹرانسکرپٹ سیٹ سے، اظہار کی مقدار درست کی جاتی ہے اور امتیازی طور پر ظاہر کیے گئے جینز اور ٹرانسکرپٹس کی شناخت کی جاتی ہے اور فعال طور پر تشریح کی جاتی ہے۔ پائپ لائن میں متبادل پولی اڈینیلیشن (APA) تجزیہ، متبادل الگ کرنے کا تجزیہ، سادہ سیکوینس ریپیٹ (SSR) تجزیہ، lncRNA اور متعلقہ اہداف کی پیشین گوئی، کوڈنگ سیکوینس (CDS) کی پیشین گوئی، جین فیملی تجزیہ، ٹرانسکرپشن فیکٹر تجزیہ، novelgenes کا تجزیہ شامل ہے۔ اور کی فنکشنل تشریح نقلیں