Специфічний ампліфікований фрагмент-послідовність (SLAF-SEQ)
Робочий процес
Технічна схема
Особливості обслуговування
● Послідовність на Novaseq за допомогою PE150.
● Підготовка бібліотеки з подвійним штрихкодуванням, що дозволяє об'єднати понад 1000 зразків.
● Ця методика може використовуватися з еталонним геном або без нього з різними біоінформатичними трубопроводами для кожного випадку:
З референтним геном: SNP та Indel Discovery
Без довідкового геному: кластеризація зразків та виявлення SNP
● ву силіконіПопередньо розробка стадії множинні комбінації ферментів, що обмежуються, обстежуються, щоб знайти ті, що генерують рівномірний розподіл тегів SLAF вздовж геному.
● Під час попереднього експерименту три комбінації ферментів тестуються в 3 зразках для створення 9 бібліотек SLAF, і ця інформація використовується для вибору оптимальної комбінації ферментів для проекту.
Переваги послуг
●Високе виявлення генетичного маркера: Інтеграція високопропускної системи подвійного штрих-коду дозволяє одночасне секвенування великої популяції, а посилення специфічного для локусу підвищує ефективність, забезпечуючи, щоб чисельність тегів відповідала різноманітним вимогам різних дослідницьких питань.
● Низька залежність від геному: Його можна застосувати до видів з еталонним геном або без нього.
●Дизайн гнучкої схеми: Одноодинник, подвійне заощадження, багатопідзимне перетравлення та різні типи ферментів можуть бути обрані для задоволення різних цілей або видів досліджень. Зу силіконіПопередньо розробляється, щоб забезпечити оптимальну конструкцію ферментів.
● Висока ефективність ферментативного травлення: Провідністьу силіконіПопередній проект та попередній експеримент забезпечив оптимальну конструкцію з рівним розподілом тегів SLAF на хромосомі (1 тег SLAF/4KB) та зменшену повторювану послідовність (<5%).
●Широка експертиза: Наша команда приносить багатий досвід у кожному проекті, із досвідом закриття понад 5000 проектів Slaf-Seq на сотні видів, включаючи рослини, ссавці, птахів, комах та водні організми.
● Саморозвинений біоінформатичний робочий процес: BMKGENE розробив інтегрований біоінформатичний робочий процес для SLAF-SEQ для забезпечення надійності та точності кінцевого виходу.
Технічні характеристики послуг
| Тип аналізу | Рекомендована шкала населення | Стратегія послідовності | |
| Глибина послідовності тегів | Номер тегів | ||
| Генетичні карти | 2 батьки та> 150 потомства | Батьки: 20x WGS Заміст: 10x | Розмір геному: <400 Мб: Рекомендується WGS <1 Гб: 100 к. Теги 1-2 Гб :: 200 к. Теги > 2 Гб: 300K теги Максимум теги 500k |
| Дослідження асоціації геномів (GWAS) | ≥200 зразків | 10 разів | |
| Генетична еволюція | ≥30 зразків із> 10 зразками з кожної підгрупи | 10 разів | |
Вимоги до обслуговування
Концентрація ≥ 5 нг/мкл
Загальна кількість ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Агарозний гель: немає або обмеженої деградації або забруднення
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: 2 мл трубки центрифуги
(Для більшості зразків ми рекомендуємо не зберігати в етанолі)
Зразок мітки: Зразки повинні бути чітко позначені та ідентичні поданою формою вибіркової інформації.
Відвантаження: Сухий погляд: Зразки потрібно спочатку упаковувати в мішки і закопувати в сухий льоду.
РОБОТА РОБОТИ
Зразок QC
Пілотний експеримент
SLAF-Експеримент
Підготовка бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Включає такий аналіз:
- Послідовність даних QC
- Розробка тегів SLAF
Картографування до генома
Без довідкового геному: кластеризація
- Аналіз тегів SLAF.: Статистика, розподіл по геному
- Відкриття маркера: SNP, Indel, SNV, CV Calling and Annotation
Розподіл тегів SLAF на хромосомах:
Розподіл SNP на хромосоми:
Анотація SNP
| Рік | Журнал | IF | Титул | Заявки |
| 2022 | Природні комунікації | 17.694 | Геномна основа гіга-хромосом та гіга-генома деревного півонії Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Новий фітолог | 7.433 | Слідом одомашнення якоря геномні регіони, що мають агрономічне значення в соя | Slaf-gwas |
| 2022 | Журнал передових досліджень | 12.822 | Штучні інтрогресії Gossypium barbadense в G. hirsutum Розкрийте чудові локуси для одночасного вдосконалення якості бавовняного волокна та виходу риси | SLAF-еволюційна генетика |
| 2019 рік | Молекулярна рослина | 10.81 | Геномний аналіз популяції та збори DE Novo розкривають походження бур'ян Рис як еволюційна гра | SLAF-еволюційна генетика |
| 2019 рік | Природа генетика | 31.616 | Послідовність геному та генетичне різноманіття звичайного коропа, Cyprinus Carpio | Карта Slaf-Linkage |
| 2014 рік | Природа генетика | 25.455 | Геном культивованого арахісу забезпечує розуміння каріотипів бобових, поліплоїдів еволюція та одомашнення врожаю. | Карта Slaf-Linkage |
| 2022 | Журнал біотехнологій рослин | 9.803 | Ідентифікація ST1 виявляє відбір із автостопом морфології насіння та вміст нафти під час одомашнення сої | Розвиток SLAF-Marker |
| 2022 | Міжнародний журнал молекулярних наук | 6.208 | Ідентифікація та розвиток маркера ДНК для пшениці-леймуса Mollis 2ns (2d) Заміна дисомічної хромосоми | Розвиток SLAF-Marker |
| Рік | Журнал | IF | Титул | Заявки |
| 2023 | Кордони в науці про рослини | 6.735 | QTL Картографування та транскриптомний аналіз вмісту цукру під час дозрівання плодів Pyrus Pyrifolia | Генетична карта |
| 2022 | Журнал біотехнологій рослин | 8.154 | Ідентифікація ST1 виявляє відбір із автостопом морфології насіння та вмісту нафти під час одомашнення сої
| SNP Calling |
| 2022 | Кордони в науці про рослини | 6.623 | Картографування геномів Асоціації бездоганних ледь фенотипів у посуховому середовищі.
| Gwas |
