-
BMKMANU S3000_Просторовий транскриптом
Просторова транскриптоміка стоїть на передньому краї наукових інновацій, надаючи дослідникам можливість досліджувати складні моделі експресії генів у тканинах, зберігаючи їх просторовий контекст. Серед різних платформ компанія BMKGene розробила чіп просторової транскрипції BMKManu S3000, який може похвалитися покращеною роздільною здатністю 3,5 мкм, охоплюючи субклітинний діапазон і забезпечуючи багаторівневі налаштування роздільної здатності. Чіп S3000, що містить приблизно 4 мільйони точок, використовує мікролунки, шаровані кульками, завантаженими зондами захоплення з просторовим штрих-кодом. Бібліотека кДНК, збагачена просторовими штрих-кодами, готується з чіпа S3000 і згодом секвенується на платформі Illumina NovaSeq. Поєднання зразків із просторовим штрих-кодом та UMI забезпечує точність і точність згенерованих даних. Чіп BMKManu S3000 є надзвичайно універсальним, пропонуючи багаторівневі налаштування роздільної здатності, які можна точно налаштувати для різних тканин і бажаного рівня деталізації. Ця адаптивність позиціонує чіп як видатний вибір для різноманітних досліджень просторової транскриптоміки, забезпечуючи точне просторове кластеризування з мінімальним шумом. Використання технології сегментації клітин із BMKManu S3000 дозволяє розмежовувати транскрипційні дані до меж клітин, що призводить до аналізу, який має пряме біологічне значення. Крім того, покращена роздільна здатність S3000 призводить до більшої кількості генів і UMI, виявлених на клітину, що дає змогу набагато точніше аналізувати моделі просторової транскрипції та кластеризацію клітин.
-
Секвенування одноядерної РНК
Розробка методів захоплення однієї клітини та спеціальної бібліотеки в поєднанні з високопродуктивним секвенуванням зробила революцію в дослідженнях експресії генів на клітинному рівні. Цей прорив дозволяє глибше та всебічніше аналізувати складні клітинні популяції, долаючи обмеження, пов’язані з усередненням експресії генів у всіх клітинах, і зберігаючи справжню гетерогенність у цих популяціях. Хоча секвенування одноклітинної РНК (scRNA-seq) має незаперечні переваги, воно стикається з проблемами в певних тканинах, де створення одноклітинної суспензії виявляється складним і вимагає свіжих зразків. У BMKGene ми усуваємо цю перешкоду, пропонуючи одноядерне секвенування РНК (snRNA-seq) за допомогою найсучаснішої технології 10X Genomics Chromium. Цей підхід розширює спектр зразків, які піддаються аналізу транскриптомів на рівні однієї клітини.
Виділення ядер здійснюється за допомогою інноваційного чіпа 10X Genomics Chromium, що включає восьмиканальну мікрофлюїдичну систему з подвійним перетином. У цій системі гелеві кульки, що містять штрих-коди, праймери, ферменти та єдине ядро, інкапсульовані в краплі олії розміром з нанолітр, утворюючи гелеві кульки в емульсії (GEM). Після формування GEM відбувається лізис клітин і вивільнення штрих-коду в кожному GEM. Згодом молекули мРНК піддаються зворотній транскрипції в кДНК, що включає 10-кратні штрих-коди та унікальні молекулярні ідентифікатори (UMI). Ці кДНК потім піддають стандартній конструкції бібліотеки секвенування, сприяючи надійному та комплексному дослідженню профілів експресії генів на рівні однієї клітини.
Платформа: платформа 10× Genomics Chromium і Illumina NovaSeq
-
10x просторовий транскриптом Genomics Visium
Просторова транскриптоміка – це передова технологія, яка дозволяє дослідникам досліджувати моделі експресії генів у тканинах, зберігаючи їх просторовий контекст. Однією з потужних платформ у цій сфері є 10x Genomics Visium у поєднанні з секвенуванням Illumina. Принцип роботи 10X Visium полягає в спеціальному чіпі з виділеною зоною захоплення, де розміщуються зрізи тканин. Ця область захоплення містить плями зі штрих-кодом, кожна з яких відповідає унікальному просторовому розташуванню в тканині. Захоплені молекули РНК із тканини потім позначаються унікальними молекулярними ідентифікаторами (UMI) під час процесу зворотної транскрипції. Ці плями зі штрих-кодом і UMI дозволяють точне просторове відображення та кількісну оцінку експресії генів із роздільною здатністю однієї клітини. Поєднання зразків із просторовим штрих-кодом та UMI забезпечує точність і точність згенерованих даних. Використовуючи цю технологію Spatial Transcriptomics, дослідники можуть отримати глибше розуміння просторової організації клітин і складних молекулярних взаємодій, що відбуваються всередині тканин, пропонуючи безцінне розуміння механізмів, що лежать в основі біологічних процесів у багатьох областях, включаючи онкологію, нейронауку, біологію розвитку, імунологію , і ботанічні дослідження.
Платформа: 10X Genomics Visium і Illumina NovaSeq
