BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transscriptome تکنیکی اسکیم
خصوصیات
- ریزولوشن: 3.5 µM
- جگہ کا قطر: 2.5 µM
- مقامات کی تعداد: تقریباً 4 ملین
- 3 ممکنہ کیپچر ایریا فارمیٹس: 6.8 ملی میٹر * 6.8 ملی میٹر، 11 ملی میٹر * 11 ملی میٹر یا 15 ملی میٹر * 20 ملی میٹر
- ہر بار کوڈ شدہ مالا 4 حصوں پر مشتمل پرائمر سے بھری ہوئی ہے:
• mRNA پرائمنگ اور cDNA ترکیب کے لیے پولی(dT) دم،
• انوکھا مالیکیولر آئیڈینٹیفائر (UMI) ایمپلیفیکیشن تعصب کو درست کرنے کے لیے
• مقامی بارکوڈ
• جزوی پڑھنے والے 1 سیکوینسنگ پرائمر کا بائنڈنگ سیکوئنس
- H&E اور حصوں کا فلوروسینٹ سٹیننگ
- سیل سیگمنٹیشن ٹیکنالوجی استعمال کرنے کا امکان: H&E سٹیننگ، فلوروسینٹ سٹیننگ، اور RNA کی ترتیب کا انضمام ہر سیل کی حدود کا تعین کرنے اور ہر سیل کو صحیح طریقے سے جین ایکسپریشن تفویض کرنے کے لیے۔ سیل بن کی بنیاد پر ڈاون اسٹریم مقامی پروفائلنگ تجزیہ پر کارروائی کرنا۔
- ملٹی لیول ریزولوشن تجزیہ حاصل کرنا ممکن: 100um سے لے کر 3.5 um تک لچکدار ملٹی لیول تجزیہ جس میں بافتوں کی متنوع خصوصیات کو بہترین ریزولیوشن پر حل کیا جا سکے۔
BMKMANU S3000 کے فوائد
-گرفتاری کے مقامات کو دوگنا کرکے 4 ملین تک پہنچانا: 3.5 uM کی بہتر ریزولوشن کے ساتھ، جس کی وجہ سے فی سیل اعلیٰ جین اور UMI کا پتہ چلتا ہے۔ اس کے نتیجے میں ٹرانسکرپشن پروفائلز کی بنیاد پر خلیات کی بہتر کلسٹرنگ ہوتی ہے، جس میں ٹشوز کی ساخت سے میل کھاتا ہے۔
- ذیلی سیلولر ریزولوشن:ہر کیپچر ایریا میں 2.5 µm قطر کے ساتھ> 2 ملین مقامی بارکوڈڈ سپاٹ ہوتے ہیں اور اسپاٹ سینٹرز کے درمیان 5 µm کا وقفہ ہوتا ہے، جو ذیلی سیلولر ریزولوشن (5 µm) کے ساتھ مقامی ٹرانسکرپٹوم تجزیہ کو قابل بناتا ہے۔
-ملٹی لیول ریزولوشن تجزیہ:متنوع بافتوں کی خصوصیات کو بہترین ریزولوشن پر حل کرنے کے لیے 100 μm سے 5 μm تک کا لچکدار کثیر سطحی تجزیہ۔
-سیل سیگمنٹیشن ٹیکنالوجی "ایک سلائیڈ میں تین" استعمال کرنے کا امکان:فلوروسینس سٹیننگ، ایچ اینڈ ای سٹیننگ، اور آر این اے کی ترتیب کو ایک سلائیڈ پر ملا کر، ہمارا "تھری ان ون" تجزیہ الگورتھم بعد میں سیل پر مبنی ٹرانسکرپٹومکس کے لیے سیل کی حدود کی شناخت کو تقویت دیتا ہے۔
-متعدد ترتیب پلیٹ فارم کے ساتھ ہم آہنگ: NGS اور طویل پڑھنے والی ترتیب دونوں دستیاب ہیں۔
-1-8 فعال کیپچر ایریا کا لچکدار ڈیزائن: کیپچر ایریا کا سائز لچکدار ہے، 3 فارمیٹس (6.8 ملی میٹر * 6.8 ملی میٹر، 11 ملی میٹر * 11 ملی میٹر اور 15 ملی میٹر * 20 ملی میٹر) استعمال کرنا ممکن ہے۔
