Секвенування малих РНК-Illumina
особливості
● Підготовка бібліотеки включає етап вибору розміру
● Біоінформаційний аналіз, зосереджений навколо передбачення мікроРНК та їх цілей
Переваги сервісу
●Комплексний біоінформаційний аналіз:Дозволяє ідентифікувати як відомі, так і нові мікроРНК, ідентифікувати мішені мікроРНК, а також відповідну функціональну анотацію та збагачення кількома базами даних (KEGG, GO)
●Суворий контроль якості: Ми впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від підготовки зразків і бібліотеки до секвенування та біоінформатики. Такий ретельний моніторинг забезпечує стабільно високу якість результатів.
●Післяпродажна підтримка: Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
●Великий досвід: Маючи послужний список успішного закриття кількох проектів sRNA, що охоплюють понад 300 видів у різних областях досліджень, наша команда вносить багатий досвід у кожен проект.
Вимоги до зразків і доставка
| Бібліотека | Платформа | Рекомендовані дані | Контроль якості даних |
| Вибраний розмір | Illumina SE50 | 10M-20M читає | Q30≥85% |
Вимоги до зразків:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На гелі виявлено обмежене забруднення білком або ДНК або його відсутність. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене підвищення або відсутність базової лінії |
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Лист або насіння: 300 мг
Фрукти: 1,2 г
● Тварина:
Серце або кишечник: 450 мг
Внутрішні органи або мозок: 240 мг
М'язи: 600 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1,5 г
● Членистоногі:
Комахи: 9г
Ракоподібні: 450 мг
● Цільна кров: 2 трубки
● Клітини: 106 клітини
● Сироватка і плазма:6 мл
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка на 2 мл (фольга не рекомендована)
Зразок маркування: Група + копія, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в мішки та закопати в сухий лід.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) і відправити при кімнатній температурі.
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Біоінформатика
● Контроль якості необроблених даних
● класифікація sRNA
● Вирівнювання з еталонним геномом
● Ідентифікація відомих і нових мікроРНК
● Диференціальний аналіз експресії мікроРНК
● Функціональна анотація мікроРНК-мішеней
Ідентифікація мікроРНК: структура та глибина
Диференціальна експресія мікроРНК – ієрархічна кластеризація
Функціональна анотація мішені мікроРНК з різною експресією
Ознайомтеся з досягненнями в дослідженнях, які сприяють послуги секвенування sRNA BMKGene, за допомогою підібраної колекції публікацій.
Chen, H. та ін. (2023) «Вірусні інфекції пригнічують біосинтез сапоніну та фотосинтез у Panax notoginseng», Фізіологія та біохімія рослин, 203, стор. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. та ін. (2023) «Білок FREE1, що містить рослинний домен FYVE, асоціюється з компонентами мікропроцесора для пригнічення біогенезу мікроРНК», звіти EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. та ін. (2023) «МікроРНК Ame-Bantam-3p контролює розвиток лялечки личинок, націлюючись на множинні гени епідермального фактора росту, подібні доменам 8 (megf8) у медоносних бджіл, Apis mellifera», Міжнародний журнал молекулярних наук, 24(6), с. . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. та ін. (2018) «Інтегрований аналіз мікроРНК і генів, пов’язаних з якістю м’яса, показує, що Gga-MiR-140-5p впливає на внутрішньом’язове відкладення жиру у курчат», Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
