Цілий геном бісул -послідовність (WGBS)
Цілий геном бісульфітського секвенування (WGBS) стоїть як стандартна методологія золота для поглибленого дослідження метилювання ДНК, зокрема п’ятого положення в цитозині (5-мс), ключового регулятора експресії генів та клітинної активності. Принцип, що лежить в основі ВГБ, передбачає лікування бісульфітом, індукуючи перетворення неметильованих цитозинів у урацил (C до U), залишаючи метильовані цитозини незмінними. Ця методика пропонує однобазову роздільну здатність, що дозволяє дослідникам всебічно досліджувати метиломи та виявити аномальні моделі метилювання, пов'язані з різними станами, зокрема раку. Використовуючи WGB, вчені можуть отримати незрівнянні уявлення про метилювання в геномах метилювання, забезпечуючи нюансове розуміння епігенетичних механізмів, що лежать в основі різноманітних біологічних процесів та захворювань.
Особливості обслуговування
● вимагає референтного геному.
● ДНК лямбда додається для моніторингу ефективності перетворення бісульфіту.
● Послідовність на Illumina Novaseq.
Переваги послуг
●Золотий стандарт для досліджень метилювання ДНК: Ця технологія переробки конверсії зрілої метилювання має високу точність та хорошу відтворюваність.
●Широке покриття та одно базова роздільна здатність:Виявлення місць метилювання на рівні геному.
●Повна платформа:Забезпечте єдину відмінну послугу від обробки зразків, побудови бібліотеки, секвенування до аналізу біоінформатики.
●Широка експертиза: Завдяки проектам Sequencing WGBS, успішно завершеним у різноманітному діапазоні видів, BMKGENE приносить понад десятиліття досвіду, висококваліфіковану команду аналізу, комплексний зміст та відмінна підтримка післяпродажних продажів.
●Можливість приєднатися до аналізу транскриптоміки: Дозвіл на інтегрований аналіз WGB з іншими даними OMICS, такими як RNA-Seq.
Технічні характеристики вибірки
| Бібліотека | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані даних | Контроль якості |
| Бісульфіт обробляється | Illumina pe150 | 30 -кратна глибина | Q30 ≥ 85% Перетворення бісульфіту> 99% |
Вимоги до вибірки
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) | Додаткові вимоги | |
| Геномна ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Обмежена деградація або забруднення |
РОБОТИ РОБОТА
Доставка зразків
Екстракція ДНК
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Доставка даних
Включає такий аналіз:
● Сирий контроль якості послідовності;
● Картографування до генома довідника;
● виявлення метильованих основ 5мс;
● Аналіз розподілу метилювання та анотації;
● Аналіз диференційно метильованих областей (DMR);
● Функціональна анотація генів, пов'язаних з ДМР.
Виявлення метилювання 5мс: типи метильованих ділянок
Карта метилювання. 5MC метилювання генома розподіл
Анотація високо метильованих регіонів
Диференційно метильовані області: асоційовані гени
Диференційно метильовані області: анотація асоційованих генів (ген онтології)
Дослідіть дослідницькі просування, спричинені цілими послугами секвенування бісульфітів BMKGENE за допомогою кураторної колекції публікацій.
Вентилятор, Y. та ін. (2020) "Аналіз профілів метилювання ДНК під час розвитку скелетних м’язів овець з використанням послідовності бісульфіту цільного генома",BMC Genomics, 21 (1), с. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Чжао, X. та ін. (2022) "Нові збурення метилювання дезоксирибонуклеїнової кислоти у працівників, що піддаються впливу вінілхлориду",Токсикологія та промислове здоров'я, 38 (7), с. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) «Взаємозв'язки між метилюванням геному, рівнями некодуючих РНК, мРНК та метаболітів у дозріваючих плодів томатів»,Журнал рослини, 103 (3), с. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
