Теплова карта
Інструмент Heatmap приймає файл даних матриці як вхід і дозволяє користувачам фільтрувати, нормалізувати та кластерні дані. Основним випадком використання теплової карти є кластерний аналіз рівня експресії генів між різними зразками.
Анотація генів
Інструмент анотації генів здійснює анотацію генів на основі вирівнювання послідовностей вхідних файлів FASTA для різних баз даних.
Основний локальний інструмент пошуку вирівнювання (вибух)
Інструмент BLAST - це інтегрована версія BMKCloud NCBI BLAST і може бути використана для виконання одних і тих же функцій, використовуючи дані, завантажені в обліковий запис BMKCloud.
Прогноз CDS_UTR
Інструмент прогнозування CDS_UTR призначений для прогнозування кодуючих областей (CDS) та некодуючих областей (UTR) у заданих послідовностях транскрипції на основі результатів вибуху проти відомих баз даних білка та результатів прогнозування ORF.
Манхеттенський сюжет
Інструмент сюжету на Манхеттені дозволяє демонструвати експерименти з високим зразком і зазвичай використовується в дослідженнях асоціації, що стосуються геномів (GWAS).
Циркозна діаграма
Інструмент діаграми Circos забезпечує ефективну візуалізацію того, як геномна особливість розподіляється по всій геномі. Поширені функції включають кількісні локуси, SNP, індельки, структурні та варіанти кількості копій.
Збагачення онтології генів (GO)
Інструмент збагачення GO надає функціональний аналіз збагачення. Основним програмним забезпеченням цього інструменту є пакет Topgo-BioConductor, який включає аналіз диференціального виразу, аналіз збагачення та візуалізацію результатів.
Аналіз мережевої мережевої експресії зваженого гена (WGCNA)
WGCNA-це широко використовуваний метод видобутку даних для виявлення модулів спільної експресії генів. Він застосовується до різних наборів даних експресії, включаючи дані експресії генів MicroArray та NGS.
Міжпроскан
Інструмент Interproscan забезпечує аналіз та класифікацію послідовностей білків інтерпру.
Збагачувати Kegg
Інструмент збагачення Go Kegg - це розробка для створення гістограми збагачення GO, гістограми збагачення Кегга та шлях збагачення Кегга на основі наданого набору генів та відповідної анотації.