تاکگی ایٹ ال۔ ، پلانٹ جرنل ، 2013
local درست لوکلائزیشن: پس منظر کے شور کو کم سے کم کرنے کے لئے 30+30 سے 200+200 افراد کے ساتھ بلکس ملا دینا ؛ غیر مترادف mutatants پر مبنی امیدوار خطے کی پیش گوئی۔
● جامع تجزیہ: گہرائی سے امیدوار جین فنکشن تشریح ، بشمول این آر ، سوئسپروٹ ، جی او ، کیگ ، کوگ ، کوگ ، وغیرہ۔
turn تیز تر وقت کا وقت: 45 کام کے دنوں میں تیز رفتار جین لوکلائزیشن۔
experience وسیع تجربہ: بی ایم کے نے ہزاروں خصلتوں میں لوکلائزیشن میں حصہ لیا ہے ، جس میں فصلوں ، آبی مصنوعات ، جنگل ، پھولوں ، پھلوں وغیرہ جیسے متنوع پرجاتیوں کا احاطہ کیا گیا ہے۔
آبادی:
مخالف فینوٹائپس کے ساتھ والدین کی اولاد کو الگ کرنا۔
ای جی ایف 2 اولاد ، بیک کراسنگ (بی سی) ، ریکومبیننٹ انبریڈ لائن (آر آئی ایل)
اختلاط پول
معیار کی خصوصیات کے لئے: 30 سے 50 افراد (کم سے کم 20)/بلک
مقداری tratis کے لئے: پوری آبادی میں انتہائی فینوٹائپس (کم از کم 30+30) کے ساتھ 5 to سے 10 ٪ افراد۔
تجویز کردہ ترتیب کی گہرائی
کم از کم 20x/والدین اور 1x/اولاد فرد (جیسے 30+30 انفرادی طور پر اولاد کے مکسنگ پول کے لئے ، ترتیب کی گہرائی 30x فی بلک ہوگی)
● سارا جینوم ریسکیوینسنگ
● ڈیٹا پروسیسنگ
● SNP/انڈیل کالنگ
● امیدوار خطے کی اسکریننگ
● امیدوار جین فنکشن تشریح
نیوکلیوٹائڈس:
جی ڈی این اے نمونہ | ٹشو نمونہ |
حراستی: ≥30 این جی/μl | پودے: 1-2 جی |
رقم: ≥2 μg (والمن ≥15 μl) | جانوروں: 0.5-1 جی |
طہارت: OD260/280 = 1.6-2.5 | پورا خون: 1.5 ملی لیٹر |
1. امیدوار کے خطے کی شناخت کے لئے یوکلیڈین فاصلہ (ED) پر ایسوسی ایشن تجزیہ کی بنیاد۔ مندرجہ ذیل اعداد و شمار میں
ایکس محور: کروموسوم نمبر ؛ ہر ڈاٹ ایس این پی کی ایڈ ویلیو کی نمائندگی کرتا ہے۔ بلیک لائن فٹڈ ایڈ ویلیو کے مساوی ہے۔ ایک اعلی ای ڈی ویلیو سائٹ اور فینوٹائپ کے مابین زیادہ اہم ایسوسی ایشن کی نشاندہی کرتی ہے۔ ریڈ ڈیش لائن اہم ایسوسی ایشن کی دہلیز کی نمائندگی کرتی ہے۔
2. کسی بھی SNP- انڈیکس کی بنیاد پر تجزیہ تجزیہ
ایکس محور: کروموسوم نمبر ؛ ہر ڈاٹ ایس این پی انڈیکس ویلیو کی نمائندگی کرتا ہے۔ بلیک لائن کا مطلب ہے فٹڈ SNP-Index قدر ہے۔ قدر اتنی ہی زیادہ ہے ، انجمن اتنی ہی اہم ہے۔
بی ایم کے کیس
ککڑی میں پھلوں کی گردن کی لمبائی کے ساتھ وابستہ ایک دیر سے برانجینیسیس پرچر پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے
شائع: پلانٹ بائیوٹیکنالوجی جرنل، 2020
ترتیب کی حکمت عملی:
والدین (JIN5-508 ، YN): 34 × اور 20 × کے لئے پورا جینوم ریسکیوینسنگ۔
ڈی این اے پول (50 لمبی گردن اور 50 مختصر گردن): 61 × اور 52 × کے لئے ریسکیوینسنگ
کلیدی نتائج
اس مطالعے میں ، الگ الگ آبادی (F2 اور F2: 3) لمبی گردن ککڑی لائن JIN5-508 اور مختصر گردن YN کو عبور کرکے تیار کی گئی تھی۔ دو ڈی این اے پول 50 انتہائی لمبی گردن والے افراد اور 50 انتہائی مختصر گردن والے افراد کے ذریعہ تعمیر کیے گئے تھے۔ بی ایس اے تجزیہ اور روایتی کیو ٹی ایل میپنگ کے ذریعہ CHR07 پر میجر اثر کیو ٹی ایل کی نشاندہی کی گئی تھی۔ امیدواروں کے خطے کو عمدہ نقشہ سازی ، جین کے اظہار کی مقدار اور ٹرانسجینک تجربات کے ذریعہ مزید تنگ کردیا گیا ، جس نے گردن کی لمبائی ، CSFNL7.1 پر قابو پانے میں کلیدی جین کا انکشاف کیا۔ اس کے علاوہ ، CSFNL7.1 پروموٹر خطے میں پولیمورفزم اسی اظہار کے ساتھ وابستہ پایا گیا تھا۔ مزید فائیلوجنیٹک تجزیہ نے تجویز کیا کہ ایف این ایل 7.1 لوکس کی ابتدا ہندوستان سے ہونے کا بہت امکان ہے۔
![]() ککڑی گردن کی لمبائی سے وابستہ امیدوار خطے کی شناخت کے لئے بی ایس اے تجزیہ میں کیو ٹی ایل میپنگ | ![]() CHR07 پر ککڑی گردن کی لمبائی کیو ٹی ایل کے ایل او ڈی پروفائلز کی نشاندہی کی گئی |
سو ، ایکس ، وغیرہ۔ "ککڑی میں پھلوں کی گردن کی لمبائی سے وابستہ ایک دیر سے برانجینیسیس وافر پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔" پلانٹ بائیوٹیکنالوجی جرنل 18.7 (2020)۔