16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
سروس کی خصوصیات
● تسلسل کا پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq۔
● 16S، 18S اور ITS کے مختصر خطوں کو بڑھانا، دیگر ایمپلیفیکیشن اہداف کے ساتھ۔
● amplicon کے لچکدار انتخاب۔
● متعدد ایمپلیفیکیشن اہداف کے ساتھ پراجیکٹ کا پچھلا تجربہ۔
سروس کے فوائد
●تنہائی سے پاک:ماحولیاتی نمونوں میں مائکروبیل مرکب کی تیزی سے شناخت۔
●ہائی ریزولوشن: ماحولیاتی نمونوں میں کم پرچر اجزاء میں۔
●وسیع پیمانے پر قابل اطلاق: متنوع مائکروبیل کمیونٹی اسٹڈیز۔
●جامع بایو انفارمیٹک تجزیہ: تازہ ترین QIIME2 پیکیج (مائیکروبیل ماحولیات میں مقداری بصیرت) ڈیٹا بیس، تشریح، OTU/ASV کے لحاظ سے متنوع تجزیوں کے ساتھ۔
●وسیع مہارت: سالانہ 150 ہزار ایمپلی کون سیکوینسنگ پروجیکٹس کے ساتھ، BMKGENE ایک دہائی سے زیادہ کا تجربہ، ایک انتہائی ہنر مند تجزیہ ٹیم، جامع مواد، اور فروخت کے بعد بہترین تعاون لاتا ہے۔
سروس کی وضاحتیں
| لائبریری | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ |
| ایمپلیکون | Illumina PE250 | 50/100/300K ٹیگز (جوڑے پڑھیں) |
سروس کے تقاضے
| ارتکاز (ng/µL) | کل رقم (ng) | حجم (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● مٹی/ کیچڑ: 1-2 گرام
● آنتوں کا مواد-جانور: 0.5-2 گرام
● آنتوں کے مواد-کیڑے: 0.1-0.25 گرام
● پودوں کی سطح (افزودہ تلچھٹ): 0.1-0.5 گرام
● ابال شوربہ افزودہ تلچھٹ): 0.1-0.5 گرام
● پاخانہ (بڑے جانور): 0.5-2 گرام
● پاخانہ (ماؤس): 3-5 دانے
● Pulmonary alveolar lavage سیال: فلٹر پیپر
● اندام نہانی کی جھاڑو: 5-6 جھاڑو
● جلد/جننٹل جھاڑو/لعاب/زبانی نرم بافتوں/فرینجیل سویب/ریکٹل سویب: 2-3 جھاڑو
● سطحی مائکروجنزم: فلٹر پیپر
● واٹر باڈی/ایئر/بائیو فلم: فلٹر پیپر
● اینڈوفائٹس: 1-2 گرام
● دانتوں کی تختی: 0.5-1 گرام
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
- خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
- OTU کلسٹرنگ / ڈی شور (ASV)
- OTU تشریح
- الفا تنوع تجزیہ: متعدد اشاریہ جات، بشمول شینن، سمپسن اور ACE۔
- بیٹا تنوع کا تجزیہ
- انٹر گروپ تجزیہ
- ارتباط کا تجزیہ: ماحولیاتی عوامل اور آؤٹ کمپوزیشن اور تنوع کے درمیان
- 16S فنکشنل جین کی پیشن گوئی
ٹیکسونومک ڈسٹری بیوشن کا ہسٹوگرام
درجہ بندی کی کثرت کلسٹرنگ گرمی کا نقشہ
الفا تنوع کا تجزیہ: نایاب وکر
بیٹا تنوع تجزیہ: NMDS
انٹر گروپ تجزیہ: LEFSE بائیو مارکر کی دریافت
BMKGene کی امپلی کون سیکوینسنگ سروسز کے ذریعے Illumina کے ساتھ اشاعتوں کے کیوریٹڈ مجموعے کے ذریعے پیشرفت کو دریافت کریں۔
ڈونگ، C. et al. (2022) 'اسمبلی، کور مائیکرو بائیوٹا، اینڈ فنکشن آف دی رائزوسفیئر سوائل اینڈ بارک مائیکرو بائیوٹا ان یوکومیا الموائیڈز'، فرنٹیئرز ان مائیکروبائیولوجی، 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317.
لی، وائی وغیرہ۔ (2023) 'مصنوعی بیکٹیریل کنسورشیا ٹرانسپلانٹیشن فار دی ٹریٹمنٹ آف گارڈنیریلا وگینالیس-حوصلہ افزائی بیکٹیریل وگینوسس ان چوہوں میں'، مائیکروبائیوم، 11(1)، پی پی 1-14۔ doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. اور Liu, H. (2022) 'زمین پر مبنی بند بائیورجینیریٹو لائف سپورٹ تجربے "Lunar Palace 365" کے دوران جمع ہونے والے ہوا کی دھول کے مائیکرو بایوم، ماحولیاتی مائکرو بایوم، 17(1)، pp. 1–20۔ doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8۔
ین، ایس وغیرہ۔ (2022) 'نائٹروجن ٹرانسفارمیشن سے متعلق فنکشنل جینز کی فیڈ اسٹاک پر منحصر کثرت کمپوسٹنگ میں نائٹروجن کے نقصان کو کنٹرول کرتی ہے'، بائیو ریسورس ٹیکنالوجی، 361، صفحہ۔ 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
