Прокаріотичне секвенування РНК
Особливості
● Обробка зразків РНК включала виснаження РРНК з подальшим спрямованим підготовкою бібліотеки РНК.
● Біоінформатичний аналіз на основі вирівнювання до референтного геному
● Аналіз включає експресію генів та DEG, але також структуру стенограми та аналіз SRNA
Переваги послуг
●Суворий контроль якості: Ми впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від вибірки та підготовки бібліотеки до послідовності та біоінформатики. Цей ретельний моніторинг забезпечує надання постійно якісних результатів.
●Дані про секвенування, специфічні: Через підготовку бібліотеки РНК є спрямованою, що дозволяє ідентифікувати антисенсні стенограми.
●Повний аналіз, призначений до прокаріотичних транскриптомів: Біоінформатичний трубопровід включає не лише аналіз експресії генів, але й аналіз структури транскрипції, включаючи ідентифікацію оперонів, UTRS та промоторів. Він також включає аналіз СРНК, а саме анотацію та прогнозування вторинної структури та цілей.
●Підтримка після продажу: Наше зобов’язання виходить за рамки завершення проекту з 3-місячним післяпродажним періодом. За цей час ми пропонуємо подальше спостереження за проектами, допомогу у вирішенні несправностей та сесії запитань та запитань для вирішення будь-яких запитів, пов'язаних з результатами.
Зразки вимог та доставки
| Бібліотека | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| РРНК виснажена спрямована бібліотека | Illumina pe150 | 1-2 Гб | Q30≥85% |
Вимоги до вибірки:
| Конц. (Ng/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Обмежене або відсутність білка або забруднення ДНК, показаного на гелі. | Rin≥6,5 |
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: 2 мл центрифугової трубки (олов'яна фольга не рекомендується)
Маркування зразків: група+повторення, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий погляд: зразки потрібно упакувати в мішках і закопувати в сухий льоду.
2. РНАТУРАТИВНІ ТУБИ: Зразки РНК можна сушити в трубці стабілізації РНК (наприклад, RNASTABLE®) та відправляти в кімнатну температуру.
РОБОТИ РОБОТА
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Біоінформатичний робочий процес
Включає такий аналіз:
● Контроль якості даних RAW
● Вирівнювання до референтного геному
●
● Функціональна анотація передбачуваних генів кодування
● Аналіз експресії: кореляція та аналіз основних компонентів (PCA)
● Диференціальна експресія генів (DEGS)
● Функціональна анотація та збагачення DEG
● Аналіз SRNA: прогнозування, анотація, ціль та прогнозування вторинної структури
● Аналіз структури стенограми: оперони, запускові та закінченні позиції, неперекладена область (UTS), промотор та аналіз SNP/Indel
Секвенування насичення
Функціональна анотація кодуючих генів
Кореляція між зразками
Диференціальний експресований гени (DEG) аналіз
Функціональний аналіз збагачення
Анотація SRNA
Дослідіть просування, спричинені наноповими службами послідовності мРНК BMKGENE в цій публікації.
Guan, CP та ін. (2018) "Зміни глобальної транскриптоми біоплівки, що утворюють стафілокок епідермідіс, що реагують на загальні алкалоїди софореї алопероїдів",Польський журнал мікробіології, 67 (2), с. 223. Doi: 10.21307/pjm-2018-024.
