Секвенування повного геному рослин/тварин
Особливості сервісу
● Підготовка бібліотеки може бути стандартною або без ПЛР
● Доступний на 4 платформах секвенування: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 або PacBio Revio.
● Біоінформаційний аналіз, зосереджений на виявленні варіантів: SNP, InDel, SV та CNV
Переваги сервісу
●Велика експертиза та публікації: Накопичений досвід секвенування геному для понад 1000 видів призвів до понад 1000 опублікованих випадків із сукупним імпакт-фактором понад 5000.
●Комплексний аналіз біоінформатики: включаючи виклик варіації та анотацію функції.
● Післяпродажна підтримка:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
●Вичерпна анотація: Ми використовуємо численні бази даних, щоб функціонально анотувати гени з ідентифікованими варіаціями та виконати відповідний аналіз збагачення, надаючи інформацію про численні дослідницькі проекти.
Специфікації послуги
| Варіанти, які будуть визначені | Стратегія секвенування | Рекомендована глибина |
| SNP та InDel | Illumina NovaSeq PE150 або MGI T7 | 10x |
| SV і CNV (менш точні) | 30x | |
| SV і CNV (точніше) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV та CNV | PacBio Revio | 10x |
Зразок вимог
| Тканинні або екстраговані нуклеїнові кислоти | Illumina/MGI | Нанопора | PacBio
| ||
| Внутрішні органи тварин | 0,5-1 гр | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| М'язи тварин | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Кров ссавців | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Кров птиці/риби | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Рослина - свіже листя | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Культивовані клітини |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| М'які тканини комах/Особ | 0,5-1 гр | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Вилучена ДНК
| Концентрація: ≥ 1 нг/мкл Кількість: ≥ 30 нг Обмежене розкладання чи забруднення або їх відсутність
| Концентрація Сума
OD260/280
OD260/230
Обмежене розкладання чи забруднення або їх відсутність
| ≥ 40 нг/мкл 4 мкг/проточна кювета/зразок
1,7-2,2
≥1,5 | Концентрація Сума
OD260/280
OD260/230
Обмежене розкладання чи забруднення або їх відсутність | ≥ 50 нг/мкл 10 мкг/проточна кювета/зразок
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Підготовка бібліотеки без ПЛР: Концентрація ≥ 40 нг/мкл Кількість ≥ 500 нг | |||||
Потік роботи служби
Доставка зразків
екстракція ДНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Доставка даних
Включає наступний аналіз:
- Контроль якості вихідних даних
- Статистика вирівнювання з еталонним геномом
- Ідентифікація варіантів: SNP, InDel, SV і CNV
- Функціональна анотація варіантів
Статистика вирівнювання з еталонним геномом – розподіл глибини секвенування
Виклик SNP серед кількох зразків
Ідентифікація InDel – статистика довжини InDel в регіоні CDS і загальногеномному регіоні
Розподіл варіантів по геному – графік Circos
Функціональна анотація генів з ідентифікованими варіантами – онтологія генів
Chai, Q. та ін. (2023) «Глутатіон-S-трансфераза GhTT19 визначає пігментацію пелюсток квітки шляхом регулювання накопичення антоціанів у бавовні», Plant Biotechnology Journal, 21(2), с. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. та ін. (2023) «Геном дикої Hevea brasiliensis на хромосомному рівні забезпечує нові інструменти для селекції за допомогою генома та цінні локуси для підвищення врожайності каучуку», Plant Biotechnology Journal, 21(5), стор. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. та ін. (2021) «Геном лиманної устриці дає змогу зрозуміти вплив клімату та адаптивну пластичність», Communications Biology 2021 4:1, 4(1), стор. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. та ін. (2022) «Аналіз змін генома та метилювання у місцевих курей Китаю з плином часу дає уявлення про збереження видів», Communications Biology, 5(1), стор. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
