Транскриптом повної довжини Pacbio

Послідовність транскрипту PACBIO, ISOSEQ, дозволяє точну ідентифікацію транскрипційних ізоформ, проливання світла на альтернативне поліаденілювання та сплайсинг, що призводить до більш точного аналізу експресії генів. Трубопровід повнорозмірного транскриптому BMKcloud Pacbio розроблений для аналізу бібліотек кДНК, секвенсованих у режимі кругового консенсусу (CCS) та ідентифікує нехімерні послідовності (FLNC), які потім кластеризуються в не надсилачі стенограми. Подальший аналіз BUSCO оцінює повноту складання транскрипту. З зібраного транскрипту проводиться кілька аналізів: альтернативне сплайсинг, простий повторний повтор (SSR), прогнозування LNCRNA та відповідні гени -мішеней, прогнозування нових генів, аналіз сімейства генів, аналіз фактора транскрипції та функціональна анотація стенограмів.