ہائی-سی پر مبنی جینوم اسمبلی
ہائی-سی ایک ایسا طریقہ ہے جو کروموسوم کنفیگریشن کو حاصل کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے جس میں قربت پر مبنی تعاملات اور ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کو ملا کر۔ خیال کیا جاتا ہے کہ ان تعاملات کی شدت کروموسوم پر جسمانی فاصلے کے ساتھ منفی طور پر منسلک ہے۔ لہذا، ہائی-سی ڈیٹا کا استعمال ایک ڈرافٹ جینوم میں جمع شدہ ترتیبوں کی کلسٹرنگ، ترتیب، اور سمت بندی کی رہنمائی کے لیے کیا جاتا ہے اور ان کو کروموسوم کی ایک مخصوص تعداد پر لنگر انداز کیا جاتا ہے۔ یہ ٹیکنالوجی آبادی پر مبنی جینیاتی نقشے کی عدم موجودگی میں کروموسوم کی سطح کے جینوم اسمبلی کو بااختیار بناتی ہے۔ ہر ایک جینوم کو ہائی-سی کی ضرورت ہوتی ہے۔
سروس کی خصوصیات
● PE150 کے ساتھ Illumina NovaSeq پر ترتیب۔
● سروس کے لیے ٹشو کے نمونوں کی ضرورت ہوتی ہے، نکالے گئے نیوکلک ایسڈز کے بجائے، فارملڈہائڈ کے ساتھ جوڑنے اور DNA-پروٹین کے تعامل کو محفوظ رکھنے کے لیے۔
● Hi-C کے تجربے میں بایوٹین کے ساتھ چپکنے والے سروں کی پابندی اور اختتامی مرمت شامل ہوتی ہے، اس کے بعد تعاملات کو محفوظ رکھتے ہوئے نتیجے کے کند سروں کی گردش ہوتی ہے۔ اس کے بعد ڈی این اے کو اسٹریپٹاویڈن موتیوں کے ساتھ نیچے کھینچا جاتا ہے اور بعد میں لائبریری کی تیاری کے لیے پاک کیا جاتا ہے۔
سروس کے فوائد
Hi-C کا جائزہ
(لائبرمین ایڈن ای وغیرہ،سائنس، 2009)
●جینیاتی آبادی کے اعداد و شمار کی ضرورت کو ختم کرنا:Hi-C کنٹیگ اینکرنگ کے لیے درکار ضروری معلومات کا متبادل بناتا ہے۔
●اعلی مارکر کثافت:90% سے اوپر ایک اعلی کنٹیگ اینکرنگ تناسب کا باعث بنتا ہے۔
●وسیع مہارت اور اشاعت کے ریکارڈ:BMKGene کے پاس 1000 مختلف پرجاتیوں اور مختلف پیٹنٹ سے Hi-C جینوم اسمبلی کے 2000 سے زیادہ کیسز کا وسیع تجربہ ہے۔ 200 سے زیادہ شائع شدہ کیسز میں 2000 سے زیادہ کا ایک جمع اثر عنصر ہے۔
●انتہائی ہنر مند بایو انفارمیٹکس ٹیم:Hi-C تجربات اور ڈیٹا کے تجزیے کے لیے اندرون خانہ پیٹنٹ اور سافٹ ویئر کاپی رائٹس کے ساتھ، خود تیار کردہ ویژولائزیشن ڈیٹا سافٹ ویئر دستی بلاک کو موونگ، ریورسنگ، ریووکنگ اور دوبارہ کرنے کے قابل بناتا ہے۔
●پوسٹ سیلز سپورٹ:ہماری وابستگی 3 ماہ کے بعد فروخت سروس کی مدت کے ساتھ پراجیکٹ کی تکمیل سے آگے ہے۔ اس وقت کے دوران، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لیے پروجیکٹ کی پیروی، ٹربل شوٹنگ میں مدد، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
●جامع تشریح: ہم شناخت شدہ تغیرات کے ساتھ جینوں کو فعال طور پر تشریح کرنے اور متعلقہ افزودگی کا تجزیہ کرنے کے لیے متعدد ڈیٹا بیس استعمال کرتے ہیں، متعدد تحقیقی منصوبوں پر بصیرت فراہم کرتے ہیں۔
سروس کی وضاحتیں
| لائبریری کی تیاری | ترتیب کی حکمت عملی | تجویز کردہ ڈیٹا آؤٹ پٹ | کوالٹی کنٹرول |
| ہائی سی لائبریری | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
نمونے کے تقاضے
| ٹشو | مطلوبہ رقم |
| جانوروں کا ویزرا | ≥ 2 جی |
| جانوروں کے پٹھوں | |
| ممالیہ کا خون | ≥ 2 ملی لیٹر |
| پولٹری/مچھلی کا خون | |
| پلانٹ - تازہ پتی۔ | ≥ 3 جی |
| کلچرڈ سیلز | ≥ 1x107 |
| کیڑے | ≥ 2 جی |
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1) خام ڈیٹا QC
2) Hi-C لائبریری QC: درست Hi-C تعاملات کا تخمینہ
3) ہائی-سی اسمبلی: گروپوں میں کونٹیگس کا کلسٹرنگ، اس کے بعد ہر گروپ کے اندر کونٹیگ آرڈرنگ اور کونٹیگ اورینٹیشن تفویض کرنا
4) ہائی-سی تشخیص
Hi-C لائبریری QC - Hi-C درست تعامل کے جوڑوں کا تخمینہ
ہائی-سی اسمبلی - شماریات
اسمبلی کے بعد کی تشخیص - ڈبوں کے درمیان سگنل کی شدت کا ہیٹ میپ
BMKGene کی Hi-C اسمبلی خدمات کے ذریعے تیار کردہ اشاعتوں کے مجموعے کے ذریعے فراہم کردہ پیشرفت کو دریافت کریں۔
Tian، T. et al. (2023) 'جینوم اسمبلی اینڈ جینیاتی ڈسیکشن آف ایک نمایاں خشک سالی سے بچنے والے مکئی کے جراثیم کے جراثیم'، نیچر جینیٹکس 2023 55:3، 55(3)، پی پی 496-506۔ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y۔
وانگ، زیڈ ایل وغیرہ۔ (2020) 'ایشین ہنی بی ایپس سیرانا جینوم کی ایک کروموسوم اسکیل اسمبلی'، فرنٹیئرز ان جینیٹکس، 11، صفحہ۔ 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX۔
Zhang، F. et al. (2023) 'سولانیسی فیملی میں دو جینوموں کا تجزیہ کرکے ٹروپن الکلائڈ بائیو سنتھیسس کے ارتقاء کا انکشاف'، نیچر کمیونیکیشنز 2023 14:1، 14(1)، صفحہ 1-18۔ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4۔
Zhang، X. et al. (2020) 'برگد کے درخت اور پولینیٹر ویسپ کے جینومز فگ-واسپ کے Coevolution میں بصیرت فراہم کرتے ہیں'، سیل، 183(4)، صفحہ 875-889.e17۔ doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