-ایک سٹاپ سروس: تمام تجربے اور مہارت پر مبنی اقدامات کو مربوط کرتا ہے، بشمول کرائیو سیکشننگ، سٹیننگ، ٹشو آپٹیمائزیشن، مقامی بارکوڈنگ، لائبریری کی تیاری، ترتیب، اور بایو انفارمیٹکس۔
-جامع بایو انفارمیٹکس اور نتائج کا صارف دوست تصور:پیکیج میں 29 تجزیے اور 100+ اعلیٰ معیار کے اعداد و شمار شامل ہیں، جو سیل کی تقسیم اور اسپاٹ کلسٹرنگ کو دیکھنے اور اپنی مرضی کے مطابق بنانے کے لیے اندرون خانہ تیار کردہ سافٹ ویئر کے استعمال کے ساتھ مل کر ہیں۔
-اپنی مرضی کے مطابق ڈیٹا کا تجزیہ اور تصور: مختلف تحقیقی درخواستوں کے لیے دستیاب ہے۔
-انتہائی ہنر مند تکنیکی ٹیم: 250 سے زیادہ ٹشو اقسام اور 100+ پرجاتیوں بشمول انسان، ماؤس، ممالیہ، مچھلی اور پودوں کے تجربے کے ساتھ۔
-پورے پروجیکٹ پر ریئل ٹائم اپ ڈیٹس: تجرباتی پیشرفت کے مکمل کنٹرول کے ساتھ۔
-سنگل سیل ایم آر این اے کی ترتیب کے ساتھ اختیاری مشترکہ تجزیہ
سروس کی وضاحتیں
| نمونے کے تقاضے | لائبریری | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کردہ | کوالٹی کنٹرول |
| او سی ٹی ایمبیڈڈ کریو کے نمونے۔ (زیادہ سے زیادہ قطر: تقریبا. 6×6×6 ملی میٹر³) 2 بلاکس فی نمونہ 1 تجربے کے لیے، 1 بیک اپ کے لیے | S3000 cDNA لائبریری | Illumina PE150 | 160K PE ریڈز فی 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
نمونے کی تیاری کی رہنمائی اور سروس ورک فلو کے بارے میں مزید تفصیلات کے لیے، براہ کرم بلا جھجھک بات کریں۔BMKGENE ماہر
سروس ورک فلو
نمونے کی تیاری کے مرحلے میں، ایک ابتدائی بلک RNA نکالنے کا ٹرائل کیا جاتا ہے تاکہ یہ یقینی بنایا جا سکے کہ اعلیٰ معیار کا RNA حاصل کیا جا سکتا ہے۔ ٹشو کی اصلاح کے مرحلے میں حصوں کو داغدار اور تصور کیا جاتا ہے اور ٹشو سے ایم آر این اے کے اخراج کے لیے پارمیبلائزیشن کی شرائط کو بہتر بنایا جاتا ہے۔ آپٹمائزڈ پروٹوکول پھر لائبریری کی تعمیر کے دوران لاگو کیا جاتا ہے، اس کے بعد ترتیب اور ڈیٹا کا تجزیہ کیا جاتا ہے۔
مکمل سروس ورک فلو میں ریئل ٹائم اپ ڈیٹس اور کلائنٹ کی تصدیق شامل ہوتی ہے تاکہ ایک ذمہ دار فیڈ بیک لوپ کو برقرار رکھا جا سکے، جس سے پراجیکٹ پر عمل درآمد کو یقینی بنایا جا سکے۔
BMKMANU S3000 کے ذریعے تیار کردہ ڈیٹا کا تجزیہ سافٹ ویئر "BSTMatrix" کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے، جسے BMKGENE نے آزادانہ طور پر ڈیزائن کیا ہے، جس سے سیل لیول اور ملٹی لیول ریزولوشن جین ایکسپریشن میٹرکس تیار ہوتا ہے۔ وہاں سے، ایک معیاری رپورٹ تیار کی جاتی ہے جس میں ڈیٹا کوالٹی کنٹرول، اندرونی نمونے کا تجزیہ اور بین گروپ تجزیہ شامل ہوتا ہے۔
