ڈی نوو فنگل جینوم اسمبلی
BMKGENE کوکیی جینوم کے لئے ورسٹائل حل پیش کرتا ہے ، متنوع تحقیق کی ضروریات اور مطلوبہ جینوم کی تکمیل کو پورا کرتا ہے۔ صرف مختصر پڑھنے والے الومینا تسلسل کو استعمال کرنا ایک مسودہ جینوم کی نسل کی اجازت دیتا ہے۔ نانوپور یا پی اے سی بی آئی او کا استعمال کرتے ہوئے مختصر پڑھنے اور طویل پڑھنے کی ترتیب کو زیادہ بہتر فنگل جینوم کے لئے جوڑا جاتا ہے جس میں لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے لمبے حصے ہوتے ہیں۔ مزید برآں ، HI-C کی ترتیب کو مربوط کرنے سے صلاحیتوں میں مزید اضافہ ہوتا ہے ، جس سے ایک مکمل کروموسوم سطح کے جینوم کے حصول کو قابل بناتا ہے۔
خدمت کی خصوصیات
جینوم کی مکمل ہونے کی مطلوبہ ڈگری پر منحصر ہے کہ تین ممکنہ اختیارات کے ساتھ:
● ڈرافٹ جینوم آپشن: ایلومینا نوواسق PE150 کے ساتھ مختصر پڑھنے کی ترتیب۔
F کوکیی ٹھیک جینوم آپشن:
جینوم سروے: ایلومینا نوواسق PE150۔
جینوم اسمبلی: پیکبیو ریویو (HIFI پڑھتا ہے) یا نانو پور پرومیٹین 48۔
● کروموسوم لیول فنگل جینوم:
جینوم سروے: ایلومینا نوواسق PE150۔
جینوم اسمبلی: پیکبیو ریویو (HIFI پڑھتا ہے) یا نانو پور پرومیٹین 48۔
HI-C اسمبلی کے ساتھ اینکرنگ
خدمت کے فوائد
●ایک سے زیادہ ترتیب دینے کی حکمت عملی دستیاب ہے: جینوم کی تکمیل کے مختلف تحقیقی اہداف اور ضروریات کے لئے
●مکمل بائیو انفارمیٹکس ورک فلو:اس میں جینوم اسمبلی اور متعدد جینومک عناصر کی پیش گوئی ، فنکشنل جین تشریح ، اور کونٹیگ اینکرنگ شامل ہیں۔
●وسیع مہارت: 12،000 سے زیادہ مائکروبیل جینوم جمع ہونے کے ساتھ ، ہم ایک دہائی سے زیادہ تجربہ ، ایک انتہائی ہنر مند تجزیہ ٹیم ، جامع مواد اور فروخت کے بعد کی عمدہ مدد لاتے ہیں۔
●فروخت کے بعد کی حمایت:ہمارا عزم فروخت کی خدمت کے بعد 3 ماہ کے ساتھ منصوبے کی تکمیل سے آگے بڑھتا ہے۔ اس وقت کے دوران ، ہم نتائج سے متعلق کسی بھی سوالات کو حل کرنے کے لئے پروجیکٹ کی فالو اپ ، خرابیوں کا سراغ لگانا ، اور سوال و جواب کے سیشن پیش کرتے ہیں۔
خدمت کی وضاحتیں
| خدمت | ترتیب کی حکمت عملی | کوالٹی کنٹرول |
| ڈرافٹ جینوم | ایلومینا PE150 100x | Q30≥85 ٪ |
| عمدہ جینوم | جینوم سروے: ایلومینا PE150 50 x اسمبلی: پیکبیو Hifi 30x یا نانو پور 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio Unicellular） Contig N50 ≥2mb （ont unicellular） Contig N50 ≥500kb （دوسروں） |
| کروموسوم سطح کا جینوم | جینوم سروے: ایلومینا PE150 50 x اسمبلی: پیکبیو Hifi 30x یا نانو پور 100x HI-C اسمبلی 100x | کونٹیگ اینکرنگ تناسب> 90 ٪
|
خدمت کی ضروریات
| حراستی (NG/µL) | کل رقم (µg) | حجم (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | .61.6 |
| نانو پور | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| الومینا | ≥1 | .0.06 | ≥20 | - | - |
یونیسیلولر فنگس: ≥3.5x1010 خلیات
میکرو فنگس: ≥10 جی
خدمت کے کام کا بہاؤ
نمونہ کی فراہمی
لائبریری کی تعمیر
ترتیب
ڈیٹا تجزیہ
فروخت کے بعد خدمات
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
جینوم سروے:
- ڈیٹا کوالٹی کنٹرول کو ترتیب دینا
- جینوم تخمینہ: سائز ، ہیٹروزائگوسیٹی ، بار بار عناصر
عمدہ جینوم اسمبلی:
- ڈیٹا کوالٹی کنٹرول کو ترتیب دینا
- ڈی نوواسمبلی
- جینوم جزو تجزیہ: سی ڈی ایس اور متعدد جینومک عناصر کی پیش گوئی
- متعدد عمومی ڈیٹا بیس (GO ، KEGG ، وغیرہ) اور جدید ڈیٹا بیس (کارڈ ، VFDB ، وغیرہ) کے ساتھ فنکشنل تشریح
ہائے سی اسمبلی:
- ہائ سی لائبریری کی تشخیص۔
- اینکرنگ کلسٹرنگ ، آرڈرنگ اور اورینٹنگ کو اینکرنگ کرتا ہے
- HI-C اسمبلی کی تشخیص: حوالہ جینوم اور حرارت کے نقشے پر مبنی
جینوم سروے: K-MER تقسیم
جینوم اسمبلی: جین ہومولوگس تشریح (این آر ڈیٹا بیس)
جینوم اسمبلی: فنکشنل جین تشریح (GO)
اشاعتوں کے تیار کردہ ذخیرے کے ذریعہ بی ایم کے جیین کی فنگل جینوم اسمبلی خدمات کے ذریعہ سہولیات کی سہولت فراہم کریں۔
ہاؤ ، جے۔ وغیرہ۔ (2023) 'ڈوبی ہوئی شرائط کے تحت دواؤں کے مشروم inonotus Abutiquus کی مربوط OMIC پروفائلنگ' ،بی ایم سی جینومکس، 24 (1) ، پی پی 1–12۔ doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/اعداد و شمار/3۔
LU ، L. ET رحمہ اللہ تعالی. .فصل جرنل، 11 (2) ، پی پی 405–416۔ doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
ژانگ ، H. ET رحمہ اللہ تعالی. (2023) 'چار کلیریریڈیا پرجاتیوں کے لئے جینوم وسائل جس کی وجہ سے متنوع ٹرفگریس پر ڈالر کی جگہ ہے' ،پودوں کی بیماری، 107 (3) ، پی پی 929–934۔ doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A.
ژانگ ، ایس ایس وغیرہ۔ (2023) 'خوردنی مشروم گریفولا فرونڈوسا میں ٹیٹراپولر ملاوٹ کے نظام کے جینیاتی اور سالماتی ثبوت' ،جرنل آف فنگی، 9 (10) ، صفحہ۔ 959. doi: 10.3390/jof9100959/s1.
