Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud увійти

Продукція

Послідовність одноразових ядер РНК

Секуація одноразових РНК із зображенням зображення

Розробка методів залучення одноклітинних та спеціальних бібліотек у поєднанні з високопропускною секвенуванням, революціонізувала дослідження експресії генів на рівні клітин. Цей прорив дозволяє проводити глибший і всебічніший аналіз складних популяцій клітин, подолання обмежень, пов'язаних із усередненням експресії генів над усіма клітинами та збереженням справжньої неоднорідності в цих популяціях. Хоча одноклітинна послідовність РНК (SCRNA-SEQ) має незаперечні переваги, воно стикається з проблемами в певних тканинах, де створення одноклітинної підвіски виявляється важким і вимагає свіжих зразків. У BMKGENE ми звертаємось до цієї перешкоди, пропонуючи однокутне секвенування РНК (SNRNA-SEQ), використовуючи сучасну технологію хрому геноміки 10x. Цей підхід розширює спектр зразків, що піддається аналізу транскрипту на одноклітинному рівні.

Ізоляція ядра здійснюється за допомогою інноваційного хромового чіпа геноміки 10x, що містить восьмиканальну систему мікрофлюїдів з подвійними перехрестями. У цій системі гелеві намистини, що містять штрих-коди, праймери, ферменти та одне ядро, інкапсульовані в олійні краплі розміром з нанолітерами, утворюючи гель-бісер-емульсію (GEM). Слідом за утворенням дорогоцінних каменів, в кожному дорогоцінному каменю відбувається лізис клітин та вивільнення штрих -коду. Згодом молекули мРНК проходять зворотну транскрипцію в кДНК, включаючи 10 -кратні штрих -коди та унікальні молекулярні ідентифікатори (UMIS). Потім ці кДНК піддаються стандартній конструкції бібліотеки секвенування, сприяючи міцному та всебічному дослідженні профілів експресії генів на одноклітинному рівні.

Платформа: 10 × Геноміка хрому та платформа Illumina Novaseq

Зв’яжіться з нами

Деталі послуги

Біоінформатика

Демо -результати

Публікації

Технічна схема

Виділення ядер досягається 10 × Genomics Chromium ™, яка складається з восьмиканальної системи мікрофлюїдів з подвійними перехрестями. У цій системі гелеві намистини з штрих-кодами та грунтовкою, ферментами та одним ядром інкапсульовані в краплі олії розміром з нанолітерами, генеруючи гелеву бісеру в емульсії (GEM). Після утворення дорогоцінного каменю в кожному дорогоцінному каменю проводяться лізис клітин та вивільнення штрих -кодів. МРНК переписані в молекули кДНК з 10 × штрих -кодами та UMI, які додатково підлягають стандартній конструкції бібліотеки секвенування.

Особливості

● Підготовка однокутної суспензії з заморожених тканин

● Формування гелевої бісеру в емульсії (GEM) з подальшим синтезом кДНК

● Кожна намистина в дорогоцінному камені завантажується праймерами, що складаються з 4 секцій:

Полі (DT) хвіст для мРНК ґрунтування та синтезу кДНК,

Унікальний молекулярний ідентифікатор (UMI) для виправлення зміщення посилення

10 -кратний штрих -код

Зв'язування послідовності часткового зчитування 1 послідовності праймера

Переваги

Послідовність одноклеусу РНК обходить обмеження одноклітинної секвенування РНК, що дозволяє:

● Використання заморожених зразків і не лише обмежене свіжими зразками

● Низький стрес заморожених клітин порівняно з ферментативним лікуванням свіжих клітин, відображеним у даних транскрипту у вигляді менших генів, спричинених стресом

● Не потрібно попереднього видалення еритроцитів

● Необмежений діаметр клітин

● Великий масив зразків, які мають право на аналіз, включаючи складні та крихкі типи тканин, які схильні до клітинного скупчення або руйнування під час дисоціації тканин

Зразки, які неможливо проаналізувати за допомогою одноклітинної секвенування РНК та мають право на секвенування РНК одиничних ядер:

