-
Порівняльна геноміка
Порівняльна геноміка передбачає дослідження та порівняння послідовностей і структур усього генома різних видів. Ця галузь прагне розкрити еволюцію видів, розшифрувати функції генів і з’ясувати генетичні регуляторні механізми шляхом виявлення збережених або розбіжних структур і елементів послідовності в різних організмах. Комплексне порівняльне дослідження геноміки охоплює такі аналізи, як сімейства генів, еволюційний розвиток, події дублювання всього генома та вплив селективного тиску.
-
Еволюційна генетика
Платформа популяційного та еволюційного генетичного аналізу створена на основі величезного досвіду, накопиченого командою BMK R&D протягом багатьох років. Це зручний інструмент, особливо для дослідників, які не займаються біоінформатикою. Ця платформа дає змогу базового аналізу, пов’язаного з еволюційною генетикою, включаючи побудову філогенетичного дерева, аналіз нерівноваги зв’язків, оцінку генетичного різноманіття, вибірковий аналіз, аналіз спорідненості, PCA, аналіз структури популяції тощо.
-
Збірка геному на основі Hi-C
Hi-C — це метод, призначений для визначення конфігурації хромосом шляхом поєднання взаємодії на основі зондування на основі близькості та високопродуктивного секвенування. Вважається, що інтенсивність цих взаємодій негативно корелює з фізичною відстанню в хромосомах. Таким чином, дані Hi-C використовуються для кластеризації, упорядкування та орієнтації зібраних послідовностей у проекті геному та закріплення їх на певній кількості хромосом. Ця технологія дає змогу складати геном на рівні хромосоми за відсутності популяційної генетичної карти. Кожен окремий геном потребує Hi-C.
-
Секвенування генома рослин/тварин De Novo
Де Новосеквенування відноситься до побудови цілого геному виду за допомогою технологій секвенування за відсутності еталонного геному. Впровадження та широке впровадження секвенування третього покоління, що включає більш тривале зчитування, значно покращило збирання геному завдяки збільшенню перекриття між зчитуваннями. Це покращення є особливо доречним при роботі зі складними геномами, такими як ті, що демонструють високу гетерозиготність, високе співвідношення повторюваних областей, поліплоїди та області з повторюваними елементами, ненормальним вмістом GC або високою складністю, які зазвичай погано зібрані за допомогою секвенування короткого читання. поодинці.
Наше універсальне рішення надає інтегровані послуги секвенування та біоінформаційний аналіз, які забезпечують високоякісний de novo зібраний геном. Початкове обстеження геному за допомогою Illumina дає оцінку розміру та складності геному, і ця інформація використовується для скерування наступного кроку тривалого зчитування послідовності за допомогою PacBio HiFi, а потімde novoзбірка контигів. Подальше використання збірки HiC дозволяє прикріпити контиги до геному, отримуючи збірку на рівні хромосоми. Нарешті, геном анотується шляхом прогнозування генів і шляхом секвенування експресованих генів, вдаючись до транскриптомів із коротким і довгим читанням.
-
Секвенування всього екзому людини
Секвенування цілого екзома людини (hWES) широко визнано економічно ефективним і потужним підходом до секвенування для точного визначення хвороботворних мутацій. Незважаючи на те, що екзони становлять лише близько 1,7% усього геному, вони відіграють вирішальну роль, безпосередньо відображаючи профіль загальних функцій білка. Примітно, що в геномі людини понад 85% мутацій, пов’язаних із захворюваннями, проявляються в областях кодування білка. BMKGENE пропонує комплексну та гнучку послугу секвенування цілого екзома людини з двома різними стратегіями захоплення екзонів, доступними для досягнення різноманітних цілей дослідження.
-
Специфічний локус ампліфікованого секвенування фрагментів (SLAF-Seq)
Високопродуктивне генотипування, особливо у великих популяціях, є фундаментальним кроком у дослідженнях генетичних асоціацій і забезпечує генетичну основу для відкриття функціональних генів, еволюційного аналізу тощо. Замість глибокого повторного секвенування геному,Секвенування геному зі зниженим представленням (RRGS)часто використовується в цих дослідженнях, щоб мінімізувати вартість секвенування зразка, зберігаючи прийнятну ефективність виявлення генетичних маркерів. RRGS досягає цього шляхом перетравлення ДНК ферментами рестрикції та зосередження на певному діапазоні розмірів фрагментів, таким чином секвенуючи лише частину геному. Серед різноманітних методологій RRGS, специфічне локусне посилене фрагментне секвенування (SLAF) є настроюваним і високоякісним підходом. Цей метод, розроблений незалежно BMKGene, оптимізує набір ферментів рестрикції для кожного проекту. Це забезпечує генерацію значної кількості тегів SLAF (областей секвенування генома 400-500 bps), які рівномірно розподіляються по геному, ефективно уникаючи повторюваних областей, таким чином забезпечуючи найкраще виявлення генетичних маркерів.
-
Готові бібліотеки Illumina
Технологія секвенування Illumina, заснована на секвенуванні шляхом синтезу (SBS), є всесвітньо прийнятою інновацією NGS, яка відповідає за генерацію понад 90% даних секвенування у світі. Принцип SBS включає візуалізацію флуоресцентно мічених оборотних термінаторів у міру додавання кожного dNTP і подальшого розщеплення для включення наступної основи. З усіма чотирма оборотними зв’язаними з термінатором dNTP, присутніми в кожному циклі секвенування, природна конкуренція мінімізує зміщення включення. Ця універсальна технологія підтримує бібліотеки як для одного читання, так і для парних бібліотек, обслуговуючи низку геномних програм. Висока пропускна здатність і точність секвенування Illumina робить його наріжним каменем у геномних дослідженнях, надаючи вченим змогу розгадувати тонкощі геномів із неперевершеною деталізацією та ефективністю.
Наша готова служба секвенування бібліотек дає змогу клієнтам готувати бібліотеки секвенування з різноманітних джерел (між іншим, мРНК, повний геном, амплікон, бібліотеки 10x). Згодом ці бібліотеки можна відправити до наших центрів секвенування для контролю якості та секвенування на платформах Illumina.
