Бісульфітне секвенування зі зниженим представленням (RRBS)
Бісульфітне секвенування зі зниженим представленням (RRBS) стало економічно ефективною альтернативою бісульфітному секвенуванню цілого геному (WGBS) у дослідженнях метилювання ДНК. Незважаючи на те, що WGBS надає всебічну інформацію, досліджуючи весь геном з єдиною базовою роздільною здатністю, його висока вартість може бути обмежуючим фактором. RRBS стратегічно пом’якшує цю проблему шляхом вибіркового аналізу репрезентативної частини геному. Ця методологія ґрунтується на збагаченні ділянок, багатих острівцями CpG, шляхом розщеплення MspI з наступним відбором розміру фрагментів 200-500/600 bps. Отже, секвенуються лише області, проксимальні до острівців CpG, тоді як ті, що мають віддалені острівці CpG, виключаються з аналізу. Цей процес у поєднанні з бісульфітним секвенуванням дозволяє виявити метилювання ДНК з високою роздільною здатністю, а підхід до секвенування, PE150, фокусується саме на кінцях вставок, а не на середині, підвищуючи ефективність профілювання метилювання. RRBS є безцінним інструментом, який дозволяє економічно ефективне дослідження метилювання ДНК і покращує знання про епігенетичні механізми.
Особливості сервісу
● Потрібен еталонний геном.
● Лямбда ДНК використовується для моніторингу ефективності перетворення бісульфіту.
● Ефективність травлення MspI також контролюється.
● Подвійне ферментне розщеплення для зразків рослин.
● Секвенування на Illumina NovaSeq.
Переваги сервісу
●Економічна та ефективна альтернатива WGBS: можливість проведення аналізу з нижчими витратами та меншими вимогами до зразків.
●Повна платформа:надати комплексні відмінні послуги від обробки зразків, створення бібліотеки та секвенування до біоінформаційного аналізу.
●Великий досвід: завдяки успішно завершеним проектам секвенування RRBS для різноманітних видів, BMKGENE має понад десятирічний досвід, висококваліфіковану аналітичну команду, повний контент і чудову підтримку після продажу.
Специфікації послуги
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендований вихід даних | Контроль якості |
| Бібліотека, розщеплена MspI та оброблена бісульфітом | Illumina PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Перетворення бісульфіту > 99% Ефективність різання MspI > 95% |
Зразок вимог
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) |
| |
| Геномна ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Обмежений розпад або забруднення |
Потік роботи служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
● Контроль якості необробленого секвенування;
● Картування з еталонним геномом;
● Виявлення 5mC метильованих основ та ідентифікація мотиву;
● Аналіз розподілу метилювання та порівняння зразків;
● Аналіз диференціально метильованих областей (DMR);
● Функціональна анотація генів, асоційованих з DMR.
Контроль якості: ефективність травлення (у картуванні геному)
Контроль якості: конверсія бісульфіту (при вилученні інформації про метилювання)
Карта метилювання: поширення метилювання по всьому геному 5 мС
Приклад порівняння: аналіз головних компонентів
Аналіз диференціально метильованих областей (DMR): теплова карта
Ознайомтеся з науково-дослідницькими досягненнями завдяки послугам BMKGene з бісульфітного секвенування всього генома за допомогою підібраної колекції публікацій.
Li, Z. та ін. (2022) «Високоточне перепрограмування в клітини, подібні до Лейдіга, за допомогою активації CRISPR і паракринних факторів»,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. та ін. (2023) «Погеномний аналіз метилювання ДНК складу тіла у китайських монозиготних близнюків»,Європейський журнал клінічних досліджень, 53(11), с. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. та ін. (2022) «Метилювання ДНК і співвідношення об’єму талії до стегон: загальноепігеномне дослідження асоціацій у китайських монозиготних близнюків»,Журнал ендокринологічних досліджень, 45(12), стор. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