Клітина / тканина	Розум
Неатвердна заморожена тканина	Не в змозі отримати свіжі або давні організації
М’язова клітина, мегакаріоцит, жир ...	Діаметр клітини занадто великий, щоб увійти в інструмент
Печінка…	Занадто крихкий, щоб зламати, не в змозі розрізнити одиночні клітини
Нейронна клітина, мозок ...	Більш чутливий, простий у стресі, змінить результати послідовності
Підшлункова залоза, щитовидна залоза ...	Багатий ендогенними ферментами, що впливає на вироблення одноклітинної суспензії

Одноклітинний одноклітинний

Однокутник	Одноклітинний
Необмежений діаметр клітин	Діаметр клітин: 10-40 мкм
Матеріал може бути заморожена тканина	Матеріал повинен бути свіжою тканиною
Низький стрес заморожених клітин	Лікування ферментів може спричинити стресову реакцію клітин
Не потрібно видалити еритроцити	Еритроцити потрібно видалити
Ядерна експресує біоінформацію	Вся клітина експресує біоінформацію

Специфікація

Вимоги до вибірки

Бібліотека

Стратегія послідовності

Рекомендовані дані

Контроль якості

Тканина тварин ≥ 200 мг

Рослинна тканина ≥ 400 мг

10 -кратна бібліотека кДНК SN

Illumina pe150

100k pe читається на клітинку

(100-200 ГБ)

700-1200 ядра/мкл та цілісність ядер, що спостерігаються під мікроскопом

Детальніше про зразки настанов щодо підготовки та обслуговування, будь ласка, не соромтеся поговорити зЕксперт BMKGENE

РОБОТИ РОБОТА

Попередній: Послідовність геномів рослин/тварини

Далі: Аналіз асоціації в геномі

Включає такий аналіз:

● Контроль якості: кількість клітин, виявлення генів, точна ідентифікація клітин, молекули РНК та кількісне визначення експресії

● Аналіз внутрішніх зразків:

Кластеризація клітин та анотація кластерів

Диференціальний аналіз експресії: Ідентифікація DEG в кластерах

Функціональна анотація та збагачення кластерних DEG

● Міжгруповий аналіз:

Поєднання даних

Диференціальний аналіз експресії: ідентифікація DEG у групах

Функціональна анотація та збагачення групових DEG

● Розширений аналіз:

Аналіз клітинного циклу

Аналіз псевдотиму

Аналіз клітинної комунікації (CellPhonedB)

Аналіз збагачення генів (GSEA)

Аналіз внутрішньої вибірки

Кластеризація клітин:

Диференціальний аналіз експресії: Cluster DEG

Міжгруповий аналіз

Диференціальний аналіз експресії: груповий DEGS

Розширений аналіз:

Аналіз псевдотиму:

Аналіз клітинного циклу:

Дослідіть просування, спричинені однокутними послугами РНК BMKGENE за 10-кратним хромом у цих представлених публікаціях:

Ван, Л. та ін. (2021) "Одноклітинний транскриптомічний аналіз виявляє імунний ландшафт легені в стероїдному резистентному астмі",Праці Національної академії наук Сполучених Штатів Америки, 118 (2), с. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Чжен, Х. та ін. (2022) "Глобальна регуляторна мережа для дисрегульованої експресії генів та аномальної метаболічної сигналізації в імунних клітинах у мікросередовищі хвороби Грейвса та тиреоїдиту Хашимото",Кордони в імунології, 13, с. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.

Тянь, Х. та ін. (2023) "Одноклітинна транскриптом розкриває неоднорідність та імунну реакцію лейкоцитів після вакцинації з інактивованою Едвардсіелл Тарда в камблі (Paralichthys Olivaceus)",Аквакультура, 566, с. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. та ін. (2023) "Фотодинамічна терапія покращує результат інгібіторів імунної контрольної точки шляхом ремоделювання протипухлинного імунітету у пацієнтів з раком шлунка",Рак шлунка, 26 (5), с. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/метрики.