- ڈیٹا کوالٹی کنٹرول:
- ڈیٹا آؤٹ پٹ اور کوالٹی سکور کی تقسیم
- فی جگہ جین کا پتہ لگانا
- ٹشو کوریج
- اندرونی نمونہ تجزیہ:
- جین کی دولت
- اسپاٹ کلسٹرنگ، بشمول کم جہت کا تجزیہ
- کلسٹرز کے درمیان امتیازی اظہار کا تجزیہ: مارکر جینز کی شناخت
- فنکشنل تشریح اور مارکر جین کی افزودگی
- بین گروپ تجزیہ
- دونوں نمونوں سے دھبوں کا دوبارہ مجموعہ (مثلاً بیمار اور کنٹرول) اور دوبارہ کلسٹر
- ہر کلسٹر کے لیے مارکر جینز کی شناخت
- فنکشنل تشریح اور مارکر جین کی افزودگی
- گروپوں کے درمیان ایک ہی کلسٹر کا مختلف اظہار
مزید برآں، BMKGene نے تیار کیا "BSTViewer" ایک صارف دوست ٹول ہے جو صارف کو مختلف قراردادوں پر جین کے اظہار اور اسپاٹ کلسٹرنگ کو دیکھنے کے قابل بناتا ہے۔
BMKGene مخصوص سنگل سیل ریزولوشن پر مقامی پروفائلنگ کی خدمات پیش کرتا ہے (100um سے 3.5um تک سیل بن یا ملٹی لیول اسکوائر بن پر مبنی)۔
S3000 سلائیڈ پر ٹشو سیکشنز سے مقامی پروفائلنگ ڈیٹا نے نیچے کی طرح اچھی کارکردگی کا مظاہرہ کیا۔
کیس اسٹڈی 1: ماؤس دماغ
S3000 کے ساتھ ماؤس کے دماغ کے حصے کے تجزیے کے نتیجے میں ~ 94 000 خلیات کی شناخت ہوئی، جس کی اوسط ترتیب ~ 2000 جین فی سیل ہے۔ 3.5 یو ایم کی بہتر ریزولیوشن کے نتیجے میں ٹرانسکرپشن پیٹرن پر مبنی خلیوں کی ایک بہت ہی تفصیلی جھرمٹ ہوئی، جس میں خلیوں کے جھرمٹ دماغ کے مختلف ڈھانچے کی نقل کرتے ہیں۔ اولیگوڈینڈروسائٹس اور مائیکروگلیا سیلز کے طور پر کلسٹرڈ سیلز کی تقسیم کو دیکھ کر یہ آسانی سے دیکھا جا سکتا ہے، جو بالترتیب بالترتیب سرمئی اور سفید مادے میں واقع ہیں۔
کیس اسٹڈی 2: ماؤس ایمبریو
S3000 کے ساتھ ماؤس ایمبریو سیکشن کے تجزیے کے نتیجے میں ~ 2200 000 خلیات کی شناخت ہوئی، جس کی اوسط ترتیب ~ 1600 جین فی سیل ہے۔ 3.5 uM کی بہتر ریزولوشن کے نتیجے میں ٹرانسکرپشن پیٹرن کی بنیاد پر خلیوں کی ایک بہت ہی تفصیلی جھرمٹ ہوئی، جس میں آنکھ کے علاقے میں 12 کلسٹرز اور دماغ کے علاقے میں 28 کلسٹر تھے۔
اندرونی نمونہ تجزیہ سیل کلسٹرنگ:
مارکر جینز کی شناخت اور مقامی تقسیم:
- اعلی ذیلی سیلولر ریزولوشن: S1000 سلائیڈ کے مقابلے میں، S3000 کے ہر کیپچر ایریا میں 2.5 µm قطر اور 3.5 µm کے اسپاٹ سینٹرز کے درمیان فاصلہ کے ساتھ> 4 ملین مقامی بارکوڈڈ سپاٹ ہوتے ہیں، جو اعلی ذیلی سیلولر ریزولوشن کے ساتھ مقامی ٹرانسکرپٹوم تجزیہ کو قابل بناتا ہے۔ (مربع بن: 3.5 µm)۔
- اعلی کیپچر کی کارکردگی: S1000 سلائیڈ کے مقابلے میں، Median_UMI میں 30% سے 70% تک، Median_Gene میں 30% سے 60% تک اضافہ
S1000 چپ کی اسکیم:
S3000 چپ کی اسکیم:
