ڈی این اے/آر این اے ترتیب -پیکبیو سیکوینسر
خصوصیات
PACBIO سیکوینسر پر دو ترتیب دینے کے طریقوں: مسلسل لمبی ریڈ (سی ایل آر) اور سرکلر اتفاق رائے پڑھیں (سی سی ایس)
| تسلسل کا موڈ | لائبریری کا سائز | نظریاتی ڈیٹاپیداوار (فی سیل) | سنگل بیسدرستگی | درخواستیں |
| سی ایل آر | 20KB ، 30KB ، وغیرہ۔ | 80 جی بی سے 130 جی بی | تقریبا 85 ٪ | ڈی نوو، ایس وی کالنگ ، وغیرہ۔ |
| سی سی ایس | 15-20 KB | 14 سے 40 جی بی/سیل (سیکوئل II) 70 سے 110 جی بی/سیل (ریویو) نمونے پر منحصر ہے | تقریبا 99 ٪ | ڈی نوو، ایس این پی/انڈیل/ایس وی کالنگ ، آئسو سیکیک ، |
ریویو اور سیکوئل II کی کارکردگی اور خصوصیات کا موازنہ
| شرائط | سیکوئل II سسٹم | ریویو سسٹم | اضافہ |
| اعلی کثافت | 8 ملین زیڈ ایم ڈبلیو ایس | 25 ملین زیڈ ایم ڈبلیو ایس | 3x |
| آزاد مراحل | 1 | 4 | 4x |
| چھوٹے رن ٹائمز | 30 گھنٹے | 24 گھنٹے | 1.25x |
| 30x Hifi انسانی جینوم / سال | 88 | 1،300 | 1مجموعی طور پر 5x |
خدمت کے فوائد
various مختلف پرجاتیوں کے ساتھ ہزاروں بند منصوبوں کے ساتھ PACBIO ترتیب پلیٹ فارم پر 8 سال سے زیادہ کا تجربہ۔
pacofied تازہ ترین PACBIO سیکوینسیٹنگ پلیٹ فارمز کے ساتھ مکمل طور پر لیس ہے ، کافی ترتیب دینے والے تھروپپٹ کی ضمانت کے لئے REVIO۔
turn تیز بار بار وقت ، اعداد و شمار کی زیادہ پیداوار اور زیادہ درست اعداد و شمار۔
scks سیکڑوں اعلی اثر والے پی اے سی بی آئی او پر مبنی اشاعتوں میں تعاون کیا گیا۔
نمونہ کی ضروریات
| نمونہ کی قسم | رقم | حراستی （quitt®） | حجم | طہارت | دوسرے |
| جینومک ڈی این اے | ڈیٹا کی ضرورت پر انحصار کریں | ≥50 این جی/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2 ؛ OD260/230 = 1.8-2.5 ； 260 ینیم ， پر چوٹی صاف کریںکوئی آلودگی نہیں | حراستی کو کوبٹ اور کوبٹ/نانو پور = 0.8-2.5 کے ذریعہ ناپا جانے کی ضرورت ہے |
| کل آر این اے | .21.2μg | ≥120 این جی/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5 ؛ OD260/230 = 0.5-2.5 ；کوئی آلودگی نہیں | RIN قدر ≥7.5 5≥28s/18s≥1 |
سروس ورک فلو
نمونہ کی تیاری
لائبریری کی تعمیر
ترتیب
ڈیٹا تجزیہ
پروجیکٹ کی فراہمی
1. گھر میں ڈیٹا کی پیداوار
63 سی سی ایس خلیوں سے تیار کردہ ڈیٹا (26 پرجاتیوں سے)
| ڈیٹا-Pacbio-CCS-15 KB | اوسط | زیادہ سے زیادہ | منٹ | میڈین |
| پیداوار - سبریڈس (جی بی) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| یلید - سی سی ایس (جی بی) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| پولیمریز N50 | 145،651 | 175،430 | 118،118 | 144،689 |
| subreads n50 | 17،509 | 23،924 | 12،485 | 17،584 |
| سی سی ایس این 50 | 14،490 | 19،034 | 9،876 | 14،747 |
| اوسط لمبائی پولیمریز | 67،995 | 89،379 | 49،664 | 66،433 |
| اوسط لمبائی کے سوبریڈز | 15،866 | 21،036 | 11،657 | 16،012 |
| اوسط لمبائی-سی سی | 14،489 | 19،074 | 8،575 | 14،655 |
16 سی ایل آر خلیوں (76 پرجاتیوں سے) سے تیار کردہ ڈیٹا
| ڈیٹا-پیکبیو-سی ایل آر -30kb | اوسط | زیادہ سے زیادہ | منٹ | میڈین |
| پیداوار - سبریڈس (جی بی) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| پولیمریز N50 | 39،456 | 121،191 | 15،389 | 35،231 |
| subreads n50 | 28،490 | 41،012 | 14،430 | 29،063 |
| اوسط لمبائی پولیمریز | 22،063 | 48،886 | 8،747 | 21،555 |
| اوسط لمبائی کے سوبریڈز | 17،720 | 27،225 | 8،293 | 17،779 |
2. ڈیٹا کیو سی - ڈیمواعداد و شمار کی پیداوار کے اعدادوشمار
| نمونہ | سی سی ایس نمبر پڑھتا ہے | کل سی سی ایس اڈے (بی پی) | سی سی ایس N50 (بی پی) پڑھتا ہے | سی سی ایس کا مطلب لمبائی (بی پی) | سی سی ایس طویل ترین پڑھیں (بی پی) | سب ریڈس اڈے (بی پی) | سی سی ایس کی شرح (٪) |
| PB_BMKXXX | 3،444،159 | 54،164،122،586 | 15،728 | 15،726 | 36،110 | 863،326،330،465 | 6.27 |
