BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome تکنیکی اسکیم
خصوصیات
● قرارداد: 5 µM
● جگہ کا قطر: 2.5 µM
● مقامات کی تعداد: تقریباً 2 ملین
● 3 ممکنہ کیپچر ایریا فارمیٹس: 6.8 ملی میٹر * 6.8 ملی میٹر، 11 ملی میٹر * 11 ملی میٹر یا 15 ملی میٹر * 20 ملی میٹر
● ہر بار کوڈ شدہ مالا 4 حصوں پر مشتمل پرائمر سے بھری ہوئی ہے:
mRNA پرائمنگ اور cDNA ترکیب کے لیے پولی(dT) دم
ایمپلیفیکیشن تعصب کو درست کرنے کے لیے منفرد مالیکیولر آئیڈینٹیفائر (UMI)
مقامی بارکوڈ
جزوی طور پر پڑھنے والے 1 ترتیب دینے والے پرائمر کی بائنڈنگ ترتیب
● H&E اور حصوں کا فلوروسینٹ داغ
● استعمال کرنے کا امکانسیل سیگمنٹیشن ٹیکنالوجی: H&E سٹیننگ، فلوروسینٹ سٹیننگ، اور RNA کی ترتیب کا انضمام تاکہ ہر خلیے کی حدود کا تعین کیا جا سکے اور ہر خلیے کو جین کے اظہار کو درست طریقے سے تفویض کیا جا سکے۔
BMKMANU S1000 کے فوائد
●ذیلی سیلولر ریزولوشن: ہر کیپچر ایریا میں 2.5 µm قطر کے ساتھ> 2 ملین مقامی بارکوڈڈ سپاٹ ہوتے ہیں اور اسپاٹ سینٹرز کے درمیان 5 µm کا وقفہ ہوتا ہے، جو ذیلی سیلولر ریزولوشن (5 µm) کے ساتھ مقامی ٹرانسکرپٹوم تجزیہ کو قابل بناتا ہے۔
●ملٹی لیول ریزولوشن تجزیہ:متنوع بافتوں کی خصوصیات کو بہترین ریزولوشن پر حل کرنے کے لیے 100 μm سے 5 μm تک کا لچکدار کثیر سطحی تجزیہ۔
● "ایک سلائیڈ میں تین" سیل سیگمنٹیشن ٹیکنالوجی استعمال کرنے کا امکان:فلوروسینس سٹیننگ، H&E سٹیننگ، اور RNA کی ترتیب کو ایک ہی سلائیڈ پر ملا کر، ہمارا "تھری ان ون" تجزیہ الگورتھم بعد میں سیل پر مبنی ٹرانسکرپٹومکس کے لیے سیل کی حدود کی شناخت کو تقویت دیتا ہے۔
●ایک سے زیادہ ترتیب دینے والے پلیٹ فارم کے ساتھ ہم آہنگ: NGS اور طویل پڑھنے والی ترتیب دونوں دستیاب ہیں۔
●1-8 ایکٹو کیپچر ایریا کا لچکدار ڈیزائن: کیپچر ایریا کا سائز لچکدار ہے، 3 فارمیٹس (6.8 ملی میٹر * 6.8 ملی میٹر، 11 ملی میٹر * 11 ملی میٹر اور 15 ملی میٹر * 20 ملی میٹر) استعمال کرنا ممکن ہے۔
●ون اسٹاپ سروس: یہ تمام تجربے اور مہارت پر مبنی اقدامات کو مربوط کرتا ہے، بشمول کرائیو سیکشننگ، سٹیننگ، ٹشو آپٹیمائزیشن، مقامی بارکوڈنگ، لائبریری کی تیاری، ترتیب، اور بایو انفارمیٹکس۔
●جامع بایو انفارمیٹکس اور نتائج کا صارف دوست تصور:پیکیج میں 29 تجزیے اور 100+ اعلیٰ معیار کے اعداد و شمار شامل ہیں، جو سیل کی تقسیم اور اسپاٹ کلسٹرنگ کو دیکھنے اور اپنی مرضی کے مطابق بنانے کے لیے اندرون خانہ تیار کردہ سافٹ ویئر کے استعمال کے ساتھ مل کر ہیں۔
●اپنی مرضی کے مطابق ڈیٹا کا تجزیہ اور تصور: مختلف تحقیقی درخواستوں کے لیے دستیاب ہے۔
●انتہائی ہنر مند تکنیکی ٹیم: 250 سے زیادہ ٹشو اقسام اور 100+ پرجاتیوں بشمول انسان، ماؤس، ممالیہ، مچھلی اور پودوں کے تجربے کے ساتھ۔
●پورے پروجیکٹ پر ریئل ٹائم اپڈیٹس: تجرباتی پیشرفت کے مکمل کنٹرول کے ساتھ۔
●سنگل سیل ایم آر این اے کی ترتیب کے ساتھ اختیاری مشترکہ تجزیہ
سروس کی وضاحتیں
|
نمونہ تقاضے
| لائبریری |
ترتیب کی حکمت عملی
| ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| او سی ٹی ایمبیڈڈ کریو نمونے، فی نمونہ 3 بلاکس | S1000 cDNA لائبریری | Illumina PE150 (دیگر پلیٹ فارم دستیاب) | 100K PE ریڈز فی 100 uM (60-150 جی بی) | RIN>7 |
نمونے کی تیاری کی رہنمائی اور سروس ورک فلو کے بارے میں مزید تفصیلات کے لیے، براہ کرم بلا جھجھک بات کریں۔BMKGENE ماہر
سروس ورک فلو
نمونے کی تیاری کے مرحلے میں، ایک ابتدائی بلک RNA نکالنے کا ٹرائل کیا جاتا ہے تاکہ یہ یقینی بنایا جا سکے کہ اعلیٰ معیار کا RNA حاصل کیا جا سکتا ہے۔ ٹشو کی اصلاح کے مرحلے میں حصوں کو داغدار اور تصور کیا جاتا ہے اور ٹشو سے ایم آر این اے کے اخراج کے لیے پارمیبلائزیشن کی شرائط کو بہتر بنایا جاتا ہے۔ آپٹمائزڈ پروٹوکول پھر لائبریری کی تعمیر کے دوران لاگو کیا جاتا ہے، اس کے بعد ترتیب اور ڈیٹا کا تجزیہ کیا جاتا ہے۔
مکمل سروس ورک فلو میں ریئل ٹائم اپ ڈیٹس اور کلائنٹ کی تصدیق شامل ہوتی ہے تاکہ ایک ذمہ دار فیڈ بیک لوپ کو برقرار رکھا جا سکے، جس سے پراجیکٹ پر عمل درآمد کو یقینی بنایا جا سکے۔
BMKMANU S1000 کے ذریعہ تیار کردہ ڈیٹا کا تجزیہ سافٹ ویئر "BSTMatrix" کا استعمال کرتے ہوئے کیا جاتا ہے، جو BMKGENE کے ذریعہ آزادانہ طور پر ڈیزائن کیا گیا ہے، جس سے ایک جین ایکسپریشن میٹرکس تیار ہوتا ہے۔ وہاں سے، ایک معیاری رپورٹ تیار کی جاتی ہے جس میں ڈیٹا کوالٹی کنٹرول، اندرونی نمونے کا تجزیہ اور بین گروپ تجزیہ شامل ہوتا ہے۔
● ڈیٹا کوالٹی کنٹرول:
ڈیٹا آؤٹ پٹ اور کوالٹی سکور کی تقسیم
فی جگہ جین کا پتہ لگانا
ٹشو کوریج
● اندرونی نمونہ تجزیہ:
جین کی دولت
اسپاٹ کلسٹرنگ، بشمول کم طول و عرض کا تجزیہ
کلسٹرز کے درمیان امتیازی اظہار کا تجزیہ: مارکر جینز کی شناخت
فنکشنل تشریح اور مارکر جین کی افزودگی
● بین گروپ تجزیہ:
دونوں نمونوں سے دھبوں کا دوبارہ مجموعہ (مثلاً بیمار اور کنٹرول) اور دوبارہ کلسٹر
ہر کلسٹر کے لیے مارکر جینز کی شناخت
فنکشنل تشریح اور مارکر جین کی افزودگی
گروپوں کے درمیان ایک ہی کلسٹر کا مختلف اظہار
مزید برآں، BMKGENE نے تیار کیا "BSTViewer" ایک صارف دوست ٹول ہے جو صارف کو مختلف قراردادوں پر جین کے اظہار اور اسپاٹ کلسٹرنگ کو دیکھنے کے قابل بناتا ہے۔
BMKGene نے صارف دوست تصور کے لیے سافٹ ویئر تیار کیا۔
ملٹی لیول ریزولوشن پر BSTViewer اسپاٹ کلسٹرنگ
BSTCellViewer: خودکار اور دستی سیل کی تقسیم
اندرونی نمونہ تجزیہ
اسپاٹ کلسٹرنگ:
مارکر جینز کی شناخت اور مقامی تقسیم:
انٹر گروپ تجزیہ
دونوں گروپوں اور دوبارہ کلسٹر سے ڈیٹا کا مجموعہ:
نئے کلسٹرز کے مارکر جینز:
اس نمایاں اشاعت میں BMKManu S1000 ٹکنالوجی کے ساتھ BMKGene کی مقامی ٹرانسکرپٹومکس خدمات کے ذریعہ فراہم کردہ پیشرفت کو دریافت کریں:
گانا، X. et al. (2023) 'مقامی ٹرانسکرپٹومکس سے پتہ چلتا ہے کہ ٹماٹر کالس میں شوٹ کی تخلیق نو کو فروغ دینے میں ملوث ہلکے حوصلہ افزائی کلورینچیما خلیات'،ریاستہائے متحدہ امریکہ کی نیشنل اکیڈمی آف سائنسز کی کارروائی، 120(38)، صفحہ۔ e2310163120۔ doi: 10.1073/pnas.2310163120
آپ، Y. et al. (2023) 'ترتیب پر مبنی مقامی ٹرانسکرپٹومک طریقوں کا منظم موازنہ'،bioRxiv،ص 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744۔
