-
Взаємодія хроматину на основі Hi-C
Hi-C — це метод, розроблений для визначення геномної конфігурації шляхом поєднання взаємодії на основі зондування на основі близькості та високопродуктивного секвенування. Метод заснований на зшиванні хроматину формальдегідом з подальшим перетравленням і повторним лігуванням таким чином, що лише фрагменти, які ковалентно зв’язані, утворюють продукти лігування. Шляхом секвенування цих продуктів лігування можна вивчати тривимірну організацію геному. Hi-C дає змогу вивчати розподіл частин геному, які мають слабку упаковку (компартменти А, еухроматин) і, швидше за все, будуть транскрипційно активними, а також регіони, які упаковані щільніше (компартменти В, гетерохроматин). Hi-C також можна використовувати для точного визначення топологічно асоційованих доменів (TAD), ділянок геному, які мають складчасті структури та, ймовірно, мають схожі патерни експресії, а також для ідентифікації петель хроматину, ділянок ДНК, які з’єднані разом білками та які часто збагачений регулятивними елементами. Сервіс Hi-C секвенування BMKGene дає дослідникам можливість досліджувати просторові виміри геноміки, відкриваючи нові шляхи для розуміння регуляції генома та її наслідків для здоров’я та хвороб.
-
Секвенування імунопреципітації хроматину (ChIP-seq)
Імунопреципітація хроматину (CHIP) — це техніка, яка використовує антитіла для вибіркового збагачення ДНК-зв’язуючих білків та їхніх відповідних геномних мішеней. Його інтеграція з NGS дає змогу проводити профілювання ДНК-мішеней у всьому геномі, пов’язаних із модифікацією гістонів, факторами транскрипції та іншими білками, що зв’язують ДНК. Цей динамічний підхід дозволяє порівнювати сайти зв’язування в різних типах клітин, тканинах або станах. Застосування ChIP-Seq охоплюють від вивчення регуляції транскрипції та шляхів розвитку до з’ясування механізмів захворювання, що робить його незамінним інструментом для розуміння ландшафтів геномної регуляції та просування терапевтичних ідей.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Бісульфітне секвенування повного генома (WGBS)
Бісульфітне секвенування повного геному (WGBS) є золотим стандартом методології для поглибленого дослідження метилювання ДНК, зокрема п’ятої позиції в цитозині (5-mC), ключовому регуляторі експресії генів і клітинної активності. Принцип, що лежить в основі WGBS, передбачає обробку бісульфітом, індукуючи перетворення неметильованих цитозинів в урацил (C в U), залишаючи метильовані цитозини незмінними. Ця методика пропонує роздільну здатність з однією основою, що дозволяє дослідникам всебічно досліджувати метилом і виявляти аномальні моделі метилювання, пов’язані з різними захворюваннями, зокрема раком. Використовуючи WGBS, вчені можуть отримати неперевершене розуміння ландшафтів метилювання в масштабах геному, забезпечуючи детальне розуміння епігенетичних механізмів, які лежать в основі різноманітних біологічних процесів і захворювань.
-
Аналіз транспозазно-доступного хроматину з високопродуктивним секвенуванням (ATAC-seq)
ATAC-seq — це високопродуктивна техніка секвенування, яка використовується для загальногеномного аналізу доступності хроматину. Його використання забезпечує глибше розуміння складних механізмів глобального епігенетичного контролю над експресією генів. У цьому методі використовується гіперактивна транспозаза Tn5 для одночасного фрагментування та позначення відкритих ділянок хроматину шляхом вставки адаптерів для секвенування. Подальша ПЛР-ампліфікація призводить до створення бібліотеки секвенування, яка дозволяє комплексно ідентифікувати відкриті ділянки хроматину в конкретних просторово-часових умовах. ATAC-seq забезпечує цілісне уявлення про доступні ландшафти хроматину, на відміну від методів, які зосереджені виключно на сайтах зв’язування транскрипційних факторів або конкретних ділянках, модифікованих гістоном. Шляхом секвенування цих відкритих ділянок хроматину ATAC-seq виявляє регіони, більш схильні до активних регуляторних послідовностей і потенційних сайтів зв’язування факторів транскрипції, пропонуючи цінну інформацію про динамічну модуляцію експресії генів у геномі.
-
Бісульфітне секвенування зі зниженим представленням (RRBS)
Бісульфітне секвенування зі зниженим представленням (RRBS) стало економічно ефективною альтернативою бісульфітному секвенуванню цілого геному (WGBS) у дослідженнях метилювання ДНК. Незважаючи на те, що WGBS надає всебічну інформацію, досліджуючи весь геном з єдиною базовою роздільною здатністю, його висока вартість може бути обмежуючим фактором. RRBS стратегічно пом’якшує цю проблему шляхом вибіркового аналізу репрезентативної частини геному. Ця методологія ґрунтується на збагаченні ділянок, багатих острівцями CpG, шляхом розщеплення MspI з наступним відбором розміру фрагментів 200-500/600 bps. Отже, секвенуються лише області, проксимальні до острівців CpG, тоді як ті, що мають віддалені острівці CpG, виключаються з аналізу. Цей процес у поєднанні з бісульфітним секвенуванням дозволяє виявити метилювання ДНК з високою роздільною здатністю, а підхід до секвенування, PE150, фокусується саме на кінцях вставок, а не на середині, підвищуючи ефективність профілювання метилювання. RRBS є безцінним інструментом, який дозволяє економічно ефективне дослідження метилювання ДНК і покращує знання про епігенетичні механізми.
